Computing Infrastructure in Bioinformatics Problems

2023/2024

Academic Year

RUS

Instruction in Russian

3

ECTS credits

Delivered at:

Big Data and Information Retrieval School

Course type:

Elective course

When:

1 year, 2 module

Instructor

Mikhailova, Anastasia

Программа дисциплины

Аннотация

За последние десятилетия слово «биоинформатика» распространилось по всему миру, и каждый, кто интересуется тенденциями развития науки, его слышал. Благодаря математическим методам, примененным в биологических задачах, был собран и расшифрован геном человека. Многие подходы этой науки стали рутинными, и сейчас уже невозможно представить без них работу с геномами любых организмов. Но математику и строгие алгоритмы можно применять не только для работы со строками, состоящими из четырех нуклеотидов или двадцати аминокислот. Вычислительная биология намного шире и включает в себя адаптацию подходов классической и квантовой механики, термодинамики, статистики, машинного обучения, вычислительной геометрии, дифференциальных уравнений, высокопроизводительных вычислений и много другого для биологических задач. И применять ее можно не только ради научного интереса, но и для вполне практических целей — ускорения изобретения новых лекарственных препаратов.

Цель освоения дисциплины

• Основная цель курса — это освоение практических навыков работы с инструментами и инфраструктурой, регулярно используемыми в исследовательских и прикладных задачах биоинформатики. Помимо практики, в ходе курса также будут освещены базовые теоретические идеи стоящие за используемыми инструментами.

Планируемые результаты обучения

• Работать с удаленными вычислительными серверами
• Управлять зависимостями с помощью пакетных менеджеров
• Настраивать и инкапсулировать программные окружения
• Собирать, настраивать и работать с виртуальными машинами
• Использовать системы версионирования исходного кода
• Работать с готовыми биоинформатическими пайплайнами

Содержание учебной дисциплины

• Unix система
• Языки программирования и версионирование
• Управление зависимостями
• Виртуальные машины и контейнеры
• Биоинформатические пайплайны

Элементы контроля

• Домашняя работа №1
• Домашняя работа №2

Промежуточная аттестация

• 2023/2024 учебный год 2 модуль
  0.5 * Домашняя работа №1 + 0.5 * Домашняя работа №2

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

• Bass, L., Weber, I. M., & Zhu, L. (2015). DevOps : A Software Architect’s Perspective. Old Tappan, NJ: Addison-Wesley Professional. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1601433

Рекомендуемая дополнительная литература

• Python и DevOps : ключ к автоматизации Linex, , 2022