Применение методов машинного обучения для предсказания пространственной структуры белков

ФИО студента: Цхай Борис Витальевич

Руководитель: Посыпкин Михаил Анатольевич

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Оценка: 8

Год защиты: 2020

Предсказание трехмерной структуры белка является одной из самых обсуждаемых проблем в биоинформатике на данный момент. Знание структуры необходимо для понимания функциональности белка, что в свою очередь может помочь в борьбе с болезнями, против которых не существует лекарственных препаратов. Целью данной работы является предсказание матрицы контактов белка. С помощью информации об ограничениях, содержащейся в матрице контактов, возможно, под определенными обстоятельствами, реконструировать трехмерную структуру белка с высокой точностью, благодаря тому факту, что данная матрица является двумерным представлением белка. В ходе работы были рассмотрены различные модели машинного обучения (XGBoost, CatBoost, Logistic Regression, CNN, ResNet, BiLSTM, LSTM). Как результат, удалось достичь значения 0.79 на метрике F1, используя гибрид, состоящий из ResNet и BiLSTM.

Текст работы (работа добавлена 19 мая 2020 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ