Распознание транспозонов при помощи методов машинного обучения

Роль структур стебель-петля, находящихся в 3’ UTR ретротранспозонов была экспериментально показана для различных семейств мобильных генетических элементов, причем транспозоны LINE и SINE обладают схожими 3’ UTR последовательностями, содержащими структуры стебель-петля.В данной работе были исследованы свойства структур стебель-петля транспозонов L1 и Alu, находящихся в 3’ UTR. Последовательности данных мобильных генетических элементов не совпадают, однако обладают структурами типа стебель-петля. В данном исследовании было разработано два типа моделей машинного обучения: использующая только информацию о композиционном составе последовательностей и построенная на основе химических, физических и геометрических свойств. В результате проведенных экспериментов, среди самых важных параметров для модели, использующей структурную информацию, оказались гидрофильность, сдвиг и наклон. Полученные результаты указывают на существование структурных ограничений у 3’ UTR последовательностей транспозонов L1 и Alu, предположительно связанных с механизмом транспозиции.