• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Магистратура 2021/2022

Практическая биоинформатика

Лучший по критерию «Полезность курса для Вашей будущей карьеры»
Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»
Статус: Курс обязательный (Анализ данных в биологии и медицине)
Направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика
Когда читается: 1-й курс, 3, 4 модуль
Формат изучения: без онлайн-курса
Охват аудитории: для всех кампусов НИУ ВШЭ
Прогр. обучения: Анализ данных в биологии и медицине
Язык: русский
Кредиты: 4
Контактные часы: 64

Программа дисциплины

Аннотация

Курс охватывает базы данных и основные сервисы и программы для обработки биологических последовательностей, а также молекулярную филогению, семейства и домены белков, базы данных по структурам белков и РНК. В цели курса входит научить студентов использовать основные биологические базы данных, в том числе содержащие геномную, структурную и другую информацию, в научно-исследовательской работе; овладеть базовыми средствами анализа геномной, структурной и другой биологической информации. 
 Курс развивает ключевые знания и компетенции в биоинформатических задачах и позволит успешно работать с любыми типами биологических данных, которые будут встречаться в следующих курсах модуля.
Цель освоения дисциплины

Цель освоения дисциплины

  • освоение студентами современных направлений компьютерного анализа генома
  • освоение студентами новейших приложений для компьютерного анализа генома
Планируемые результаты обучения

Планируемые результаты обучения

  • Знание алогитомв выравнивания
  • Знание алогритмов множественного выравнивания
  • Знание аннотации эукариотического генома
  • Знание баз данных Pfam и InterPro
  • Знание баз данных Uniprot. Swiss-Prot, TrEMBL и Uniref. GenBank/EMBL/DDBJ, RefSeq
  • Знание как аннотировать CDS в геноме
  • Знание статистики локального выравнивания последовательностей
  • Понимание основ биоинформатических данных
  • Понимание построения PWM, LOGO
  • ПониманиеHMM-профиля семейства доменов
  • Умение осуществлять поиск в RefSeq и GenBank, на сайте NCBI, в ENA и DDBJ
  • Умение пользоваться программами MEME
  • Умение пользоваться программой BLAST
  • Умение пользоваться программой mfold
  • Умение работать с базой данных PDB.
  • Умение работать с программой MEGA
  • Умение работать с программой PyMOL
Содержание учебной дисциплины

Содержание учебной дисциплины

  • Основы и технические детали
  • Банки последовательностей.
  • Парное выравнивание и BLAST.
  • Множественное выравнивание.
  • Эволюционные домены.
  • Ортологи, паралоги, деревья.
  • Пространственные структуры.
  • . Аннотация бактериального генома.
  • . Сигналы.
  • Вторичная структура РНК.
Элементы контроля

Элементы контроля

  • неблокирующий Домашнее задание 1
  • неблокирующий Домашнее задание 2
  • неблокирующий Домашнее задание 3
  • неблокирующий Домашнее задание 4
  • неблокирующий Проектая работа аннотация генома
  • неблокирующий Домашнее задание 5
    Оценка за дисциплину выставляется в соответствии с формулой оценивания от всех пройденных элементов контроля. Экзамен не проводится.
Промежуточная аттестация

Промежуточная аттестация

  • 2021/2022 учебный год 4 модуль
    0.1 * Домашнее задание 1 + 0.1 * Домашнее задание 2 + 0.1 * Домашнее задание 3 + 0.1 * Домашнее задание 4 + 0.5 * Проектая работа аннотация генома + 0.1 * Домашнее задание 5
Список литературы

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

  • Анализ биологических последовательностей : вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот, , 2006

Рекомендуемая дополнительная литература

  • Bioinformatics for Evolutionary Biologists: A Problems Approach. Haubold, B., Börsch-Haubold, A. Springer International Publishing, 2017. eBook ISBN 978-3-319-67395-0.