Поиск паттернов вторичных структур ДНК и модификаций гистонов

Дипломная работа на тему: «Поиск паттернов вторичных структур ДНК и модификаций гистонов». В работе – 55 стр., содержащих 25 рис., 11 табл., 52 библиографических источника, 1 приложение. Абстракт: Достижения в экспериментальном детектировании G-квадруплексов позволили обнаружить их на уровне генома. При этом было показано, что G-квадруплексы играют важную роль во многих геномных процессах. Тем не менее, их связь с эпигенетическим кодом плохо изучена. В данной работе был проведен поиск ассоциаций G-квадруплексов с тремя гистоновыми метками – H3K4me3, H3K9ac и H3K27ac, и были проверены такие гипотезы, как наличие различий в мотивах G-квадруплексов, обогащенных общими и тканеспецифичными гистоновыми метками, и наличие различий в распределении G-квадруплексных последовательностей между этими множествами. Ключевые слова: G-квадруплексы, гистоновые метки, эпигенетика, машинное обучение Объект исследования: G-квадруплексы, гистоновые метки H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac. Предмет исследования: связь G-квадруплексов и гистоновых меток Работа содержит введение, 7 глав, заключение, список литературы и приложение. Введение включает в себя знакомство с G-квадруплексами, с их ролью в геноме и постановку задачи. Первая глава посвящена обзору методов детектирования G-квадруплексов и изучению данных по ним. Вторая глава содержит информацию о данных по гистоновым меткам и методы работы с ними. Третья глава описывает методы машинного обучения в данном исследовании и результаты по ним. Четвертая глава содержит описание и результаты анализа ассоциаций между G-квадруплексами и гистоновыми метками. Пятая глава посвящена поиску связи между G-квадруплексами и гистоновыми метками внутри промоторов. Шестая глава описывает валидацию результатов, полученных в предыдущей главе. Седьмая глава содержит информацию по анализу обогащения транскрипционных факторов в множествах G-квадруплексных последовательностей. В заключении представлены основные выводы – краткое описание выводов по главам, обобщение результатов в виде необходимости дальнейших исследований и описание планов. Приложение содержит графики, не вошедшие в текст пятой главы.