Одноэтапная идентификация белка на данных тандемной масс-спектрометрии с использованием глубоких нейронных сетей

ФИО студента: Кудрявцева Полина Сергеевна

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Анализ данных в биологии и медицине (Магистратура)

Год защиты: 2021

Одна из задач масс-спектрометрии − это сопоставление спектра бел- ковой последовательности, хранящейся в базе данных. В настоящее вре- мя наиболее популярный способ решения данной задачи включает в себя большое число шагов: обработку экспериментальных спектров, генера- цию теоретических спектров, их сравнения друг с другом. С каждым шагом суммарная ошибка растет, и результат получается неточным. В данной работе мы предлагаем заменить стандартный конвейер на глу- бокую нейронную сеть. Разработанная архитектура позволит напрямую сопостовить спектр белковой последовательности, а не пептиду, избавит от необходимости генерировать теоретические спектры и удалять шум из экспериментальных данных. Мы сравнили стандартный конвейер и нейронную сеть с помощью false discovery rate. Разработанная модель дает большее число правильных сопоставлений спектра белку на всех значениях порога свыше 1%.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ