Roman Efremov

Publications¹¹⁴

• Article Goryacheva E., Efremov R., Krylov N., Artemyev I., Bogdanov A., Mamontova A., Pletnev S., Pletneva N., Pletnev V. Crystal Structure of Bright Fluorescent Protein BrUSLEE with Subnanosecond Fluorescence Lifetime; Electric and Dynamic Properties // International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. No. 7. Article 6403. doi
• Article Bershatsky Y. V., Kuznetsov A. S., Idiatullina A. R., Bocharova O. V., Dolotova S. M., Gavrilenkova A. A., Serova O. V., Deyev I. E., Rakitina T. V., Zangieva O. T., Pavlov K. V., Batishchev O. V., Britikov V. V., Usanov S. A., Arseniev A. S., Roman G. Efremov, Bocharov E. V. Diversity of Structural, Dynamic, and Environmental Effects Explain a Distinctive Functional Role of Transmembrane Domains in the Insulin Receptor Subfamily // International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. No. 4. Article 3906. doi
• Article Polyansky A. A., Roman G. Efremov. On a mechanistic impact of transmembrane tetramerization in the pathological activation of RTKs // Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023. Vol. 21. P. 2837-2844. doi
• Article Panina I. S., Balandin S. V., Tsarev A. V., Chugunov A. O., Tagaev A. A., Finkina E. I., Antoshina D. V., Sheremeteva E. V., Paramonov A. S., Rickmeyer J., Bierbaum G., Roman G. Efremov, Shenkarev Z. O., Ovchinnikova T. V. Specific binding of the α-component of the lantibiotic lichenicidin to the peptidoglycan precursor lipid II predetermines its antimicrobial activity // International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. No. 2. P. 1. doi
• Article Trofimov Y., Minakov A., Krylov N., Efremov R. Structural mechanism of ionic conductivity of the TRPV1 channel // Doklady Biochemistry and Biophysics. 2023. Vol. 508. No. 1. P. 1-5. doi
• Article Lohan S., Konshina A., Efremov R., Maslennikov I., Parang K. Structure-Based Rational Design of Small α-Helical Peptides with Broad-Spectrum Activity Against Multidrug-Resistant Pathogens // Journal of Medicinal Chemistry. 2023. Vol. 66. No. 1. P. 855-874. doi
• Article Aliper E., Krylov Nikolay A., Nolde Dmitry E., Polyansky A., Efremov Roman G. A uniquely stable trimeric model of SARS-CoV-2 spike transmembrane domain // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23(16). Article 9221. doi
• Article Volynsky P., Maltseva D., Tabakmakher V., Bocharov E. V., Raygorodskaya M., Zakharova G., Britikova E., Tonevitsky A., Efremov R. Differences in medium-induced conformational plasticity presumably underlie different cytotoxic activity of ricin and viscumin // Biomolecules. 2022. Vol. 12. No. 2. Article 295. doi
• Article Panina I., Krylov N., Gadalla M. R., Aliper E., Kordyukova L., Veit M., Chugunov A., Efremov R. Molecular Dynamics of DHHC20 Acyltransferase Suggests Principles of Lipid and Protein Substrate Selectivity // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23. No. 9. Article 5091. doi
• Article Lohan S., Mandal D., Choi W., Konshina A., Tiwari R., Efremov R., Maslennikov I., Parang K. Small Amphiphilic Peptides: Activity Against Broad Range of Drug-Resistant Bacteria and Structural Insight into Membranolytic Properties // Journal of Medicinal Chemistry. 2022. Vol. 65. No. 1. P. 665-687. doi
• Article Goncharuk M. V., Baleeva N. S., Nolde Dmitry E., Gavrikov A. S., Mishin A. V., Mishin A. S., Sosorev A. Y., Arseniev A. S., Goncharuk S. A., Borshchevskiy V. I., Efremov Roman G., Mineev K. S., Baranov M. S. Structure-based rational design of an enhanced fluorogen-activating protein for fluorogens based on GFP chromophore // Communications Biology. 2022. Vol. 5. Article 706. doi
• Article Panina I., Krylov N., Chugunov A., Efremov R., Kordyukova L. The Mechanism of Selective Recognition of Lipid Substrate by hDHHC20 Enzyme // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23. Article 14791. doi
• Article Dubovskii P., Dubova K., Bourenkov G., Starkov V., Konshina A., Efremov R., Utkin Y., Samygina V. Variability in the Spatial Structure of the Central Loop in Cobra Cytotoxins Revealed by X-ray Analysis and Molecular Modeling // Toxins. 2022. Vol. 14. Article 149. doi
• Article Bocharov E., Gremer L., Urban A., Okhrimenko I., Volynsky P., Nadezhdin K., Bocharova O., Kornilov D., Zagryadskaya Y., Kamynina A., Kuzmichev P., Kutzsche J., Bolakhrif N., Müller-Schiffmann A., Dencher N., Arseniev A., Efremov R., Gordeliy V., Willbold D. All-d-Enantiomeric Peptide D3 Designed for Alzheimer's Disease Treatment Dynamically Interacts with Membrane-Bound Amyloid-β Precursors // Journal of Medicinal Chemistry. 2021. Vol. 64. No. 22. P. 16464-16479. doi
• Article Efremov R. Dynamic "molecular portraits" of biomembranes drawn by their lateral nanoscale inhomogeneities. // International Journal of Molecular Sciences. 2021. Vol. 22. No. 12. P. 1-20. doi
• Article Kulbatskii D., Shenkarev Z., Bychkov M., Loktyushov E., Shulepko M., Koshelev S., Povarov I., Popov A., Peigneur S., Chugunov A., Kozlov S., Sharonova I., Efremov R., Skrebitsky V., Tytgat J., Kirpichnikov M., Lyukmanova E. Human Three-Finger Protein Lypd6 Is a Negative Modulator of the Cholinergic System in the Brain // Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2021. Vol. 9. Article 662227. doi
• Article Panina I., Chugunov A., Nolde D., Efremov R. In silico study of nisin/lipid II molecular recognition // FEBS Open Bio. 2021. Vol. 11. No. Suppl.1. P. 356-356. doi
• Article Kuznetsov A., Bennasroune A., Maurice P., Bershatsky Y., Bocharov E. V., Efremov R. Insulin and IGF-1 receptors transmembrane domain dimers: structure prediction and possible role in activation // FEBS Open Bio. 2021. Vol. 11. No. Suppl.1. P. 219-219. doi
• Article Panina I., Taldaev A., Efremov R., Chugunov A. Molecular Dynamics Insight into the Lipid II Recognition by Type A Lantibiotics: Nisin, Epidermin, and Gallidermin // Micromachines. 2021. Vol. 12. No. 10. Article 1169. doi
• Article Tabakmakher V., Gigolaev A., Peigneur S., Krylov N., Tytgat J., Chugunov A., Vassilevski A., Efremov R. Potassium channel blocker crafted by ɑ-hairpinin scaffold engineering // Biophysical Journal. 2021. Vol. 120. No. 12. P. 2471-2481. doi
• Article Коншина А. Г., Дубовский П. В., Efremov R. Stepwise insertion of cobra cardiotoxin CT2 into a lipid bilayer occurs as an interplay of protein and membrane “dynamic molecular portraits” // Journal of Chemical Information and Modeling. 2021. Vol. 61. No. 1. P. 385-399. doi
• Article Taldaev A., Panina I., Efremov R. Structural and dynamic properties of type A (I) lantibiotics determining their binding to lipid II // FEBS Open Bio. 2021. Vol. 11. No. Suppl.1. P. 193-193. doi
• Article Nadezhdin K. D., Neuberger A. A., Trofimov Y. A., Krylov N., Sinica V., Kupko N., Vlachova V., Zakharian E. E., Efremov R., Sobolevsky A. Structural mechanism of heat-induced opening of a temperature-sensitive TRP channel // Nature Structural and Molecular Biology. 2021. Vol. 28. P. 564-572. doi
• Article Krylov N., Efremov R. libxtc: An efficient library for reading XTC-compressed MD trajectory data // BMC Research Notes. 2021. Vol. 14. Article 124. doi
• Article Dubovskii P. V., Ignatova A. A., Feofanov A. V., Utkin Y. N., Efremov R. Antibacterial activity of cardiotoxin-like basic polypeptide from cobra venom // Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters. 2020. Vol. 30. No. 3. P. 126890. doi
• Article Kuznetsov A., Zamaletdinov M., Bershatsky Y., Urban A., Bocharova O. V., Bennasroune A., Maurice P., Bocharov E. V., Efremov R. Dimeric states of transmembrane domains of insulin and IGF-1R receptors: Structures and possible role in activation // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2020. Vol. 1862. No. 11. P. 183417. doi
• Article Panina I., Krylov N., Nolde D., Efremov R., Chugunov A. Environmental and dynamic effects explain how nisin captures membrane-bound lipid II // Scientific Reports. 2020. Vol. 10. Article 8821. doi
• Article Пахомов А., Фролова А., Табакмахер В., Chugunov A., Efremov R., Мартынов В. Impact of external amino acids on fluorescent protein chromophore biosynthesis revealed by molecular dynamics and mutagenesis studies // Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology. 2020. Vol. 206. P. 111853 . doi
• Article Лубова К., Chugunov A., Волынский П., Trofimov Y., Королькова Ю., Мошарова И., Козлов С., Андреев Я., Efremov R. Probing temperature and capsaicin-induced activation of TRPV1 channel via computationally guided point mutations in its pore and TRP domains // International Journal of Biological Macromolecules. 2020. Vol. 158. P. 1175-1183. doi
• Article Belozerova O., Osmakov D., Vladimirov A., Koshelev S., Chugunov A., Andreev Y., Palikov V., Palikova Y., Shaykhutdinova E., Gvozd A., Dyachenko I., Efremov R., Kublitski V., Kozlov S. Sevanol and Its Analogues: Chemical Synthesis, Biological Effects and Molecular Docking // Pharmaceuticals. 2020. Vol. 13. No. 8. P. 1-20. doi
• Article Albrecht C., Kuznetsov A., Appert-Collin A., Dhaideh Z., Callewaert M., Bershatsky Y., Urban A., Bocharov E. V., Bagnard D., Baud S., Blaise S., Romier-Crouzet B., Efremov R., Dauchez M., Duca L., Maurice P., Bennasroune A. Transmembrane peptides as a new strategy to inhibit neuraminidase-1 activation // Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2020. Vol. 8. P. 611121. doi
• Article Efremov R., Albrecht C., Appert-Collin A., Bagnard D., Sébastien B., Romier-Crouzet B., Sartelet H., Duca L., Maurice P., Bennasroune A. Transmembrane peptides as inhibitors of protein-protein interactions: an efficient strategy to target cancer cells? // Frontiers in Oncology. 2020. Vol. 10. P. 519. doi
• Article Gigolaev A., Kuzmenkov A., Peigneur S., Tabakmakher V., Pinheiro-Junior E., Chugunov A., Efremov R., Tytgat J., Vassilevski A. Tuning Scorpion Toxin Selectivity: Switching From KV1.1 to KV1.3 // Frontiers in Pharmacology. 2020. Vol. 11. P. 1010. doi
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка взаимного влияния белок-мембрана для рецепторных тирозинкиназ в компьютерном эксперименте // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 27: Двадцать седьмая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2020. С. 53-54.
• Article Polyansky Anton A., Bocharov E. V., Velghe A. I., Kuznetsov Andrey S., Bocharova O. V., Urban A. S., Arseniev A. S., Zagrovic B., Demoulin J., Efremov Roman G. Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain // Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects. 2019. Vol. 1863. No. 1. P. 82-95. doi
• Article Трофимов Ю. А., Krylov N., Efremov R. Confined dynamics of water in transmembrane pore of TRPV1 ion channel // International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20. No. 4285. P. 1-13. doi
• Chapter Urban A., Bocharov E. V., Nadezhdin K., Pavlov K., Shtykova E., Tikhaia E., Volynsky P. E., Efremov R., Arseniev A. S., Bocharova O. V. Conformational variability and intramembrane recognition possibly associated with abnormal cleavage of APP transmembrane domain, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 31-016. P. 299-299.
• Article Efremov R. Dielectric-dependent strength of interlipid H-bonding in biomembranes: a model case study. // Journal of Chemical Information and Modeling. 2019. Vol. 59. No. 6. P. 2765-2775. doi
• Chapter Zamaletdinov M. F., Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-047. P. 262-262.
• Chapter Albrecht C., Dhaideh Z., Appert-Collin A., Dauchez M., Blaise S., Romier-Crouzet B., Kuznetsov A., Efremov R., Duca L., Gueroult M., Maurice P., Bennasroune A. Effects of interfering transmembrane peptides on neuraminidase-1 activity, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 31-006. P. 295-296.
• Article Efremov R. Elastic Fibers and Elastin Receptor Complex: Neuraminidase-1 takes the center stage. // Matrix Biology. 2019. Vol. 84. P. 57-67. doi
• Article Bocharov E. V., Nadezhdin K. D., Urban A. S., Volynsky P. E., Pavlov K. V., Efremov R., Arseniev A. S., Bocharova O. V. Familial L723P Mutation Can Shift the Distribution between the Alternative APP Transmembrane Domain Cleavage Cascades by Local Unfolding of the Ε‑Cleavage Site Suggesting a Straightforward Mechanism of Alzheimer’s Disease Pathogenesis. // ACS Chemical Biology. 2019. Vol. 14. No. 7. P. 1573-1582. doi
• Article Tabakmakher V. M., Krylov N., Kuzmenkov A. I., Efremov R., Vassilevski A. A. Kalium 2.0, a comprehensive database of polypeptide ligands of potassium channels // Scientific data. 2019. Vol. 6. No. 73. P. 1-8. doi
• Chapter Osmakov D., Belozerova O., Koshelev S., Andreev Y., Dubinnyi M., Efremov R., Chugunov A., Kublitski V., Kozlov S. Mode of action and biological activity of sevanol and its analogues on acid-sensing ion channels, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 15-014. P. 183-183.
• Chapter Panina I., Chugunov A., Dmitry Nolde, Efremov R. Nisin/lipid II interaction in bacterial membrane: molecular dynamics study, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-069. P. 269-269.
• Article Berkut A., Chugunov A., Mineev K., Peigneur S., Tabakmakher V., Krylov N., Oparin P., Лихоносова А. Ф., Novikova E., Arseniev A., Grishin E., Tytgat J., Efremov R., Vassilevski A. Protein Surface Topography as a tool to enhance the selective activity of a potassium channel blocker // Journal of biological chemistry. 2019. Vol. 294(48). P. 18349-18359. doi
• Chapter Kuznetsov A., Maurice P., Efremov R. Protein–lipid interactions in glycophorin-like dimerization motifs of transmembrane helices, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 27-068. P. 268-269.
• Article Volynsky P., Nolde D.E., Zakharova G., Palmer R., Tonevitsky A., Efremov R.G. Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell // Scientific Reports. 2019. Vol. 9. P. 413. doi
• Article Efremov R., Нольде Д. Е., Волынский П. Е., Захарова Г. С., Palmer R. A., Tonevitsky A. Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell. // Scientific Reports. 2019. Vol. 9. No. 413. P. 1-12. doi
• Chapter Bocharov E. V., Lesovoy D. M., Pavlov K., Bocharova O. V., Urban A. S., Mineev K. S., Bershacky Y., Shtykova E., Volynsky P. E., Efremov R., Arseniev A. S. Structural basis of the signal transduction via transmembrane domains of type I receptors in norma and pathology, in: FEBS Open Bio Volume 9, Issue S1 Supplement: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019 Vol. 9: 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019. Oxford : Wiley, 2019. doi Ch. 06-027. P. 130-130.
• Chapter Чугунов А. О., Панина И. С., Ефремов Р. Г. Антимикробные пептиды, нацеленные на липид II мембран бактерий: ключевой принцип действия // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 60-60.
• Chapter Волынский П. Е., Арбузова А. М., Нольде Д. Е., Ефремов Р. Г. Выявление факторов важных для транслокации белков через мембрану методами компьютерного моделирования // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды Т. 1. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 141-141.
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Димеризация трансмембранных доменов белков: роль липидного окружения // В кн.: Тезисы докладов XXVI Международной конференции "Математика. Компьютер. Образование". МКО-2019. [б.и.], 2019. С. 45-45.
• Chapter Коншина А. Г., Крылов Н. А., Ефремов Р. Г. Механизм встраивания мембрано-активного цитотоксина в липидный бислой: моделирование in silico // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 160-161.
• Chapter Кузнецов А. С., Bennasroune A., Maurice P., Ефремов Р. Г. Молекулярно-динамические аспекты взаимодействия трансмембранного сегмента нейраминидазы-1 с перспективным пептидным перехватчиком // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 108-108.
• Chapter Ефремов Р. Г. Путешествия в «аномальные зоны» клетки с помощью вычислительной биофизики // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 16-17.
• Chapter Бочаров Э., Лесовой Д., Минеев К., Бочарова О., Урбан А., Бершацкий А., Надеждин К., Волынский П., Ефремов Р. Г., Арсеньев А. Роль белок-липидных взаимодействий в функционировании битопных мембранных белков // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 45-46.
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ErbB // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 165-165. doi
• Chapter Ефремов Р. Г. Технология «динамического молекулярного портрета» в вычислительном анализе белков и биомембран // В кн.: II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2. М. : Издательство "Перо", 2019. С. 58-58.
• Chapter Панина И. С., Чугунов А. О., Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Ефремов Р. Г. Фармакофорная модель распознавания низином липида II в бактериальной мембране // В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России Т. 1. Краснодар : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. doi С. 83-84. doi
• Chapter Chugunov A., Panina I., Nolde Dmitry E., Efremov R. "Achilles Heel" of the Bacterial Membranes: Computational Modeling of Lipid II - Target for Novel Antibiotics, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 105-106.
• Article Алексеева А. С., Волынский П. Е., Chugunov A., Онищенко Н. Р., Молотковский Ю. Г., Efremov R., Болдырев И. А., Водовозова Е. Л. Behavior of Doxorubicin Lipophilic Conjugates in Liposomal Lipid Bilayers. / Пер. с рус. // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 2018. Vol. 44. No. 6. P. 732-739. doi
• Article Efremov R., Pyrkova D. V., Krylov N. Fine Tuning of Microscopic Properties in Two-Component Zwitterionic- Anionic Lipid Bilayers: Determinant Role of H-Bonding // Biophysical Journal. 2018. Vol. 114. No. 3. P. 601А-601А.
• Chapter Kuznetsov A., Efremov R. Glycophorin A transmembrane helices dimerization: the role of the lipid environment, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 256-257.
• Article Kuzmenkov A., Nekrasova⁠ O., Peigneur⁠ S., Tabakmakher⁠ V., Gigolaev⁠ A., Fradkov⁠ A., Kudryashova⁠ K., Chugunov A., Efremov R., Tytgat⁠ J., Feofanov⁠ A., Vassilevski A. K⁠V1.2 channel-specific blocker from Mesobuthus eupeus scorpion venom: Structural basis of selectivity. // Neuropharmacology. 2018. Vol. 143. P. 228-238. doi
• Article Panina I. S., Chugunov A., Efremov R. Lipid II as a Target for Novel Antibiotics:Structural and Molecular Dynamics Studies. / Пер. с рус. // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 2018. Vol. 44. No. 6. P. 653-664. doi
• Article Bragin P., Kuznetsov A.S., Bocharova O., Volynsky P., Arseniev A., Efremov R.G., Mineev K. Probing the effect of membrane contents on transmembrane protein-protein interaction using solution NMR and computer simulations // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2018. Vol. 1860. No. 12. P. 2486-2498. doi
• Chapter Polyansky A., Kuznetsov A., Volynsky P. E., Efremov R. Proteins and membranes: born to be together. A computational view, in: Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts.. Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 89-90.
• Article Efremov R., Osmakov D., Koshelev S., Andreev Y., Dubinnyi M., Kublitski V., Sobolevsky A., Kozlov S. Proton-independent activation of acid-sensing ion channel ASIC3 by alkaloid lindoldhamine from Laurus nobilis // British Journal of Pharmacology. 2018. Vol. 175. No. 6. P. 924-937. doi
• Article Bocharov E., Lesovoy D., Bocharova O., Urban A., Pavlov K., Volynsky P., Efremov R., Arseniev A. Structural basis of the signal transduction via transmembrane domain of the human growth hormone receptor // Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects. 2018. Vol. 1862. No. 6. P. 1410-1420. doi
• Article Dubovskii P. V., Efremov R. The role of hydrophobic /hydrophilic balance in the activity of structurally flexible vs rigid cytolytic polypeptides and analogues developed on their basis // Expert Review of Proteomics. 2018. Vol. 15. No. 11. P. 873-886. doi
• Article Нольде Д. Е., Крылов Н. А., Телегин П. Н., Ефремов Р. Г., Шабанов Б. М. Производительность современных вычислительных платформ в расчетах молекулярной динамики белок - мембранных систем // Труды НИИСИ РАН. 2018. Т. 7. № 4. С. 157-161.
• Article Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Телегин П. Н., Ефремов Р. Г., Шабанов Б. М. Производительность современных вычислительных платформ при обработке данных расчетов молекулярной динамики мембранных и белок-мембранных систем // Труды НИИСИ РАН. 2018. Т. 8. № 6. С. 74-78. doi
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль липидного окружения в формировании димера гликофорина А // В кн.: Математика. Компьютер. Образование. Тезисы. Вып. 25: Двадцать пятая международная конференция "Математика. Компьютер. Образование." Симпозиум с международным участием "Биофизика сложных систем, вычислительная и системная биология, молекулярное моделирование, медицинская биофизика". Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2018. С. 70-71.
• Article Kuzmenkov A., Peigneur S., Chugunov A., Tabakmakher V., Efremov R.G., Tytgat J., Grishin E., Vassilevski A. C-Terminal residues in small potassium channel blockers OdK1 and OSK3 from scorpion venom fine-tune the selectivity. // Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics. 2017. Vol. 1865. P. 465-472. doi
• Article Konshina A. G., Krylov N., Efremov R. Cardiotoxins: functional role of local conformational changes // Journal of Chemical Information and Modeling. 2017. Vol. 57. No. 11. P. 2799-2810. doi
• Article Bocharov E., Mineev K., Pavlov K., Akimov S., Efremov R.G., Arseniev A., Kuznetsov A. Helix-helix interactions in membrane domains of bitopic proteins: Specificity and role of lipid environment // Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2017. Vol. 1859. No. 4. P. 561-576. doi
• Chapter Kuznetsov Andrey S., Volynsky P. E., Efremov Roman G. Molecular Basis of Protein-Protein Interactions in Membranes: A Computational Investigation, in: Computed Design for New Drugs and Materials. Molecular Dynamics of Nanoscale Phenomena. NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017. Ch. 5. P. 89-107.
• Chapter Kuznetsov Andrey S., Smirnov Kirill V., Antonov M. Y., Nikolaev I. N., Efremov Roman G. Molecular Modeling of Biomembranes and Their Complexes With Protein Transmembrane α-Helices, in: AIP Conference Proceedings Vol. 1907: Proceedings of the 8th International Conference on Mathematical Modeling (ICMM-2017). Melville : AIP Publishing LLC, 2017. Ch. 030023. P. 030023-1-030023-5. doi
• Article Dubovskii P. V., Dubinnyi M. A., Konshina A. G., Kazakova E. D., Sorokoumova G. M., Ilyasova T. M., Shulepko M. A., Chertkova R. V., Lyukmanova E. N., Dolgikh D. A., Arseniev A. S., Roman G. Efremov. Structural and Dynamic “Portraits” of Recombinant and Native Cytotoxin I from Naja oxiana: How Close Are They? // Biochemistry. 2017. Vol. 56. No. 34. P. 4468-4477. doi
• Article Bocharov E., Bragin P., Pavlov K., Bocharova O., Mineev K., Polyansky A., Volynsky P., Efremov R., Arseniev A. The Conformation of the Epidermal Growth Factor Receptor Transmembrane Domain Dimer Dynamically Adapts to the Local Membrane Environment // Biochemistry. 2017. Vol. 56. No. 12. P. 1697-1705. doi
• Article Volynsky P., Efremov R., Mikhalev I., Dobrochaeva K., Tuzikov A., Korchagina E., Obukhova P., Rapoport E., Bovin N. Why human anti-Galα1–4Galβ1–4Glc natural antibodies do not recognize the trisaccharide on erythrocyte membrane? Molecular dynamics and immunochemical investigation // Molecular Immunology. 2017. Vol. 90. P. 87-97. doi
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Выявление молекулярных основ взаимодействия белков в мембране с помощью компьютерного моделирования // В кн.: Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах. Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017. Гл. 1.1. С. 9-32.
• Chapter Смирнов К. В., Кузнецов А. С., Антонов М. Ю., Николаев И. Н., Ефремов Р. Г. Молекулярное моделирование биомембран и их комплексов с трансмембранными α-спиралями белков // В кн.: VIII Международная конференция по математическому моделированию: тезисы докладов. Якутск : Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова, 2017. С. 108-109.
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Роль липидного окружения в димеризации трансмембранных доменов белков // В кн.: Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2017: материалы XII международной научно-технической конференции, г. Севастополь, 2-6 октября 2017 г. Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2017. С. 313-317.
• Article Lyukmanova E., Shulepko M., Shenkarev Z., Kasheverov I., Chugunov A., Kulbatskii D., Myshkin M., Utkin Y., Efremov R., Tsetlin V., Arseniev A., Kirpichnikov M., Dolgikh D. Central loop of non-conventional toxin WTX from Naja kaouthia is important for interaction with nicotinic acetylcholine receptors // Toxicon. 2016. Vol. 119. No. September . P. 274-279. doi
• Article Lyukmanova E., Shulepko M., Shenkarev Z., Kasheverov I., Chugunov A., Kulbatskii D., Myshkin M., Utkin Y., Efremov R., Tsetlin V., Arseniev A., Kirpichnikov M., Dolgikh D. Central loop of non-conventional toxin WTX from Naja kaouthia is important for interaction with nicotinic acetylcholine receptors. // Toxicon. 2016. Vol. 119. P. 274-279. doi
• Article Kasheverov I., Chugunov A., Kudryavtsev D., Ivanov I., Zhmak M., Shelukhina I., Spirova E., Tabakmakher V., Zelepuga E., Efremov R., Tsetlin V. High-Affinity α-Conotoxin PnIA Analogs Designed on the Basis of the Protein Surface Topography Method. // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 36848. P. 1-11. doi
• Article Maurice P., Baud S., Bocharova O., Bocharov E., Kuznetsov A., Kawecki C., Bocquet O., Romier B., Gorisse L., Ghirardi M., Duca L., Blaise S., Martiny L., Dauchez M., Efremov R., Debelle L. New Insights into Molecular Organization of Human Neuraminidase-1: Transmembrane Topology and Dimerization Ability // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 38363. P. 1-19. doi
• Article Lyukmanova E., Shulepko M., Shenkarev Z., Bychkov M., Paramonov A., Chugunov A., Kulbatskii D., Arvaniti M., Dolejsi E., Schaer T., Arseniev A., Efremov R., Thomsen M., Dolezal V., Bertrand D., Dolgikh D., Kirpichnikov M. Secreted Isoform of Human Lynx1 (SLURP-2): Spatial Structure and Pharmacology of Interactions with Different Types of Acetylcholine Receptors // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 30698. P. 1-17. doi
• Article Lyukmanova E., Shulepko M., Shenkarev Z., Bychkov M., Paramonov A., Chugunov A., Kulbatskii D., Arvaniti M., Dolejsi E., Schaer T., Arseniev A., Efremov R., Thomsen M., Dolezal V., Bertrand D., Dolgikh D., Kirpichnikov M. Secreted Isoform of Human Lynx1 (SLURP-2): Spatial Structure and Pharmacology of Interactions with Different Types of Acetylcholine Receptors. // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 30698. P. 1-17. doi
• Article Chugunov A., Volynsky P., Krylov N., Nolde D., Efremov R. Temperature-sensitive gating of TRPV1 channel as probed by atomistic simulations of its trans- and juxtamembrane domains // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. No. 33112. P. 1-16. doi
• Article Chugunov A.O., Volynsky P., Krylov N.A., Nolde D.E., Efremov R.G. Temperature-sensitive gating of TRPV1 channel as probed by atomistic simulations of its trans- and juxtamembrane domains // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. P. 33112. doi
• Chapter Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г. Оценка влияния среды на димеризацию трансмембранных доменов гликофорина А в компьютерном эксперименте // В кн.: Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2016: материалы XI международной научной-технической конференции, г. Севастополь, 25-29 апреля 2016 г. Т. 1. Вып. 1. Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2016. С. 250-254.
• Article Kuznetsov A., Polyansky A., Fleck M., Volynsky P., Efremov R. Adaptable Lipid Matrix Promotes Protein-Protein Association in Membranes // Journal of Chemical Theory and Computation. 2015. Vol. 11. No. 9. P. 4415-4426. doi
• Article Efremov R., Дубовский П. В., Воронцова О. В., Уткин Ю. Н., Арсеньев А. С., Феофанов А. В. Cobra cytotoxins: determinants of antibacterial activity // Mendeleev Communications. 2015. Vol. 25. No. 1. P. 70-71. doi
• Article Dubovskii P., Vassilevski A., Kozlov S., Feofanov A., Grishin E., Efremov R. Latarcins: versatile spider venom peptides // Cellular and Molecular Life Sciences. 2015. Vol. 72. No. 23. P. 4501-4522. doi
• Chapter Kuznetsov A., Polyansky A. A., Volynsky P. E., Efremov R. Lipid environment promotes dimerization of transmembrane helices, in: Computational Materials and Biological Sciences. [б.и.], 2015. P. 139-150.
• Article Lyukmanova E., Shenkarev Z., Shulepko M., Paramonov A., Chugunov A., Janickova H., Dolejsi E., Dolezal V., Utkin Y., Tsetlin V., Arseniev A., Efremov R., Dolgikh D., Kirpichnikov M. Structural Insight into Specificity of Interactions between Non-conventional Three-Finger Toxin WTX and Muscarinic Acetylcholine Receptors // Journal of biological chemistry. 2015. Vol. 290. P. 23616-23630. doi
• Article Ефремов Р. Г., Кашеверов И. Е., Кудрявцев Д. С., Иванов И. А., Жмак М. Н., Чугунов А. О., Табакмахер В. М., Цетлин В. И. Рациональное конструирование новых лигандов никотиновых рецепторов на основе альфа-конотоксина PnIA // Доклады Академии наук. 2015. Т. 461. № 4. С. 476-479.
• Article Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., Волынский П. Е. Роль липидного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов гликофорина А // Acta Naturae. 2015. Т. 7. № 4. С. 135-140.
• Article Efremov R., Koromyslova A. D., Chugunov A. O. Deciphering Fine Molecular Details of Proteins’ Structure and Function with a Protein Surface Topography (PST) Method // Journal of Chemical Information and Modeling. 2014. Vol. 54. No. 4. P. 1189-1199. doi
• Article Efremov R. End-group differentiating ozonolysis of furocoumarins // RSC advances. 2014. Vol. 4. No. 106. P. 61277-61280.
• Article Chugunov A., Volynsky P., Krylov N., Boldyrev I., Efremov R. Liquid but Durable: Molecular Dynamics Simulations Explain the Unique Properties of Archaeal-Like Membranes // Scientific Reports. 2014. Vol. 4. No. 7462. P. 1-8.
• Article Polyansky A. A., Chugunov A., Volynsky P. E., Krylov N., Nolde D. E., Efremov R. PREDDIMER: a web server for prediction of transmembrane helical dimers // Bioinformatics. 2014. Vol. 30. No. 6. P. 889-890. doi
• Article Кузнецов А. С., Дубовский П., Воронцова О. В., Феофанов А. В., Ефремов Р. Г. Взаимодействие линейных катионных пептидов с фосфолипидными мембранами и полимерами сиаловой кислоты // Биохимия. 2014. Т. 79. № 5. С. 583-594. doi
• Article Aseev L. V., Chugunov A. O., Efremov R., Boni I. V. A single missence mutation in a coiled-coil domain of Escherichia coli ribosomal protein S2 confers thermo-sensitive phenotype that can be suppressed by ribosomal protein S1 // Journal of Bacteriology. 2013. Vol. 195. No. 1. P. 95-104.
• Article Chugunov A. O., Koromyslova A. D., Berkut A. A., Peigneur S., Tytgat J., Polyansky A. A., Pentkovsky V. M., Vassilevski A. A., Grishin E. V., Efremov R. Chugunov A.O., Koromyslova A.D., Berkut A.A., Peigneur S., Tytgat J., Polyansky A.A., Modular Organization of α-Toxins from Scorpion Venom Mirrors Domain Structure of Their Targets - Sodium Channels // Journal of biological chemistry. 2013. Vol. 88. No. 26. P. 19014-19027.
• Article Efremov R., Konshina A. G., Dubovskii P. V. Cobra cardiotoxins: membrane interactions and pharmacological potential // Current Medicinal Chemistry. 2013. Vol. 21. No. 3. P. 270-287.
• Article Pyrkova D. V., Tarasova N. K., Krylov N., Nolde D. E., Pentkovsky V. M., Efremov R. Dynamic clustering of lipids in hydrated two-component membranes: results of computer modeling and putative biological impact. // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 2013. Vol. 31. No. 1. P. 87-95. doi
• Article Blanchevoye C., Floquet N., Scandolera A., Baud S., Maurice P., Bocquet O., Blaise S., Ghoneim C., Cantarelli B., Delacoux F., Dauchez M., Efremov R., Martiny L., Duca L., Debelle L. Interaction between the elastin peptide VGVAPG and human elastin binding protein // Journal of biological chemistry. 2013. Vol. 288. No. 2. P. 1317-1328.
• Article Chugunov A. O., Pyrkova D. V., Nolde D. E., Polyansky A. A., Pentkovsky V. M., Efremov R. Lipid-II forms potential “landing terrain” for lantibiotics in simulated bacterial membrane // Scientific Reports. 2013. Vol. 3. No. 1678
• Article Krylov N., Pentkovsky V. M., Efremov R. Nontrivial Behavior of Water in the Vicinity and Inside Lipid Bilayers as Probed by Molecular Dynamics Simulations // ACS Nano. 2013. Vol. 7. No. 10. P. 9428-9442. doi
• Article Volynsky P. E., Polyansky A. A., Fakhrutdinova G. N., Bocharov E. V., Efremov R. Role of dimerization efficiency of transmembrane domains in activation of fibroblast growth factor receptor 3 // Journal of the american chemical society. 2013. Vol. 135. No. 22. P. 8105-8108.