Щур Владимир Львович
- Заведующий лабораторией, Старший научный сотрудник:Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики
- Профессор:Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова / Департамент прикладной математики
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2018 году.
- Научно-педагогический стаж: 10 лет.
Полномочия / обязанности
Ведение научно-исследовательского семинара. Чтение лекций. Ведение семинарских занятий. Руководство научно-исследовательской работой студентов.
Образование, учёные степени
- 2023Доктор физико-математических наук: Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»
- 2013PhD: Университет Париж XI
- 2009
Специалитет: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, факультет: механико-математический, специальность «Математика», квалификация «Математик»
Дополнительное образование / Повышение квалификации / Стажировки
Аспирантура, факультет математики, университет Париж 11 и Эколь Номаль Супериор (Париж, Франция), руководитель профессор П. Пансю, 2009-2013.
PhD (Diplome National de Docteur Mathematiques, с отличием), Университет Париж XI, 08.07.2013
Ассистент, факультет математики, университет Париж 11 (Орсэ, Франция), 2012-2013.
Научный сотрудник, группа профессора Дурбина, Институт Сэнгера, Кембридж, Англия, 2013-2016.
Научный сотрудник, группа профессора Нильсена, Университет Калифорнии в Беркли, Беркли, США, 2016-2019.
Приглашенный лектор на курсе STAT 88 «Вероятность и мат-статистика в науке о данных» в Университете Беркли (Калифорния, США), 2018-2019.
"Особенности организации учебного процесса в НИУ ВШЭ: правила и принципы, нормативные и методические вопросы, применение информационно-коммуникационных технологий" (2020) Удостоверение
Достижения и поощрения
Надбавка за защиту докторской диссертации (2023-2026)
Надбавка за публикацию в журнале из Списка А (и приравненном к нему научном издании) (2023-2024)
Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2022-2023, 2021-2022, 2020-2022, 2019-2020)
Группа высокого профессионального потенциала (кадровый резерв НИУ ВШЭ)
Категория "Новые преподаватели" (2020)
Научный руководитель диссертационных исследований
Учебные курсы (2023/2024 уч. год)
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Теория вероятностей и математическая статистика (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 2-4 модуль)Рус
- Архив учебных курсов
Учебные курсы (2022/2023 уч. год)
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Маго-лего; 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Теория вероятностей и математическая статистика (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 2-4 модуль)Рус
Учебные курсы (2021/2022 уч. год)
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1, 2 модуль)Рус
- Population models in genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 3 модуль)Анг
Учебные курсы (2020/2021 уч. год)
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1, 2 модуль)Рус
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 1-4 модуль)Рус
- Population models in genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 3 модуль)Анг
Учебные курсы (2019/2020 уч. год)
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 1-4 модуль)Рус
- Computational Methods of Genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 1, 2 модуль)Анг
- Теория вероятностей и математическая статистика (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 2-4 модуль)Рус
Учебные курсы (2018/2019 уч. год)
- Научно-исследовательский семинар (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 1-4 модуль)Рус
- Научно-исследовательский семинар "Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии" (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 1-4 модуль)Рус
Публикации31
- Статья Klink G. V., Danilenko D., Komissarov A. B., Yolshin N., Shneider O., Shcherbak S., Nabieva E., Shvyrev N., Konovalova N., Zheltukhina A., Fadeev A., Komissarova K., Ksenafontov A., Musaeva T., Eder V., Pisareva M., Nekrasov P., Shchur V., Bazykin G. A., Lioznov D. SARS-CoV-2 Omicron Outbreak in a Dormitory in Saint-Petersburg, Russia // Viruses. 2023. Vol. 15. No. 7. P. 1-10. doi
- Статья Shchur V. Accuracy of the SMC' approximation of structured coalescent // Lobachevskii Journal of Mathematics. 2022. Vol. 43. No. 12 (в печати)
- Статья Shchur V., Arzymatov K., Khomutov E. Deep learning for inferring distribution of time to the last common ancestor from a diploid genome // Lobachevskii Journal of Mathematics. 2022
- Препринт Shchur V., Brandt D. Y., Ilina A., Nielsen R. Estimating population split times and migration rates from historical effective population sizes / Cold Spring Harbor Laboratory. Series 005140 "Biorxiv". 2022. doi
- Статья Liang M., Shishkin M., Mikhailova A., Shchur V., Nielsen R. Estimating the timing of multiple admixture events using 3-locus linkage disequilibrium // PLoS Genetics. 2022. Vol. 18. No. 7. Article e1010281. doi
- Препринт Bazykin G. A., Danilenko D. M., Komissarov A. B., Yolshin N., Shneider O. V., Nabieva E., Klink G. V., Shvyrev N., Konovalova N., Zheltukhina A., Fadeev A., Komissarova K., Ksenafontov A., Musaeva T., Eder V., Shchur V., Lioznov D. SARS-CoV-2 Omicron Outbreak in a Dormitory in Saint-Petersburg, Russia / Research Square Company. Series ResearchSquare "Research Square". 2022. doi
- Статья Guskova M., Burovskiy E., Shchur V., Shchur L. Simulation of the Particle Dynamics in the Two-Dimensional Poiseuille Flow with Low Reynolds Number // Lobachevskii Journal of Mathematics. 2022. Vol. 43. No. 2. P. 381-385. doi
- Статья Klink G. V., Safina K. R., Nabieva E., Shvyrev N., Garushyants S., Alekseeva E., Komissarov A. B., Danilenko D. M., Pochtovyi A. A., Divisenko E. V., Vasilchenko L. A., Shidlovskaya E. V., Kuznetsova N. A., Speranskaya A. S., Samoilov A. E., Неверов А. Д., Popova A. V., Fedonin G. G., Akimkin V. G., Lioznov D., Gushchin V. A., Shchur V., Bazykin G. A. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia // Virus Evolution. 2022. Vol. 8. No. 1. Article veac017. doi
- Статья Shchur V., Spirin V., Sirotkin D., Burovskiy E., De Maio N., Corbett-Detig R. VGsim: Scalable viral genealogy simulator for global pandemic // PLoS Computational Biology. 2022. Vol. 18. No. 8. Article e1010409. doi
- Статья Khomutov E., Arzymatov K., Shchur V. Deep learning based methods for estimating distribution of coalescence rates from genome-wide data // Journal of Physics: Conference Series. 2021. Vol. 1740. Article 012031. doi
- Статья Jin Y., Brandt D. Y., Li J., Wo Y., Tong H., Shchur V. Elevation as a selective force on mitochondrial respiratory chain complexes of the Phrynocephalus lizards in the Tibetan plateau // Current Zoology. 2021. Vol. 67. No. 2. P. 191-199. doi
- Препринт Liang M., Shishkin M., Mikhailova A., Shchur V., Nielsen R. Estimating the timing of multiple admixture events using 3-locus Linkage Disequilibrium / Cold Spring Harbor Laboratory. Series New Results "BioRxiv". 2021. doi
- Статья Komissarov A. B., Safina K. R., Garushyants S. K., Fadeev A. V., Sergeeva M. V., Ivanova A. A., Danilenko D. M., Lioznov D., Shneider O. V., Shvyrev N., Spirin V., Glyzin D., Shchur V., Bazykin G. A. Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia // Nature Communications. 2021. Vol. 12. P. 1-13. doi
- Препринт Vicuña L., Mikhailova A., Norambuena T., Ilina A., Klimenkova O., Eyheramendy S., Shchur V. Genomic insights into the recent population history of Mapuche Native Americans / Cold Spring Harbor Laboratory. Series New Results "BioRxiv". 2021. doi
- Статья Svedberg J., Shchur V., Reinman S., Nielsen R., Corbett-Detig R. Inferring Adaptive Introgression Using Hidden Markov Models // Molecular Biology and Evolution. 2021. Vol. 38. No. 5. P. 2152-2165. doi
- Препринт Klink G. V., Safina K. R., Nabieva E., Shvyrev N., Garushyants S., Alekseeva E. I., Komissarov A. B., Danilenko D. M., Pochtovyy A. A., Divisenko E. V., Vasilchenko L. A., Shidlovskaya E. V., Kuznetsova N. A., Samoilov A. E., Neverov A., Popova A., Fedonin G., Akimkin V. G., Lioznov D., Gushchin V., Shchur V., Bazykin G. A. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia / Cold Spring Harbor Laboratory. Series 005140 "Medrxiv". 2021. doi
- Препринт Shchur V., Spirin V., Pokrovskiy V., Burovskiy E., De Maio N., Corbett-Detig R. VGsim: scalable viral genealogy simulator for global pandemic / Cold Spring Harbor Laboratory. Series 005140 "Medrxiv". 2021.
- Препринт Komissarov A. B., Safina K. R., Garushyants S. K., Fadeev A. V., Sergeeva M. V., Ivanova A. A., Danilenko D. M., Lioznov D., Shneider O. V., Shvyrev Nikita, Spirin V., Glyzin D., Shchur V., Bazykin G. A. Genomic epidemiology of the early stages of SARS-CoV-2 outbreak in Russia / Cold Spring Harbor Laboratory. Series 005140 "Medrxiv". 2020. doi
- Препринт Svedberg J., Shchur V., Reinman S., Nielsen R., Corbett-Detig R. Inferring Adaptive Introgression Using Hidden Markov Models / Cold Spring Harbor Laboratory. Series 005140 "Biorxiv". 2020. doi
- Статья Shchur V., Svedberg J., Medina P., Corbett-Detig R., Nielsen R. On the Distribution of Tract Lengths During Adaptive Introgression // G3: Genes, Genomes, Genetics. 2020. Vol. 10. No. 10. P. 3663-3673. doi
- Статья Vicuña L., Klimenkova O., Norambuena T., Martinez F. I., Fernandez M. I., Shchur V., Eyheramendy S. Post-Admixture Selection on Chileans Targets Haplotype Involved in Pigmentation, Thermogenesis and Immune Defense Against Pathogens // Genome Biology and Evolution. 2020. Vol. 12. No. 8. P. 1459-1470. doi
- Статья Guskova M., Shchur V., Shchur L. Simulation of drop oscillation using the lattice Boltzmann method // Lobachevskii Journal of Mathematics. 2020. Vol. 41. No. 6. P. 992-995. doi
- Статья Gouezel S., Shchur V. A corrected quantitative version of the Morse lemma // Journal of Functional Analysis. 2019. Vol. 277. No. 4. P. 1258-1268. doi
- Препринт Vladimir Shchur, Svedberg J., Medina P., Corbett-Detig R., Nielsen R. On the distribution of tract lengths during adaptive introgression / Cold Spring Harbor Laboratory. Series New Results "BioRxiv". 2019. No. 724815. doi
- Статья Skov L., Hui R., Щур В. Л., Hobolth A., Scally A., Schierup M. H., Durbin R. Detecting archaic introgression using an unadmixed outgroup // PLoS Genetics. 2018. Т. 14. № e1007641. С. 1-15. doi
- Препринт Shchur V., Ziganurova L., Durbin R. Fast and scalable genome-wide inference of local tree topologies from large number of haplotypes based on tree consistent PBWT data structure / Cold Spring Harbor Laboratory. Series New Results "BioRxiv". 2018. doi
- Статья Shchur V., Nielsen R. On the number of siblings and p-th cousins in a large population sample // Journal of Mathematical Biology. 2018. Vol. 77. No. 5. P. 1279-1298. doi
- Статья Shchur V. On the quantitative quasi-isometry problem: Transport of Poincaré inequalities and different types of quasi-isometric distortion growth // Journal of Functional Analysis. 2015. Vol. 269. No. 10. P. 3147-3194. doi
- Статья Shchur V. A quantitative version of the Morse lemma and quasi-isometries fixing the ideal boundary // Journal of Functional Analysis. 2013. Vol. 264. No. 3. P. 815-836. doi
- Статья Shchur V. Some properties of Frobenius numbers and a fraction of symmetric semigroups in the weak limit for n=3 // Functional Analysis and Other Mathematics. 2010. Vol. 3. No. 1. P. 97-101. doi
- Статья Shchur V., Sinai Y., Ustinov A. Limiting distribution of Frobenius numbers for n=3 // Journal of Number Theory. 2009. Vol. 129. No. 11. P. 2778-2789. doi
Конференции
- 2021Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'21) (Moscow). Доклад: Estimating the timing of multiple admixture events using 3-locus Linkage Disequilibrium
- 2019Probabilistic Modeling in Genomics (Aussois). Доклад: ngsPSMC: genotype likelihood-based PSMC for analysis of low coverage NGS data
- Bay Area Population Genomics (Stanford). Доклад: On the distribution of tract lengths during adaptive introgression
- MiSTI: method for correction of PSMC trajectories of admixed populations (Москва). Доклад: MiSTI: method for correction of PSMC trajectories of admixed populations
- 2018ProbGen “Probabilistic Modeling In Genomics” (Cold Spring, NY). Доклад: Estimation of population split times and migration rates with variable population sizes
Гранты
РНФ
22-71-10056 Моделирование и анализ генетического перемешивания популяций (2022-2025)
20-71-00143 Разработка методов для изучения исторической структуры популяции из полногеномных последовательностей с использованием глубокого машинного обучения (2020-2022)
РФФИ
20-29-01028 Разработка методов популяционного анализа древней и современной ДНК по правдоподобию генотипов (2021-2023)
19-07-00515 Разработка на основе скрытых марковских цепей метода и алгоритма для оценки локального происхождения при адаптационной интрогрессии (2019-2021)
Опыт работы
Ассистент, факультет математики, университет Париж-Юг (Орсэ, Франция), 2012-2013.
Научный сотрудник, группа профессора Дурбина, Институт WT, Кембридж, Англия, 2013-2016.
Научный сотрудник, группа профессора Нильсена, Университет Калифорнии в Беркли, Беркли, США, 2016-2019.
Приглашенный лектор на курсе STAT 88 «Вероятность и мат-статистика в науке о данных» в Университете Беркли (Калифорния, США), 2018-2019.
Информация*
- Общий стаж: 11 лет
- Научно-педагогический стаж: 10 лет
- Преподавательский стаж: 5 лет
Место встречи – «Научная среда»
22 ноября выпускники программы кадрового резерва провели нетворкинг-сессии для начинающих свой путь в науке стажеров-исследователей и аспирантов.
Посвящение в стажеры-исследователи научных лабораторий Вышки
26 апреля выпускники кадрового резерва приняли участие в проведении семинара «Научная среда», организованного Центром научной интеграции НИУ ВШЭ
Старт года академического кадрового резерва – 2023
10-12 февраля новые резервисты из Москвы, Санкт-Петербурга, Перми и Нижнего Новгорода приняли участие в семинаре «Эффективные стратегии профессионального развития в академическом мире»
Технологии ИИ помогут ученым предсказывать заболевания
Мария Попцова рассказала о результатах работы в рамках проекта «ИИ в биоинформатике».
Ученые разработали новый метод анализа генетического перемешивания популяций
Исследователи Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ совместно с иностранными коллегами предложили новый статистический метод анализа перемешивания популяций. Он позволяет точнее определять время и количество волн миграций. Так, в истории колумбийцев и мексиканцев (потомков коренных американцев, испанцев и африканцев) по два эпизода перемешивания, которые произошли около 350 и 200 лет назад для мексиканцев и 400 и 100 лет назад для колумбийцев. Результаты опубликованы в журнале Plos Genetics.
«Я понял, что магистратура - не продолжение бакалавриата. Это начало аспирантуры!»
С 4 по 7 июля 2022 года в МИЭМ НИУ ВШЭ прошла четвертая летняя школа «Суперкомпьютерное моделирование и системы управления в инженерии».
13 проектов НИУ ВШЭ поддержано Российским научным фондом
РНФ подвел итоги конкурсов 2022 года на получение грантов по конкурсам «Проведение инициативных исследований молодыми учеными» и «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых», а также конкурса продления проектов молодежных групп 2019 года Президентской программы исследовательских проектов. По итогам первого конкурса поддержано четыре проекта НИУ ВШЭ на два года, по итогам второго — шесть проектов на три года, по итогам третьего — три заявки на три года.
Statistical and Computational Genomics Projects at HSE University
Vladimir Shchur, the Head and a Senior Research Fellow at the International Laboratory of Statistical and Computational Genomics, talks about the lab, its research projects and their practical applications.
Ученый – не читатель?
Авторская колонка Владимира Щура
В ВШЭ создали симулятор вирусных генеалогий, позволяющий моделировать пути распространения COVID-19
Ученые из МИЭМ НИУ ВШЭ совместно с коллегами из Калифорнийского университета в Санта-Круз и Европейского института биоинформатики разработали программное обеспечение, с помощью которого можно моделировать пути распространения COVID-19 в условиях глобальной пандемии. Это самый быстрый в мире симулятор вирусных генеалогий (VGsim — Viral Genealogy Simulator). Симулятор доступен, о нем можно прочесть в препринте на medRxiv и скачать код с GitHub.
Ученые Вышки рассказали, как открыть научную лабораторию
Семинар «Как открыть лабораторию?» прошел в рамках Программы профессионального развития российских постдоков
К слову о дискуссиях: бить или не бить
Авторская колонка Владимира Щура о двух традициях научных споров
Журнал Nature Communications опубликовал исследование российских ученых, в котором приняли участие студенты МИЭМ
Биологи и математики из НИУ ВШЭ, Сколтеха и ИППИ РАН изучили распространение коронавируса в России. Основная часть была закончена в конце июня, однако до октября команда работала с данными по советам рецензентов. Статья опубликована 28 января 2021 г. в журнале Nature Communications. Студенты МИЭМ рассказали о своем вкладе в исследование.
Досужие размышления об информационной эвристике
Авторская колонка Владимира Щура
New Online School on Population Genetics and Analysis
The HSE International Laboratory of Statistical and Computational Genomics has launched an online school for applied population genetics and analysis. The school does not require special knowledge in biology and is aimed at students, graduate students, and postdocs in mathematics, physics, and computer programming.
«Было интересно и даже захватывающе!»
Состоялась II летняя школа «Суперкомпьютерное моделирование и системы управления в инженерии»
Что такое геномика?
Интервью с заведующим международной лабораторией статистической и вычислительной геномики Владимиром Щуром
Рекордное количество вычислительных задач посчитали ученые Вышки на суперкомпьютере
В апреле их число достигло 16830 – это больше, чем за весь первый квартал 2020 года
Ученые ушли в онлайн и зовут с собой
Проведение первого научного семинара международной лаборатории статистической и вычислительной геномики отложилось почти на месяц из-за распространения Covid-19. Но в апреле знаковое для лаборатории мероприятие состоялось. О том, как живется ученым в условиях пандемии и самоизоляции, что такое геномика и в чем важность жестов на онлайн-занятиях мы поговорили с руководителем лаборатории Владимиром Щуром.
В Вышке создаются новые международные лаборатории
НИУ ВШЭ уже десять лет реализует проект «Международные лаборатории с участием ведущих зарубежных ученых». По итогам последнего конкурса проектов на создание таких лабораторий, завершившегося в ноябре прошлого года, решено открыть новые лаборатории. Кто будет работать в этих проектах и какими исследованиями они будут заниматься?
"Вычислительные среды": доклад "Поиск эпистаза в экспериментальных данных, полученных случайным мутагенезом"
На регулярном семинаре «Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, или Вычислительные среды» 20 ноября 2019 года доцент МИЭМ Владимир Щур представил своего коллегу из Сколтеха Дмитрия Иванкова. Иванков закончил МФТИ, после чего работал в европейских научных центрах и недавно вернулся в Россию. Тема его доклада «Поиск эпистаза в экспериментальных данных, полученных случайным мутагенезом».
4
проекта победили в конкурсе «Создание международных лабораторий Национального исследовательского университета “Высшая школа экономики” на период с 01.12.2019 по 31.12.2022».
"Вычислительные среды": доклад "О распределении длины трактов адаптивной интрогрессии"
2 октября 2019 г. прошел очередной семинар «Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, или Вычислительные среды». Владимир Львович Щур, к.ф.-м.н., доцент департамента прикладной математики МИЭМ, выступил с докладом "О распределении длины трактов адаптивной интрогрессии" ("On the distribution of tract lengths during adaptive introgression").