• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
ФИО студента
Название работы
Руководитель
Факультет
Программа
Оценка
Год защиты
Кашкинов Матвей Ильич
Peptide Identification from Tandem Mass Spectrometry Data Using Convolutional Neural Networks
10
2018
Mass spectrometry analysis of peptides obtained by proteolysis is one of the most common approaches for identifying

proteins in biological samples. An essential part of the analysis is database searching where each mass spectrum is compared

against a database of either theoretically or experimentally computed peptide spectra. Due to physiochemical factors, mass spectra contain a lot of noise which affects database searching. Auxiliary peaks are usually considered as noise and excluded from the input spectra. However, many of these peaks contain useful information which could be exploited. In this paper, we introduce an approach to automatically learn the importance of each peak in a spectrum that utilizes convolutional neural networks. The model is trained to reconstruct the peak positions in the input spectra from their auxiliary peaks. By forcing center weight of the convolution kernel to zero we managed to avoid overfitting and learn the weights that correspond to the importance of auxiliary peaks. As a result, we can decrease the intensities for noise peaks which significantly improves performance. Experiments on publicly available human proteome data show that our method yields 20-50% more identified peptides than standard approaches at a given false discovery rate.

Keywords: tandem mass spectrometry; proteomics; database searching; neural networks;
Текст работы (работа добавлена 21 мая 2018г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Расширенный поиск ВКР