• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Программная модель для предсказания позиции петель по геномной последовательности в хроматине Dictyostelium discoideum

ФИО студента: Савинова Виктория Олеговна

Руководитель: Гельфанд Михаил Сергеевич

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Программная инженерия (Бакалавриат)

Год защиты: 2019

Данная работа посвящена разработке модели для предсказания позиций пе­ тель ДНК по геномной последовательности и свойствам ДНК, включающих содер­ жание нуклеотидов, k-меров, наличие мотивов транскрипционных факторов и при­ сутствие G-квадруплексов. В работе была рассмотрена задача бинарной и мультиклассовой классифика­ ции. Для бинарной классификации были рассмотрены модель Random Forest и свёр­ точная нейронная сеть, для которых были достигнуты значения метрики ROC-AUC 0.67 и 0.7 соответственно. В ходе исследования были замечены петли с увеличенным числом контактов (extrusion track) и разработан алгоритм их обнаружения. В связи с этим задача бинарной классификации была расширена до мультиклассовой: отне­ сение участка генома к одному из 4-ёх классов: внепетельный регион, регион возле позиции петли, внутрипетельный регион и регион возле позиции петли с extrusion track-ом. Для мультиклассовой классификации была рассмотрена модель Random Forest. Для данной модели достигается точность 0.69. Была произведена интерпретация моделей: получены важные свойства ДНК для случайного леса и сделано сопоставление фильтров 1-го свёрточного слоя ней­ ронной сети с мотивами траскриционных факторов.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ