Кузнецов Андрей Сергеевич

Статьи и главы в книгах²⁴

• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 27: Двадцать седьмая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2020. С. 53-54.
• Статья Polyansky Anton A., Bocharov E. V., Velghe A. I., Kuznetsov Andrey S., Bocharova O. V., Urban A. S., Arseniev A. S., Zagrovic B., Demoulin J., Efremov Roman G. Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain // Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects. 2019. Vol. 1863. No. 1. P. 82-95. doi
• Глава книги Zamaletdinov M. F., Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-047. P. 262-262.
• Глава книги Albrecht C., Dhaideh Z., Appert-Collin A., Dauchez M., Blaise S., Romier-Crouzet B., Kuznetsov A., Efremov R., Duca L., Gueroult M., Maurice P., Bennasroune A. Effects of interfering transmembrane peptides on neuraminidase-1 activity, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 31-006. P. 295-296.
• Глава книги Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Protein–lipid interactions in glycophorin-like dimerization motifs of transmembrane helices, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-068. P. 268-269.
• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Димеризация трансмембранных доменов белков: роль липидного окружения // В кн.: Тезисы докладов XXVI Международной конференции "Математика. Компьютер. Образование". МКО-2019. [б.и.], 2019. С. 45-45.
• Глава книги Кузнецов А. С., Bennasroune A., Maurice P., Ефремов Р. Г. Молекулярно-динамические аспекты взаимодействия трансмембранного сегмента нейраминидазы-1 с перспективным пептидным перехватчиком // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 108-108.
• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ErbB // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 165-165. doi
• Глава книги Kuznetsov A., Efremov R. Glycophorin A transmembrane helices dimerization: the role of the lipid environment, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 256-257.
• Статья Bragin P., Kuznetsov A.S., Bocharova O., Volynsky P., Arseniev A., Efremov R.G., Mineev K. Probing the effect of membrane contents on transmembrane protein-protein interaction using solution NMR and computer simulations // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2018. Vol. 1860. No. 12. P. 2486-2498. doi
• Глава книги Polyansky A., Kuznetsov A., Volynsky P. E., Efremov R. Proteins and membranes: born to be together. A computational view, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 89-90.
• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль липидного окружения в формировании димера гликофорина А // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 25: Двадцать пятая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование, медицинская биофизика". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2018. С. 70-71.
• Статья Bocharov E., Mineev K., Pavlov K., Akimov S., Efremov R.G., Arseniev A., Kuznetsov A. Helix-helix interactions in membrane domains of bitopic proteins: Specificity and role of lipid environment // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2017. Vol. 1859. No. 4. P. 561-576. doi
• Глава книги Kuznetsov Andrey S., Volynsky P. E., Efremov Roman G. Molecular Basis of Protein-Protein Interactions in Membranes: A Computational Investigation, in: Computed Design for New Drugs and Materials. Molecular Dynamics of Nanoscale Phenomena. NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017. Ch. 5. P. 89-107.
• Глава книги Kuznetsov Andrey S., Smirnov Kirill V., Antonov M. Y., Nikolaev I. N., Efremov Roman G. Molecular Modeling of Biomembranes and Their Complexes With Protein Transmembrane α-Helices, in: AIP Conference Proceedings Vol. 1907: Proceedings of the 8th International Conference on Mathematical Modeling (ICMM-2017). Melville : AIP Publishing LLC, 2017. Ch. 030023. P. 030023-1-030023-5. doi
• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Выявление молекулярных основ взаимодействия белков в мембране с помощью компьютерного моделирования // В кн.: Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах. Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017. Гл. 1.1. С. 9-32.
• Глава книги Смирнов К. В., Кузнецов А. С., Антонов М. Ю., Николаев И. Н., Ефремов Р. Г. Молекулярное моделирование биомембран и их комплексов с трансмембранными α-спиралями белков // В кн.: VIII Международная конференция по математическому моделированию: тезисы докладов. Якутск : Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова, 2017. С. 108-109.
• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль липидного окружения в димеризации трансмембранных доменов белков // В кн.: Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2017: материалы XII международной научно-технической конференции, г. Севастополь, 2-6 октября 2017 г. Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2017. С. 313-317.
• Статья Maurice P., Baud S., Bocharova O., Bocharov E., Kuznetsov A., Kawecki C., Bocquet O., Romier B., Gorisse L., Ghirardi M., Duca L., Blaise S., Martiny L., Dauchez M., Efremov R., Debelle L. New Insights into Molecular Organization of Human Neuraminidase-1: Transmembrane Topology and Dimerization Ability // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 38363. P. 1-19. doi
• Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка влияния среды на димеризацию трансмембранных доменов гликофорина А в компьютерном эксперименте // В кн.: Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2016: материалы XI международной научной-технической конференции, г. Севастополь, 25-29 апреля 2016 г. Т. 1. Вып. 1. Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2016. С. 250-254.
• Статья Kuznetsov A., Polyansky A., Fleck M., Volynsky P., Efremov R. Adaptable Lipid Matrix Promotes Protein-Protein Association in Membranes // Journal of Chemical Theory and Computation. 2015. Vol. 11. No. 9. P. 4415-4426. doi
• Глава книги Kuznetsov A., Polyansky A. A., Volynsky P. E., Efremov R. Lipid environment promotes dimerization of transmembrane helices, in: Computational Materials and Biological Sciences. [б.и.], 2015. P. 139-150.
• Статья Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., Волынский П. Е. Роль липидного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов гликофорина А // Acta Naturae. 2015. Т. 7. № 4. С. 135-140.
• Статья Кузнецов А. С., Дубовский П., Воронцова О. В., Феофанов А. В., Ефремов Р. Г. Взаимодействие линейных катионных пептидов с фосфолипидными мембранами и полимерами сиаловой кислоты // Биохимия. 2014. Т. 79. № 5. С. 583-594. doi