• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Магистратура 2018/2019

Основы метода молекулярной динамики

Статус: Курс по выбору (Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии)
Направление: 01.04.04. Прикладная математика
Когда читается: 1-й курс, 3, 4 модуль
Формат изучения: без онлайн-курса
Прогр. обучения: Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии
Язык: русский
Кредиты: 3
Контактные часы: 40

Программа дисциплины

Аннотация

Настоящая программа учебной дисциплины устанавливает требования к образовательным результатам и результатам обучения студента и определяет содержание и виды учебных занятий и отчетности. Программа предназначена для преподавателей, ведущих дисциплину «Основы метода молекулярной динамики», учебных ассистентов и студентов, обучающихся по образовательной программе 01.04.04 Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии . Программа учебной дисциплины разработана в соответствии с: • ФГОС ВПО по направлению подготовки 01.04.04 «Прикладная математика» (квалификация (степень) «магистр»). • Объединенным планом на 2018/19 учебный год Московский институт электроники и математики НИУ ВШЭ 01.04.04 Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, Магистратура 1 курс.
Цель освоения дисциплины

Цель освоения дисциплины

  • Целями освоения дисциплины «Основы метода молекулярной динамики» являются формирование у студентов базовых знаний в области моделирования методом молекулярной динамики, а также навыков и умений их применения в различных задачах естественнонаучного содержания;
Планируемые результаты обучения

Планируемые результаты обучения

  • формирование исследовательских навыков и способности применять знания на практике.
Содержание учебной дисциплины

Содержание учебной дисциплины

  • Методы Монте-Карло
    История возникновения вычислительной физики. Метод Монте-Карло. Генерация случайных чисел.
  • Классический метод молекулярной динамики
    Подход Метрополиса. Подход Алдера. Динамика твердых дисков. Уравнение состояния. Примеры успешного применения метода молекулярной динамики для решения важных научных задач.
  • Современные методы молекулярной динамики
    Метод event-chain. Уточнение уравнения состояния газа твердых дисков. Параметр порядка фазы смектика. Метод cell-veto. Моделирование систем с дальнодействием.
  • Современные пакеты для молекулярной динамики
    Обзор методов. Обзор реализаций. Плюсы и минусы использования стандартных пакетов.
Элементы контроля

Элементы контроля

  • неблокирующий аудиторная работа
  • неблокирующий самостоятельная работа
  • неблокирующий экзамен
  • неблокирующий Контрольно-измерительные материалы
Промежуточная аттестация

Промежуточная аттестация

  • Промежуточная аттестация (4 модуль)
    0.25 * аудиторная работа + 0.25 * самостоятельная работа + 0.5 * экзамен
Список литературы

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

  • Freddolino, P. L., Liu, F., Gruebele, M., & Schulten, K. (2008). Ten-Microsecond Molecular Dynamics Simulation of a Fast-Folding WW Domain. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.607A509B

Рекомендуемая дополнительная литература

  • Frenkel D., Smit B. Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications. –Elsevier, 2002.