Магистратура
2020/2021
Научный семинар "Исследование медико-биологических данных"
Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»
Статус:
Курс обязательный (Анализ данных в биологии и медицине)
Направление:
01.04.02. Прикладная математика и информатика
Кто читает:
Кафедра технологий моделирования сложных систем
Где читается:
Факультет компьютерных наук
Когда читается:
1-й курс, 1-4 модуль
Формат изучения:
без онлайн-курса
Прогр. обучения:
Анализ данных в биологии и медицине
Язык:
русский
Кредиты:
6
Контактные часы:
96
Программа дисциплины
Аннотация
Настоящая дисциплина относится к блоку обязательных дисциплин. Изучение данной дисциплины базируется на следующих дисциплинах: Научно-исследовательский семинар «Исследование медико-биологических данных», 1 курс -«Молекулярная эволюция» Для освоения учебной дисциплины студенты должны владеть следующими знаниями: - Основные понятия эволюционной биологии - Основы эволюционной медицины
Цель освоения дисциплины
- Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
Планируемые результаты обучения
- Познакомить с публикациями по данной тематике
- Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
- Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
- Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
- Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики
- Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
- Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
Содержание учебной дисциплины
- Основные принципы молекулярной эволюции
- Филогенетическое дерево как комбинаторный объектТерминология (лист, ветвь, узел, клада, корень). Топология дерева как набор разбиений множества листьев. Смысл длин ветвей. Число различных разрешённых деревьев с n листьями (укоренённых и неукоренённых). Что такое “ультраметричность” (применительно к филогенетическому дереву)
- Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
- Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файловПринципиальная схема реконструкции филогении Дистанционные и символьные методы Прямые и переборные методы
- Современная литература по вычислительной филогенетике
- Разбор статей и доклады студентов
Элементы контроля
- Контрольная работа 1
- Доклад по статье/практическому заданию
- Контрольная работа 2
- Экзамен
Промежуточная аттестация
- Промежуточная аттестация (4 модуль)0.3 * Доклад по статье/практическому заданию + 0.25 * Контрольная работа 1 + 0.25 * Контрольная работа 2 + 0.2 * Экзамен
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Сандырева, Т., Герасимова, Н., Лопатухин, А., Киреев, Д., Куевда, Д., Шипулин, Г., & Подымова, А. (2014). Филогенетический Анализ В Эпидемиологических Расследованиях Случаев Вич-Инфекции. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.EBE1BC3C
Рекомендуемая дополнительная литература
- Felsenstein, J. (1997). An Alternating Least Squares Approach to Inferring Phylogenies from Pairwise Distances. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.C063E807
- Felsenstein, J. (2001). Taking variation of evolutionary rates between sites into account in inferring phylogenies. Journal Of Molecular Evolution, 53(4–5), 447–455. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=mdc&AN=11675604