• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Распознавание квадруплексов методами глубинного обучения в геноме мыши

ФИО студента: Бурданова Софья Павловна

Руководитель: Попцова Мария Сергеевна

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Оценка: 9

Год защиты: 2020

G-квадруплексы (G4) представляют собой последовательности нуклеиновых кислот, обогащенные гуанином и способные образовывать четырехцепочечные структуры. Квадруплексы активно изучаются, но точные закономерности их образования в настоящее время неизвестны, поэтому задача распознавания квадруплексов методами глубинного обучения играет немаловажную роль в исследованиях данного явления. Решение данной задачи методами машинного обучения осложняется несбалансированностью выборки. Данная работа посвящена применению генеративно-состязательной сети для генерации квадруплексов в геноме мыши с целью дальнейшего использования сгенерированных данных в качестве тренировочного набора для улучшения качества различных моделей. В работе были продемонстрированы результаты четырех вариаций генеративно-состязательных сетей (простой GAN, WGAN, WGAN-GP и LSGAN) на шести комбинациях сверточных сетей из генератора и дискриминатора. В результате удалось построить такую сеть, которая генерирует квадруплексы, которые потом распознаются моделью CNN c максимальным ACCURACY 0.96. Наилучший и наиболее стабильный результат из всех реализованных архитектур для данной задачи показала GEN2+DISC1 с WGAN-GP. Данная работа представляет собой одно из пионерских исследований в области применения генеративно-состязательных сетей в задачах геномики и, в частности, в задачах распознавания квадруплексов.

Текст работы (работа добавлена 20 мая 2020 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ