Центр фундаментальных исследований (ЦФИ) НИУ ВШЭ был создан в 2006 году как научное подразделение, в основные задачи которого входит:

• осуществление научной деятельности;
• организационное обеспечение выполнения НИУ ВШЭ фундаментальных исследований;
• содействие интеграции науки и образования в НИУ ВШЭ;
• укрепление научных связей и взаимодействия с другими научными организациями, ведущими фундаментальные и прикладные научные исследования.

Приоритетные направления деятельности ЦФИ НИУ ВШЭ устанавливаются Ученым советом университета по представлению ректора.