• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Разработка алгоритмов выравнивания последовательностей на геномные интервальные карты

ФИО студента: Винниченко Максим Юрьевич

Руководитель: Литвинов Юрий Викторович

Кампус/факультет: Санкт-Петербургская школа физико-математических и компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Год защиты: 2019

Геномные интервальные карты хранят информацию о длинных участках генома, что позволяет разрешить крупные повторы. Поэтому нашлось много применений интервальных карт в сборке генома, в частности, в скаффолдинге. Задача выравнивания последовательности на интервальную карту — основная задача для использования интервальных карт в сборке генома. Компания Nabsys недавно разработала новую технологию для чтения интервальных карт геномов. Эта технология позволяет получить интервальные карты высокого разрешения по относительно низкой цене. Сборщик геномов SPAdes поддерживает интервальные карты Nabsys и может использовать их на шаге скаффолдинга. Пути, получающиеся на разных этапах скаффолдинга, иногда содержат несколько значительных вставок. Текущий алгоритм выравнивания, использующийся в SPAdes, очень чувствителен к таким вставкам, что ограничивает его применение. В данной работе представлен новый алгоритм выравнивания интервальных карт с учётом таких вставок. Ключевые слова: оптические карты, интервальные карты, выравнивание последовательностей

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ