• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Методы машинного обучения в генетике и геномике

ФИО студента: Мещеряков Евгений Александрович

Руководитель: Попцова Мария Сергеевна

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Год защиты: 2019

В данной работе рассматривается задача распознавания гистоновых меток по нуклеотидной последовательности ДНК. Целью исследования является выявление новых паттернов процесса экспрессии генов и их связсь с эпигенетическим кодом. Задача классификации решается с помощью построения глубокой свёрточной нейронной сети. Рассматриваются шесть различных гистонных модификаций H3K27ac, H3K4me1, H3K9me3, H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3. Обучено шесть моделей, каждая на пиках своей модификации, взятых в стволовых клетках. Построены ROC и Precision-Recall кривые, высчитан AUC-ROC для всех 6 классификаторов. Для сравнения посчитан AUC-ROC модели случайного леса на тех же данных. Эффективность полученных моделей была также проверена на клетках других тканей: нервных, клетках кости, печени, лёгких и почек. Показатели мощности нейросетей в классификации участков стволовых клеток, на которых обучались модели, могут дать новую информацию о степени зависимости экспрессии генов от эпигенетического кода. Проверка AUC-ROC на других тканях даст возможность определить, существуют ли некоторые общие паттерны процесса регуляции экспрессии в различных типах клеток.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ