Molecular Modeling

2023/2024

Academic Year

RUS

Instruction in Russian

6

ECTS credits

Delivered at:

Big Data and Information Retrieval School

Course type:

Compulsory course

When:

2 year, 1, 2 module

Instructors

Косарим Никита Александрович

Shaitan, Alexey

Программа дисциплины

Аннотация

В рамках курса рассматриваются физические основы метода молекулярной динамики для компьютерного моделирования эволюции систем различной мерности: от молекул до кристаллов. Затрагиваемый круг вопросов охватывает описание потенциалов межатомного взаимодействия, процедуру инициализации и выбор граничных условий, алгоритмы интегрирования уравнений движения, термодинамические ансамбли, способы контроля температуры в процессе проведения молекулярно-динамических расчетов. Особое место отведено описанию неортогональной модели сильной связи, которая представляет собой разумный компромисс между классическими межатомными потенциалами и более строгими подходами из первых принципов. С помощью программного пакета NTBM продемонстрированы примеры проведения геометрической оптимизации и молекулярно-динамического моделирования наноструктур.