Научно-исследовательский семинар "Исследование медико-биологических данных"

Магистратура 2022/2023

Лучший по критерию «Полезность курса для Вашей будущей карьеры»

Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»

Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»

Статус: Курс обязательный (Вычислительная биология и биоинформатика)

Направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика

Кто читает: Департамент информатики

Где читается: Санкт-Петербургская школа физико-математических и компьютерных наук

Когда читается: 2-й курс, 1, 2 модуль

Формат изучения: без онлайн-курса

Охват аудитории: для своего кампуса

Преподаватели: Барановская Марианна Дмитриевна, Мухин Михаил Сергеевич

Прогр. обучения: Вычислительная биология и биоинформатика

Язык: русский

Кредиты: 3

Контактные часы: 20

Полная версия программы учебной дисциплины

Аннотация

Является обязательной дисциплиной. Дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Целями освоения дисциплины являются: - развитие навыков работы с медико-биологическими данными; - знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; - развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; - развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов. Настоящая дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Основные положения дисциплины должны быть использованы в дальнейшем при изучении любых дисциплин, связанных с научно-исследовательской деятельностью студентов, а так же при подготовке ВКР. Дисциплина включает в себя следующие разделы: виды и канонические форматы представления медико-биологических данных; способы систематизации и оценки медико-биологических данных; технологические вопросы цифровой обработки медико-биологических данных.

Цель освоения дисциплины

Целями освоения дисциплины являются развитие навыков работы с медико-биологическими данными; знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов.

Планируемые результаты обучения

Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
Познакомить с публикациями по данной тематике
Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики

Содержание учебной дисциплины

Основные принципы молекулярной эволюции
Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
Современная литература по вычислительной филогенетике
Разбор статей и доклады студентов

Элементы контроля

Контрольная работа №1
Доклад
Студенты выступают с докладом по отдельным статьям по теме исследования
Контрольная работа №2

Промежуточная аттестация

2021/2022 учебный год 4 модуль
0.3 * Контрольная работа №1 + 0.7 * Доклад
2022/2023 учебный год 2 модуль
0.4 * Контрольная работа №2 + 0.6 * 2021/2022 учебный год 4 модуль

Программа дисциплины