Распознавание функциональных элементов генома с учетом распределений ChiP-seq экспериментов методами глубинного обучения

ФИО студента: Шведов Артемий Павлович

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Прикладная математика и информатика (Бакалавриат)

Год защиты: 2021

Данная работа посвящена поиску паттернов ассоциации между гистоновыми метками и вторичными структурами ДНК: квадруплексами и Z-ДНК. С помощью методов глубинного обучения, в частности сверточных нейросетей, становится возможным обучить модели, дающие хорошее качество в распознавании функциональных элементов генома. В данной работе мы впервые используем метод обработки данных, использованный при создании нейросети DeepChrome, для задач распознавания паттернов гистоновых меток и вторичных структур ДНК. Он улучшает качество признаков для обучения и позволяет избежать дискретизации, которая присутствовала в более ранних исследованиях. Нам удалось получить результаты, превосходящие итоги предыдущих исследований в той же области. Построенные карты силы сигнала гистоновых меток позволяют определять наиболее значимые сигналы.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ