• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Версия для слабовидящихЛичный кабинет сотрудника ВШЭПоискМеню

Изменение транскриптома единичных клеток и клеточной композиции в поджелудочной железе в зависимости от возраста

ФИО студента: Скибина Екатерина Сергеевна

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Анализ данных в биологии и медицине (Магистратура)

Оценка: 8

Год защиты: 2018

Поджелудочная железа играет важную роль в организме человека и образована альфа-, бета-, дельта-, гамма- и эпсилон-клетками эндокринной системы, продуцирующие гормоны; ацинарными клетками экзокринной системы, осуществляющие синтез ферментов; и протоковыми клетки. Возраст-зависимые изменения поджелудочной железы считаются решающим фактором для возникновения панкреатической дуктальной аденокарциномы и диабета 2 типа. Однако, механизмы, лежащие в основе этих трансформаций, до конца не изучены. Для исследования возраст-зависимых изменений в функционировании поджелудочной железы взят набор данных, содержащий экспрессию в панкреатических клетках восьми доноров 1-54 лет (GSE81547). Использование технологий single-cell позволило различить важные эффекты, ассоциированные с возрастом изменения клеточной композиции и перемены в транскрипционном ландшафте клеток. На основе 43 генов-маркеров и с использованием методов машинного обучения мы эффективно классифицировали клетки набора, и обнаружили значимое увеличение доли альфа-клеток в образцах с повышением возраста донора. Анализ генной экспрессии выявил высокую активность генов белков теплового шока и белков убиквитин-зависимой системы протеолиза в альфа-, бета- и ацинарных клетках детей, которая значительно ниже у доноров старше 20 лет. Значимое повышение уровня экспрессии генов субъединиц ключевого в жизни клетки транскрипционного фактора AP-1 наблюдается с возрастом в альфа-клетках. Для бета-клеток было обнаружено значимое уменьшение активности генов субъединиц рибосомы и белков, обеспечивающих правильное функционирование митохондрий. В ацинарных клетках с повышением возраста наблюдается снижение общего уровня экспрессии генов пищеварительных ферментов. Для анализа активации сигнальных каскадов в единичных клетках был разработан новый метод, основой которого послужила модель алгоритма iPANDA. Созданный метод выявил наличие значимых изменений в сигнальном ландшафте альфа-, дельта- и ацинарных клеток.

Текст работы (работа добавлена 28 мая 2018 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ