Кузнецов Андрей Сергеевич
- Старший научный сотрудник:Международная лаборатория суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2017 году.
- Научно-педагогический стаж: 5 лет.
Образование, учёные степени
- 2017Кандидат физико-математических наук
- 2011
Магистратура: Московский физико-технический институт, факультет: Молекулярной и биологической физики, специальность «прикладные математики и физика»
Статьи и главы в книгах27
- Статья Akimov M. G., Gamisonia A. M., Dudina P. V., Gretskaya N. M., Gaydaryova A. A., Kuznetsov A., Zinchenko G. N., Bezuglov V. V. GPR55 Receptor Activation by the N-Acyl Dopamine Family Lipids Induces Apoptosis in Cancer Cells via the Nitric Oxide Synthase (nNOS) Over-Stimulation // International Journal of Molecular Sciences. 2021. Vol. 22. No. 2. P. 622. doi
- Статья Kuznetsov A., Zamaletdinov M., Bershatsky Y., Urban A., Bocharova O. V., Bennasroune A., Maurice P., Bocharov E. V., Efremov R. Dimeric states of transmembrane domains of insulin and IGF-1R receptors: Structures and possible role in activation // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2020. Vol. 1862. No. 11. P. 183417. doi
- Статья Albrecht C., Kuznetsov A., Appert-Collin A., Dhaideh Z., Callewaert M., Bershatsky Y., Urban A., Bocharov E. V., Bagnard D., Baud S., Blaise S., Romier-Crouzet B., Efremov R., Dauchez M., Duca L., Maurice P., Bennasroune A. Transmembrane peptides as a new strategy to inhibit neuraminidase-1 activation // Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2020. Vol. 8. P. 611121. doi
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 27: Двадцать седьмая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2020. С. 53-54.
- Статья Polyansky Anton A., Bocharov E. V., Velghe A. I., Kuznetsov Andrey S., Bocharova O. V., Urban A. S., Arseniev A. S., Zagrovic B., Demoulin J., Efremov Roman G. Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain // Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects. 2019. Vol. 1863. No. 1. P. 82-95. doi
- Глава книги Zamaletdinov M. F., Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-047. P. 262-262.
- Глава книги Albrecht C., Dhaideh Z., Appert-Collin A., Dauchez M., Blaise S., Romier-Crouzet B., Kuznetsov A., Efremov R., Duca L., Gueroult M., Maurice P., Bennasroune A. Effects of interfering transmembrane peptides on neuraminidase-1 activity, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 31-006. P. 295-296.
- Глава книги Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Protein–lipid interactions in glycophorin-like dimerization motifs of transmembrane helices, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-068. P. 268-269.
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Димеризация трансмембранных доменов белков: роль липидного окружения // В кн.: Тезисы докладов XXVI Международной конференции "Математика. Компьютер. Образование". МКО-2019. [б.и.], 2019. С. 45-45.
- Глава книги Кузнецов А. С., Bennasroune A., Maurice P., Ефремов Р. Г. Молекулярно-динамические аспекты взаимодействия трансмембранного сегмента нейраминидазы-1 с перспективным пептидным перехватчиком // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 108-108.
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ErbB // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 165-165. doi
- Глава книги Kuznetsov A., Efremov R. Glycophorin A transmembrane helices dimerization: the role of the lipid environment, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 256-257.
- Статья Bragin P., Kuznetsov A.S., Bocharova O., Volynsky P., Arseniev A., Efremov R.G., Mineev K. Probing the effect of membrane contents on transmembrane protein-protein interaction using solution NMR and computer simulations // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2018. Vol. 1860. No. 12. P. 2486-2498. doi
- Глава книги Polyansky A., Kuznetsov A., Volynsky P. E., Efremov R. Proteins and membranes: born to be together. A computational view, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 89-90.
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль липидного окружения в формировании димера гликофорина А // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 25: Двадцать пятая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование, медицинская биофизика". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2018. С. 70-71.
- Статья Bocharov E., Mineev K., Pavlov K., Akimov S., Efremov R.G., Arseniev A., Kuznetsov A. Helix-helix interactions in membrane domains of bitopic proteins: Specificity and role of lipid environment // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2017. Vol. 1859. No. 4. P. 561-576. doi
- Глава книги Kuznetsov Andrey S., Volynsky P. E., Efremov Roman G. Molecular Basis of Protein-Protein Interactions in Membranes: A Computational Investigation, in: Computed Design for New Drugs and Materials. Molecular Dynamics of Nanoscale Phenomena. NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017. Ch. 5. P. 89-107.
- Глава книги Kuznetsov Andrey S., Smirnov Kirill V., Antonov M. Y., Nikolaev I. N., Efremov Roman G. Molecular Modeling of Biomembranes and Their Complexes With Protein Transmembrane α-Helices, in: AIP Conference Proceedings Vol. 1907: Proceedings of the 8th International Conference on Mathematical Modeling (ICMM-2017). Melville : AIP Publishing LLC, 2017. Ch. 030023. P. 030023-1-030023-5. doi
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Выявление молекулярных основ взаимодействия белков в мембране с помощью компьютерного моделирования // В кн.: Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах. Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017. Гл. 1.1. С. 9-32.
- Глава книги Смирнов К. В., Кузнецов А. С., Антонов М. Ю., Николаев И. Н., Ефремов Р. Г. Молекулярное моделирование биомембран и их комплексов с трансмембранными α-спиралями белков // В кн.: VIII Международная конференция по математическому моделированию: тезисы докладов. Якутск : Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова, 2017. С. 108-109.
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль липидного окружения в димеризации трансмембранных доменов белков // В кн.: Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2017: материалы XII международной научно-технической конференции, г. Севастополь, 2-6 октября 2017 г. Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2017. С. 313-317.
- Статья Maurice P., Baud S., Bocharova O., Bocharov E., Kuznetsov A., Kawecki C., Bocquet O., Romier B., Gorisse L., Ghirardi M., Duca L., Blaise S., Martiny L., Dauchez M., Efremov R., Debelle L. New Insights into Molecular Organization of Human Neuraminidase-1: Transmembrane Topology and Dimerization Ability // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 38363. P. 1-19. doi
- Глава книги Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка влияния среды на димеризацию трансмембранных доменов гликофорина А в компьютерном эксперименте // В кн.: Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2016: материалы XI международной научной-технической конференции, г. Севастополь, 25-29 апреля 2016 г. Т. 1. Вып. 1. Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2016. С. 250-254.
- Статья Kuznetsov A., Polyansky A., Fleck M., Volynsky P., Efremov R. Adaptable Lipid Matrix Promotes Protein-Protein Association in Membranes // Journal of Chemical Theory and Computation. 2015. Vol. 11. No. 9. P. 4415-4426. doi
- Глава книги Kuznetsov A., Polyansky A. A., Volynsky P. E., Efremov R. Lipid environment promotes dimerization of transmembrane helices, in: Computational Materials and Biological Sciences. [б.и.], 2015. P. 139-150.
- Статья Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., Волынский П. Е. Роль липидного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов гликофорина А // Acta Naturae. 2015. Т. 7. № 4. С. 135-140.
- Статья Кузнецов А. С., Дубовский П., Воронцова О. В., Феофанов А. В., Ефремов Р. Г. Взаимодействие линейных катионных пептидов с фосфолипидными мембранами и полимерами сиаловой кислоты // Биохимия. 2014. Т. 79. № 5. С. 583-594. doi
Конференции
- 2020
XXVII международная конференция "Математика. Компьютер. Образование" (Дубна). Доклад: Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте
- XV Международная научная конференция «Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2020» (Севастополь). Доклад: Трансмембранный димер рецептора инсулина: предсказание структуры и возможная роль в активации
- 2019XXVI международная конференция "Математика. Компьютер. Образование" (Пущино). Доклад: Димеризация трансмембранных доменов белков: роль липидного окружения
44th FEBS Congress (Краков). Доклад: Protein–lipid interactions in glycophorin-like dimerization motifs of transmembrane helices
- VI Съезд биофизиков России (Сочи). Доклад: Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства erbb
- II Объединенный научный форум: VI Съезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи). Доклад: Молекулярно-динамические аспекты взаимодействия трансмембранного сегмента нейраминидазы-1 с перспективным пептидным перехватчиком
- 2018XXV Международная конференция "Математика. Компьютер. Образование" (Дубна). Доклад: Роль липидного окружения в формировании димера гликофорина А
15-й Российский симпозиум "Фундаментальные основы атомистического и многомасштабного моделирования" (Новый Афон). Доклад: Структурно-динамические характеристики белок-липидных взаимодействий в модельных биомембранах
- Biomembranes 2018 (Долгопрудный). Доклад: Glycophorin A transmembrane helices dimerization: the role of the lipid environment
- 201714-я Российская Школа-Симпозиум "Фундаментальные основы атомистического многомасштабного моделирования" (Новый Афон). Доклад: Белок-белковые взаимодействия в мембранах: исследование димеризации трансмембранных доменов белков методом молекулярной динамики
- Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2017 (Севастополь). Доклад: Роль липидного окружения в димеризации спиральных трансмембранных доменов белков
- Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences. MSSMBS-2017 (Санкт-Петербург). Доклад: Structure and Function of Human Neuraminidase-1 Revisited: a Molecular Modeling Study
- 2016Актуальные вопросы биологической физики и химии БФФХ-2016 (Севастополь). Доклад: Оценка влияния среды на димеризацию трансмембранных доменов гликофорина А в компьютерном эксперименте
- Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences 2016 (Худжанд). Доклад: Helix-helix interactions in membranes: focus on lipids
- 2014Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences DSCMBS-2014 (Душанбе). Доклад: The adaptable lipid matrix promotes transmembrane helices association in membranes
Опыт работы
2011-2013 инженер-исследователь в Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН;
2014-2016 младший научный сотрудник ЛМБС ИБХ РАН
2017-н.в. инженер в ЛМБС ИБХ РАН, научный сотрудник Международной лаборатории САММА НИУ ВШЭ, ассистент в МФТИ
Защита диссертации Кузнецова Андрея
Научный сотрудник лаборатории Андрей Сергеевич Кузнецов защитил 21 сентября кандидатскую диссертацию по теме «Роль липидной мембраны в процессе димеризации трансмембранных доменов гликофорина А».
Защита состоялась на заседании диссертационного совета Д 212.156.06 Московского физико-технического института (государственного университета).