Анализ геометрических ядер в структурах комплексов транскрипционных факторов в ДНК

ФИО студента: Бутенко Николай Андреевич

Руководитель: Спирин Сергей Александрович

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Анализ данных в биологии и медицине (Магистратура)

Год защиты: 2019

Связывание молекул ДНК со специфическими ДНК-связывающими белками — один из важнейших процессов в клетке. В настоящее время в рамках базы NPIDB доступны для компьютерного анализа более 6000 ДНК-белковых комплексов. Анализ этих структур: выделение общих структурных особенностей доменов белков в ДНК-белковых комплексах позволит продвинуться в понимании особенностей работы этих белков, выполняющих важные задачи в управлении развитием и делением клетки, регуляцией внутренних процессов и даст возможность участвовать в управлении этими процессами на новом уровне. В рамках дипломной работы мы предложили метод построения карты геометрической близости доменов, основанной на вычислении их структурной схожести описанными методами и применили на 6 семействах транскрипционных факторов в состоянии нуклеопротеиновых комплексов. Нами были найдены стандартные и граничные значения для пар в рамках одного белка, одного семейства и различных семейств и показаны очевидные пороги различия. Были исследованы и раскластеризованы 6 семейств ДНК-связывающих доменов транскрипционных факторов. Соединены звенья программного комплекса базы нуклеопротеиновых комплексов в единый конвейер, позволяющий определять структурную близость и строить структурные карты любого набора доменов.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ