• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Версия для слабовидящихЛичный кабинет сотрудника ВШЭПоиск

Автоматическая разметка трехмерных структур хроматина на контактных картах Hi-C амебы Dictyostelium discoideum: случаи петель и топологически ассоциированных доменов

ФИО студента: Савостьянов Антон Сергеевич

Руководитель: Гельфанд Михаил Сергеевич

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Анализ данных в биологии и медицине (Магистратура)

Оценка: 8

Год защиты: 2019

В работе изучается вопрос автоматической разметки структурных единиц пространственной организации хроматина —— хроматиновых петель —— для общественной амебы Dictyostelium discoideum по контактным картам эксперимента Hi-C. Несмотря на функциональную важность трехмерной структуры ДНК, разработанные для млекопитающих методы разметки петель неприменимы для других организмов. В настоящей работе предложен алгоритм, базирующийся на классических методах компьютерного зрения: Laplacian of Gaussian и Image Enhancement. Качество полученных результатов проверяется относительно имеющей ручной разметки (алгоритм находит ~80% известных петель); оптимальный набор параметров алгоритма выбирается относительно статистик получающихся распределений петель. Также предложен метод оценки false discovery rate метода при помощи аппроксимации гамма-распределением. В работе обнаружено, что при попадании в более враждебную среду и переходу к многоклеточному состоянию, амеба имеет тенденцию к увеличению и последующей потере значительной части хроматиновых петель.

Текст работы (работа добавлена 22 мая 2019 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ