Суперкомпьютерные технологии атомистического моделирования в науках о материалах и физике биомембран
Приоритетные направления развития:
инженерные науки
2019
Подразделение:
Международная лаборатория суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа
Публикации по проекту:
Nikolskiy V., Stegailov V. GPU Acceleration of Four-Site Water Models in LAMMPS, in: Parallel Computing: Technology Trends. Amsterdam: IOS Press, 2020. P. 565-573. doi
Dlinnova E., Бирюков С. А., Stegailov V. Energy Consumption of MD Calculations on Hybrid and CPU-Only Supercomputers with Air and Immersion Cooling, in: Parallel Computing: Technology Trends. Amsterdam: IOS Press, 2020. P. 574-582. doi
Parallel Computing: Technology Trends. Amsterdam: IOS Press, 2020.
Тимофеев А. В., Семенов В. П., Николаев В. С. Неоднородность структурных и динамических характеристик пылевой плазмы в газовом разряде // Журнал экспериментальной и теоретической физики. 2020. Т. 157. № 1. С. 180-188. doi
Timofeev A. Divergence of dust particles trajectories in dusty plasma model // Journal of Physics: Conference Series. 2019. Vol. 1147. No. 012100. P. 1-6. doi
Timofeev A., Nikolaev V. S. Inhomogeneity of a harmonically confined Yukawa system // Physics of Plasmas. 2019. Vol. 26. No. 073701. P. 1-8. doi
Stegailov V., Dlinnova E., Ismagilov T., Khalilov M., Kondratyuk N., Makagon D., Semenov A., Simonov A., Smirnov G., Timofeev A. Angara interconnect makes GPU-based Desmos supercomputer an efficient tool for molecular dynamics calculations // International Journal of High Performance Computing Applications. 2019. Vol. 33. No. 3. P. 507-521. doi
Androniuk I., Kalinichev A. G. Molecular dynamics simulation of the interaction of uranium (VI) with the C-S-H phase of cement in the presence of gluconate // Applied Geochemistry. 2020. Vol. 113. P. 104496. doi
Kraevsky S. V., Tournassat C., Vayer M., Warmont F., Grangeon S., Ngouana-Wakou B. F., Kalinichev A. G. Identification of montmorillonite particle edge orientations by atomic-force microscopy // Applied Clay Science. 2020. Vol. 186. P. 105442. doi
Szczerba M., Kalinichev A. G., Kowalik M. Intrinsic hydrophobicity of smectite basal surfaces quantitatively probed by molecular dynamics simulations // Applied Clay Science. 2020. Vol. 188. P. 105497. doi
Loganathan N., Yazaydin A. O., Bowers G. M., Ngouana-Wakou B. F., Kalinichev A. G., Kirkpatrick R. J. Role of cations in the methane/carbon dioxide partitioning in nano- and mesopores of illite using constant reservoir composition molecular dynamics simulation // The Journal of Physical Chemistry C. 2020. Vol. 124. P. 2490-2500. doi
Ay A. N., Zumreoglu-Karan, B., Kalinichev A. G., Rives V., Trujillano R., Temel A. Layered double hydroxide - borate composites supported on magnetic nanoparticles: preparation, characterization and molecular dynamics simulations // Journal of Porous Materials. 2020 doi
Efremov R., Нольде Д. Е., Волынский П. Е., Захарова Г. С., Palmer R. A., Tonevitsky A. Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell. // Scientific Reports. 2019. Vol. 9. No. 413. P. 1-12. doi
Чугунов А. О., Панина И. С., Ефремов Р. Г. Антимикробные пептиды, нацеленные на липид II мембран бактерий: ключевой принцип действия // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 60-60.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 27: Двадцать седьмая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2020. С. 53-54.
Панина И. С., Чугунов А. О., Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Ефремов Р. Г. Фармакофорная модель распознавания низином липида II в бактериальной мембране // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 83-84. doi
Волынский П. Е., Гаврилина А. М., Нольде Д. Е., Ефремов Р. Г. Выявление факторов важных для транслокации белков через мембрану методами компьютерного моделирования // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды Т. 1. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 141-141.
Panina I., Chugunov A., Dmitry Nolde, Efremov R. Nisin/lipid II interaction in bacterial membrane: molecular dynamics study, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-069. P. 269-269.
Priezjev N. The effect of thermal history on the atomic structure and mechanical properties of amorphous alloys // Computational Materials Science. 2020. Vol. 174. P. 109477. doi
Priezjev N. Accelerated relaxation in disordered solids under cyclic loading with alternating shear orientation // Journal of Non-Crystalline Solids. 2019. Vol. 525. P. 119683. doi
Polyansky Anton A., Bocharov E. V., Velghe A. I., Kuznetsov Andrey S., Bocharova O. V., Urban A. S., Arseniev A. S., Zagrovic B., Demoulin J., Efremov Roman G. Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain // Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects. 2019. Vol. 1863. No. 1. P. 82-95. doi
Berkut A., Chugunov A., Mineev K., Peigneur S., Tabakmakher V., Krylov N., Oparin P., Лихоносова А. Ф., Novikova E., Arseniev A., Grishin E., Tytgat J., Efremov R., Vassilevski A. Protein Surface Topography as a tool to enhance the selective activity of a potassium channel blocker // Journal of biological chemistry. 2019. Vol. 294(48). P. 18349-18359. doi
Ефремов Р. Г. Технология «динамического молекулярного портрета» в вычислительном анализе белков и биомембран // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 58-58.
Кузнецов А. С., Bennasroune A., Maurice P., Ефремов Р. Г. Молекулярно-динамические аспекты взаимодействия трансмембранного сегмента нейраминидазы-1 с перспективным пептидным перехватчиком // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 108-108.
Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Protein–lipid interactions in glycophorin-like dimerization motifs of transmembrane helices, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-068. P. 268-269.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ErbB // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 165-165. doi
Osmakov D., Belozerova O., Koshelev S., Andreev Y., Dubinnyi M., Efremov R., Chugunov A., Kublitski V., Kozlov S. Mode of action and biological activity of sevanol and its analogues on acid-sensing ion channels, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 15-014. P. 183-183.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Димеризация трансмембранных доменов белков: роль липидного окружения // В кн.: Тезисы докладов XXVI Международной конференции "Математика. Компьютер. Образование". МКО-2019. [б.и.], 2019. С. 45-45.
Albrecht C., Dhaideh Z., Appert-Collin A., Dauchez M., Blaise S., Romier-Crouzet B., Kuznetsov A., Efremov R., Duca L., Gueroult M., Maurice P., Bennasroune A. Effects of interfering transmembrane peptides on neuraminidase-1 activity, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 31-006. P. 295-296.
Bocharov E. V., Lesovoy D. M., Pavlov K., Bocharova O. V., Urban A. S., Mineev K. S., Bershacky Y., Shtykova E., Volynsky P. E., Efremov R., Arseniev A. S. Structural basis of the signal transduction via transmembrane domains of type I receptors in norma and pathology, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 06-027. P. 130-130.
Urban A., Bocharov E. V., Nadezhdin K., Pavlov K., Shtykova E., Tikhaia E., Volynsky P. E., Efremov R., Arseniev A. S., Bocharova O. V. Conformational variability and intramembrane recognition possibly associated with abnormal cleavage of APP transmembrane domain, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 31-016. P. 299-299.
Zamaletdinov M. F., Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-047. P. 262-262.
Коншина А. Г., Крылов Н. А., Ефремов Р. Г. Механизм встраивания мембрано-активного цитотоксина в липидный бислой: моделирование in silico // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 160-161.
Tabakmakher V. M., Krylov N., Kuzmenkov A. I., Efremov R., Vassilevski A. A. Kalium 2.0, a comprehensive database of polypeptide ligands of potassium channels // Scientific data. 2019. Vol. 6. No. 73. P. 1-8. doi
Pouvreau M., Greathouse J. A., Cygan R. T., Kalinichev A. G. Structure of Hydrated Kaolinite Edge Surfaces: DFT Results and Further Development of the ClayFF Classical Force Field with Metal-O-H Angle Bending Terms // The Journal of Physical Chemistry C. 2019. Vol. 123. P. 11628-11638. doi
Loganathan N., Bowers G. M., Ngouana-Wakou B. F., Kalinichev A. G., Kirkpatrick R. J., Yazaydin A. O. Understanding Methane/Carbon Dioxide Partitioning in Clay Nano- and Meso-Pores with Constant Reservoir Composition Molecular Dynamics Modeling // Physical Chemistry Chemical Physics. 2019. Vol. 21. P. 6917-6924 . doi
Бочаров Э., Лесовой Д., Минеев К., Бочарова О., Урбан А., Бершацкий А., Надеждин К., Волынский П., Ефремов Р. Г., Арсеньев А. Роль белок-липидных взаимодействий в функционировании битопных мембранных белков // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 45-46.
Ефремов Р. Г. Путешествия в «аномальные зоны» клетки с помощью вычислительной биофизики // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 16-17.
Timofeev A., Nikolaev V. S. Influence of ion shadowing effect on average inter-particle distance in dusty plasma crystals // Journal of Physics: Conference Series. 2019. Vol. 1147. No. 012109. P. 1-7. doi
Трофимов Ю. А., Krylov N., Efremov R. Confined dynamics of water in transmembrane pore of TRPV1 ion channel // International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20. No. 4285. P. 1-13. doi
Myshkin M., Mannikko R., Krumkacheva O., Kulbatskii D., Chugunov A., Berkut A., Paramonov A., Shulepko M., Fedin M., Hanna M., Kullmann D., Bagryanskaya E., Arseniev A., Kirpichnikov M., Lyukmanova E., Vassilevski A., Shenkarev Z. Cell-Free Expression of Sodium Channel Domains for Pharmacology Studies. Noncanonical Spider Toxin Binding Site in the Second Voltage-Sensing Domain of Human NaV1.4 Channel // Frontiers in Pharmacology. 2019. Vol. 10. P. 1-20. doi
Kondratyuk N., Pisarev V. Calculation of viscosities of branched alkanes from 0.1 to 1000 MPa by molecular dynamics methods using COMPASS force field // Fluid Phase Equilibria. 2019. Vol. 498. P. 151-159. doi
Норман Г. Э., Писарев В. В., Флейта Д. Ю. Особенность в точке перехода от равновесной к метастабильной фазе металлического расплава // Письма в Журнал экспериментальной и теоретической физики. 2019. Т. 109. № 10. С. 689-693. doi
Pisarev V., Mistry S. Volume-based mixing rules for viscosities of methane + n-butane liquid mixtures // Fluid Phase Equilibria. 2019. Vol. 484. P. 98-105. doi
Bocharov E. V., Nadezhdin K. D., Urban A. S., Volynsky P. E., Pavlov K. V., Efremov R., Arseniev A. S., Bocharova O. V. Familial L723P Mutation Can Shift the Distribution between the Alternative APP Transmembrane Domain Cleavage Cascades by Local Unfolding of the Ε‑Cleavage Site Suggesting a Straightforward Mechanism of Alzheimer’s Disease Pathogenesis. // ACS Chemical Biology. 2019. Vol. 14. No. 7. P. 1573-1582. doi
Priezjev N. The potential energy states and mechanical properties of thermally cycled binary glasses // Journal of Materials Research. 2019. Vol. 34. No. 15. P. 2664-2671. doi
Efremov R. Dielectric-dependent strength of interlipid H-bonding in biomembranes: a model case study. // Journal of Chemical Information and Modeling. 2019. Vol. 59. No. 6. P. 2765-2775. doi
Priezjev N., Makeev M. The influence of periodic shear on structural relaxation and pore redistribution in binary glasses // Journal of Non-Crystalline Solids. 2019. Vol. 506. P. 14-20. doi
Priezjev N., Makeev M. Structural transformations during periodic deformation of low-porosity amorphous materials // Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering. 2019. Vol. 27. P. 025004-025004. doi
Priezjev N., Makeev M. Structural relaxation of porous glasses due to internal stresses and deformation under tensile loading at constant pressure // Computational Materials Science. 2019. Vol. 156. P. 376-384. doi
Priezjev N., Liu Q. The influence of complex thermal treatment on mechanical properties of amorphous materials // Computational Materials Science. 2019. Vol. 161. P. 93-98. doi
Priezjev N. Aging and rejuvenation during elastostatic loading of amorphous alloys: A molecular dynamics simulation study // Computational Materials Science. 2019. Vol. 168. P. 125-130. doi
Priezjev N. Atomistic modeling of heat treatment processes for tuning the mechanical properties of disordered solids // Journal of Non-Crystalline Solids. 2019. Vol. 518. P. 128-133. doi
Норман Г. Э., Ленев Д. Ю. Молекулярное моделирование термической аккомодации атомов аргона на кластерах атомов железа // Теплофизика высоких температур. 2019. Т. 7. № 4. С. 1-9. doi
Kirova E. M., Pisarev V. The glass transition criteria for aluminum–copper melt // Journal of Physics: Conference Series. 2019. Vol. 1147. No. 012014. P. 1-5. doi
