Scientific Seminar "Biomedical Data Analysis"

2019/2020

Academic Year

RUS

Instruction in Russian

6

ECTS credits

Delivered at:

Department of Complex System Modelling Technologies (Faculty of Computer Science)

Course type:

Compulsory course

When:

1 year, 1-4 module

Instructors

Vlassov, Vasily

Kertesz-Farkas, Attila

Рубинов Анатолий Рувимович

Программа дисциплины

Аннотация

Настоящая дисциплина относится к блоку обязательных дисциплин. Изучение данной дисциплины базируется на следующих дисциплинах: Научно-исследовательский семинар «Исследование медико-биологических данных», 1 курс -«Молекулярная эволюция» Для освоения учебной дисциплины студенты должны владеть следующими знаниями: - Основные понятия эволюционной биологии - Основы эволюционной медицины

Цель освоения дисциплины

• Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке

Планируемые результаты обучения

• Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики
• Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
• Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
• Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
• Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
• Познакомить с публикациями по данной тематике
• Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;

Содержание учебной дисциплины

• Основные принципы молекулярной эволюции
• Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
  Терминология (лист, ветвь, узел, клада, корень). Топология дерева как набор разбиений множества листьев. Смысл длин ветвей. Число различных разрешённых деревьев с n листьями (укоренённых и неукоренённых). Что такое “ультраметричность” (применительно к филогенетическому дереву)
• Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
• Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
  Принципиальная схема реконструкции филогении Дистанционные и символьные методы Прямые и переборные методы
• Современная литература по вычислительной филогенетике
• Разбор статей и доклады студентов

Элементы контроля

• Контрольная работа 1
• Доклад по статье/практическому заданию
• Контрольная работа 2
• Экзамен

Промежуточная аттестация

• Промежуточная аттестация (4 модуль)
  0.3 * Доклад по статье/практическому заданию + 0.25 * Контрольная работа 1 + 0.25 * Контрольная работа 2 + 0.2 * Экзамен

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

• Сандырева, Т., Герасимова, Н., Лопатухин, А., Киреев, Д., Куевда, Д., Шипулин, Г., & Подымова, А. (2014). Филогенетический Анализ В Эпидемиологических Расследованиях Случаев Вич-Инфекции. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.EBE1BC3C

Рекомендуемая дополнительная литература

• Felsenstein, J. (1997). An Alternating Least Squares Approach to Inferring Phylogenies from Pairwise Distances. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.C063E807
• Felsenstein, J. (2001). Taking variation of evolutionary rates between sites into account in inferring phylogenies. Journal Of Molecular Evolution, 53(4–5), 447–455. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=mdc&AN=11675604