• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Предсказание пространственной структуры хроматина с помощью методов машинного обучения

ФИО студента: Розенвальд Михаль Борисовна

Руководитель: Гельфанд Михаил Сергеевич

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Оценка: 10

Год защиты: 2018

В последние годы область применения методов машинного обучения значительно расширилась. В частности, особенно значимо их использование в молекулярной биологии. Развитие технологий позволяет на сегодняшний день быстро генерировать большое количество эпигенетических данных. Новая технология Hi-C дала возможность извлекать данные о взаимодействиях в геноме, которые раскрыли многие принципы укладки хроматина, включая выделение в геноме топологически ассоциированных доменов (ТАДы). Несколько исследований подтвердили наличие корреляции между структурой хроматина и эпигенетическими признаками [4, 5, 7]. Мое исследование посвящено использованию методов машинного обучения для прогнозирования информации о трехмерной структуре хроматина с помощью эпигенетических ChIP-seq данных (хроматиновых маркеров). В настоящей работе рассматриваются линейные модели с тремя типами регуляризации и архитектуры рекуррентных нейронных сетей. В результате были обучены и оценены рассматриваемые модели, наилучшие результаты метрики взвешенной средней квадратичной ошибка (wMSE) были получены при применении нейронные сети. Были идентифицированы наиболее информативные эпигенетические признаки, что позволяет оценить их значимость для формирования трехмерной структуры хроматина.

Текст работы (работа добавлена 21 мая 2018 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ