• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Магистратура 2021/2022

Научный семинар "Исследование медико-биологических данных"

Статус: Курс обязательный (Анализ данных в биологии и медицине)
Направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика
Когда читается: 1-й курс, 1-4 модуль
Формат изучения: без онлайн-курса
Охват аудитории: для своего кампуса
Преподаватели: Власов Василий Викторович, Кертес-Фаркаш Аттила, Рубинов Анатолий Рувимович
Прогр. обучения: Анализ данных в биологии и медицине
Язык: русский
Кредиты: 6

Программа дисциплины

Аннотация

Настоящая дисциплина относится к блоку обязательных дисциплин. Изучение данной дисциплины базируется на следующих дисциплинах: Научно-исследовательский семинар «Исследование медико-биологических данных», 1 курс -«Молекулярная эволюция» Для освоения учебной дисциплины студенты должны владеть следующими знаниями: - Основные понятия эволюционной биологии - Основы эволюционной медицины
Цель освоения дисциплины

Цель освоения дисциплины

  • Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
Планируемые результаты обучения

Планируемые результаты обучения

  • Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
  • Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
  • Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
  • Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
  • Познакомить с публикациями по данной тематике
  • Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
  • Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики
Содержание учебной дисциплины

Содержание учебной дисциплины

  • Основные принципы молекулярной эволюции
  • Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
  • Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
  • Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
  • Современная литература по вычислительной филогенетике
  • Разбор статей и доклады студентов
Элементы контроля

Элементы контроля

  • неблокирующий Контрольная работа 1
  • неблокирующий Доклад по статье/практическому заданию
  • неблокирующий Контрольная работа 2
  • неблокирующий Экзамен
Промежуточная аттестация

Промежуточная аттестация

  • 2021/2022 учебный год 1 модуль
  • 2021/2022 учебный год 2 модуль
  • 2021/2022 учебный год 3 модуль
  • 2021/2022 учебный год 4 модуль
    0.3 * Доклад по статье/практическому заданию + 0.25 * Контрольная работа 1 + 0.25 * Контрольная работа 2 + 0.2 * Экзамен
Список литературы

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

  • Сандырева, Т., Герасимова, Н., Лопатухин, А., Киреев, Д., Куевда, Д., Шипулин, Г., & Подымова, А. (2014). Филогенетический Анализ В Эпидемиологических Расследованиях Случаев Вич-Инфекции. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.EBE1BC3C

Рекомендуемая дополнительная литература

  • Felsenstein, J. (1997). An Alternating Least Squares Approach to Inferring Phylogenies from Pairwise Distances. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.C063E807
  • Felsenstein, J. (2001). Taking variation of evolutionary rates between sites into account in inferring phylogenies. Journal Of Molecular Evolution, 53(4–5), 447–455. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=mdc&AN=11675604