Магистратура
2018/2019
Основы метода молекулярной динамики
Статус:
Курс по выбору (Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии)
Направление:
01.04.04. Прикладная математика
Когда читается:
1-й курс, 3, 4 модуль
Формат изучения:
без онлайн-курса
Прогр. обучения:
Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии
Язык:
русский
Кредиты:
3
Контактные часы:
40
Программа дисциплины
Аннотация
Настоящая программа учебной дисциплины устанавливает требования к образовательным результатам и результатам обучения студента и определяет содержание и виды учебных занятий и отчетности. Программа предназначена для преподавателей, ведущих дисциплину «Основы метода молекулярной динамики», учебных ассистентов и студентов, обучающихся по образовательной программе 01.04.04 Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии . Программа учебной дисциплины разработана в соответствии с: • ФГОС ВПО по направлению подготовки 01.04.04 «Прикладная математика» (квалификация (степень) «магистр»). • Объединенным планом на 2018/19 учебный год Московский институт электроники и математики НИУ ВШЭ 01.04.04 Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, Магистратура 1 курс.
Цель освоения дисциплины
- Целями освоения дисциплины «Основы метода молекулярной динамики» являются формирование у студентов базовых знаний в области моделирования методом молекулярной динамики, а также навыков и умений их применения в различных задачах естественнонаучного содержания;
Планируемые результаты обучения
- формирование исследовательских навыков и способности применять знания на практике.
Содержание учебной дисциплины
- Методы Монте-КарлоИстория возникновения вычислительной физики. Метод Монте-Карло. Генерация случайных чисел.
- Классический метод молекулярной динамикиПодход Метрополиса. Подход Алдера. Динамика твердых дисков. Уравнение состояния. Примеры успешного применения метода молекулярной динамики для решения важных научных задач.
- Современные методы молекулярной динамикиМетод event-chain. Уточнение уравнения состояния газа твердых дисков. Параметр порядка фазы смектика. Метод cell-veto. Моделирование систем с дальнодействием.
- Современные пакеты для молекулярной динамикиОбзор методов. Обзор реализаций. Плюсы и минусы использования стандартных пакетов.
Промежуточная аттестация
- Промежуточная аттестация (4 модуль)0.25 * аудиторная работа + 0.25 * самостоятельная работа + 0.5 * экзамен
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Freddolino, P. L., Liu, F., Gruebele, M., & Schulten, K. (2008). Ten-Microsecond Molecular Dynamics Simulation of a Fast-Folding WW Domain. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.607A509B
Рекомендуемая дополнительная литература
- Frenkel D., Smit B. Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications. –Elsevier, 2002.