Беженцев Владислав Михайлович, факультет компьютерных наук (Москва)

Беженцев Владислав Михайлович

2-й курс магистратуры, программа "Анализ данных в биологии и медицине"

Кандидатуру предлагает коллектив преподавателей НИУ ВШЭ в лице старшего преподавателя Департамента анализа данных и искусственного интеллекта Макарова Ильи Андреевича, младшего научного сотрудника ИППИ РАН, старшего преподавателя кафедры технологий моделирования сложных систем Денисова Степана Владимировича, профессора кафедры технологий моделирования сложных систем Головина Андрея Викторовича

Окончив физико-математическую школу №179 г. Москвы, Беженцев Владислав поступил на образовательную программу «Программная инженерия». Поступление в НИУ ВШЭ не вызвало у него затруднений, так как за его плечами были многочисленные призовые места различных олимпиад по математике и информатике.

Успешно осваивая специальность программного инженера, Владислав, являясь студентом второго курса, заинтересовался биоинформатикой, вследствие чего взялся выполнить ряд работ на базе лаборатории структурно-функционального конструирование лекарств института биомедицинской химии им. Ореховича, куда впоследствии был принят на должность лаборанта-исследователя. Первое время Владислав занимался разработкой программы визуализации структурных формул молекул по их молекулярным графам. Программа эта писалась «с нуля», а алгоритм придумывался лично Владиславом и представлял из себя многостадийную процедуру, включающую в себя различные графовые алгоритмы, а также алгоритмы вычислительной геометрии и выпуклой и глобальной оптимизации. Данная работа была засчитана в качестве курсовой на третьем году обучения на программной инженерии.

В дальнейшем Владислав переключился на тематику компьютерного прогноза интегральной токсичности метаболитов ксенобиотиков в организме человека. Работы осуществлялись по гранту РНФ № 14-15-00449. В частности, Владислав разрабатывал программу, осуществляющую прогноз дерева метаболитов, образующихся в организме человека, по структуре ксенобиотика. В результате был разработан веб-сервис MetaTox, а также опубликована одна обзорная статья по метаболизму ксенобиотиков в журнале Russian Chemical Reviews: «Computer-aided prediction of xenobiotic metabolism in the human body», а также application notes и ряд статей, описывающих алгоритм прогноза: «MetaTox: Web Application for Predicting Structure and Toxicity of Xenobiotics’ Metabolites», «Integral estimation of xenobiotics’ toxicity with regard to their metabolism in human organism», «Prediction of metabolites of epoxidation reaction in MetaTox» (в публикации). Часть проделанной работы вылилась в бакалаврский диплом, который был успешно защищен в 2016 году.

Став студентом первого курса магистерской программы «Анализ данных в биологии и медицине», на которую он поступил по олимпиаде для студентов, Владислав переключился на тематику поиска новых мишеней для терапии рефрактерной эпилепсии методами сетевой фармакологии в рамках гранта РНФ № 16-45-02012. В результате данной работы был выявлен ряд потенциальных мишеней, для которых в дальнейшем планируется провести экспериментальное тестирование. В ходе работы была сделана одна обзорная публикация в Pharmaceutical Chemistry Journal: «Web Resources for Discovery and Development of New Medicines». По итогам работы была написана статья «Identification of Potential Drug Targets for Treatment of Refractory Epilepsy Using Network Pharmacology» и направлена в журнал Journal of Bioinformatics and Computational Biology. На данный момент она находится на этапе рецензирования.

На данный момент Владислав является участником 3 проектов: «Интегральная оценка токсичности ксенобиотиков с учётом их метаболизма в организме человека изоформами 3A4, 2C9, 2C19, 2D6, 1A2 цитохрома P450» (грант РНФ № 14-15-00449), «Исследование химико-биологического пространства очень больших баз данных потенциально синтезируемых соединений с целью поиска новых веществ с анти-ВИЧ активностью» (грант РФФИ № 17-54-30015-НИЗ_а) и «Подход к репозиционированию лекарств для социально-значимых и редких заболеваний, основанный на знаниях» (грант РНФ № 16-45-02012).

На данный момент Владислав является студентом второго курса магистерской программы «Анализ данных в биологии и медицине», и начинает заниматься новой для себя тематикой компьютерного прогноза новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 методами молекулярной динамики.

Согласно данным Google Scholar индекс Хирша Владислава на данный момент равен 2, три его публикации изданы в топовых международных журналах с квартилем Q1.

Считаем, что Владислав достоит присуждения премии “Серебряный птенец” за выдающиеся научно-исследовательские достижения.

Публикации:

• (Q1) V. M. Bezhentsev, O. A. Tarasova, A. V. Dmitriev, et al.,Computer-aided prediction of xenobiotic metabolism in the human body, Russian Chemical Reviews, 85(8), 854-879.
• (Q1) A. V. Rudik, V. M. Bezhentsev, et al., MetaTox: Web Application for Predicting Structure and Toxicity of Xenobiotics’ Metabolites, Journal of Chemical Information and Modeling, 57(4), 638-642.
• (Q3) V. M. Bezhentsev, D. S. Druzhilovskii, et al., Web Resources for Discovery and Development of New Medicines, Pharmaceutical Chemistry Journal, 51(2), 91-99.
• (Q1) A. V. Dmitriev, A. V. Rudik, et al., Integral estimation of xenobiotics’ toxicity with regard to their metabolism in human organism, Pure and Applied Chemistry, 89(10), 1449-1458.
• В. М. Беженцев, Д. С. Дружиловский, и др., Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов, Химико-фармацевтический журнал, 51(2), 3-11.
• В. М. Беженцев, О. А. Тарасова, и др., Компьютерный прогноз путей метаболизма ксенобиотиков в организме человека, Успехи химии, 85(8), 854-879.
• (Q3) V. M. Bezhentsev, S. M. Ivanov, et al., Identification of Potential Drug Targets for Treatment of Refractory Epilepsy Using Network Pharmacology, Journal of Bioinformatics and Computational Biology (on review).
• (Q3) A. V. Rudik, A. V. Dmitriev, V. M. Bezhentsev, et al., Epoxide metabolite prediction in MetaTox, SAR and QSAR in Environmental Research (GSAR) (in press).

Конференции:

• XXII Российский Национальный Конгресс «Человек и Лекарство»
•  XXIV Российский Национальный Конгресс «Человек и Лекарство»
• The Annual Scientific Meeting CLINICAL PROTEOMICS. POSTGENOME MEDICINE