• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Генерация Hi-C карт из последовательности ДНК с помощью глубокого машинного обучения

ФИО студента: Алишев Наиль Анварович

Руководитель: Гельфанд Михаил Сергеевич

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Анализ данных в биологии и медицине (Магистратура)

Оценка: 8

Год защиты: 2020

Информация о трехмерной структуре хромосом имеет важное значение для понимания механизмов регуляции экспрессии генов, репликации и репарации ДНК, рекомбинации. Метод Hi-C позволяет получать экспериментальные данные о пространственной структуре хроматина с высокой точностью. Помимо экспериментального Hi-C, в последнее время появляются in silico методы для предсказания хромосомных контактов. Эти методы используют эпигенетические данные, данные о последовательности ДНК или комбинацию этих видов данных. На текущий момент, большинство методов по in silico предсказанию трехмерной структуры хромосом были реализованы специально для хроматина млекопитающих (человек и мышь). В данной работе демонстрируется модель глубокой Сверточной Нейронной Сети, разработанная для предсказания данных Hi-C на основании одной лишь последовательности ДНК для насекомого Drosophila melanogaster. В ходе работы был проведен сравнительный анализ различных моделей, а лучшая модель была использована для экспериментов по in silico мутагенезу.

Текст работы (работа добавлена 22 мая 2020 г.)

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ