• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Распознавание вторичной структуры РНК (шпильки) на 3'-конце транспозонов Alu в геноме человека

ФИО студента: Хотов Лев Константинович

Руководитель: Попцова Мария Сергеевна

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Оценка: 8

Год защиты: 2018

Транспозоны L1 и паразитирующие на них Alu занимают суммарно более четверти длины последовательности генома человека, являясь важнейшими её составляющими. В недавних работах было обнаружено наличие консервативной шпильки на 3'-конце обоих семейств, что послужило основанием для выдвижения гипотезы о распознавании этой шпильки обратной транскриптазой ——- белком, кодируемым L1 для осуществления транспозиции. Также были предложены модели машинного обучения, с высокой точностью отличающие эти шпильки у L1 транспозонов от других шпилек из генома по вектору физико-химических и геометрических свойтсв их вторичной структуры. В данной работе решается схожая задача для шпилек транспозонов Alu — они переводятся в вектор в десятимерном вещественном пространстве, который классифицируется как принадлежащий к 3'-концу Alu или нет с точностью 90-94%. При интерпретации было определено, что наиболее сильно на определение результата влияет геометрический параметр Shift, а также энтальпия и энтропия. Ключевые слова: транспозоны, Alu, L1, шпильки РНК

Текст работы (работа добавлена 21 мая 2018 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ