Вычислительные методы для высокопроизводительной идентификации метаболитов

ФИО студента: Щербин Егор Максимович

Руководитель: Литвинов Юрий Викторович

Кампус/факультет: Санкт-Петербургская школа физико-математических и компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Год защиты: 2019

Изучение биологически активных соединений природного происхождения становится крайне актуальным в настоящее время в связи с необходимостью поиска новых антибиотиков. Одной из задач является идентификация масс-спектрометрических данных, то есть определение того, какая молекула породила данный масс-спектр. DEREPLICATOR+ является передовым методом для высокопроизводительной идентификации масс-спектров природных соединений. Одним из ключевых достоинств алгоритма является то, он может работать с широким набором классов веществ. Также он позволяет автоматически обрабатывать наборы данных, поступающие в инфраструктуру GNPS. Однако производительность этого алгоритма не позволяет обрабатывать накопленные на данный момент большие объемы данных достаточно эффективно. В этой работе предлагаются методы улучшения DEREPLICATOR+, с помощью которых можно будет идентифицировать масс-спектры быстрее и с меньшими затратами оперативной памяти. Разработанные методы были реализованы в рамках пакета DEREPLICATOR+. В числе прочего идентификация была ускорена на порядок. Также стала возможна работа с химическими базами, содержащими в сотни раз больше соединений, чем раньше. Ключевые слова: природные соединения, метаболиты, тандемная масс-спектрометрия, поиск в базе, улучшение производительности.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ