CRISPR-кассеты — кластеризация, разбор подпоследовательностей, создание веб-сервиса применительно к бионформатике

<p class="1">Дипломная работа посвящена изучению <span lang="EN-US">CRISPR</span> (<span lang="EN-US">Clustered</span><span lang="EN-US"> </span><span lang="EN-US">Regularly</span><span lang="EN-US"> </span><span lang="EN-US">Interspaced</span><span lang="EN-US"> </span><span lang="EN-US">Short</span><span lang="EN-US"> </span><span lang="EN-US">Palindromic</span><span lang="EN-US"> </span><span lang="EN-US">Repeats</span>) кассет &mdash; специальных участков генома, которые обеспечивают механизм противовирусной защиты клетки и имеют особую, ярко выраженную, структуру. Представленное исследование выполнено в рамках совместного проекта с Зубанковым Д.А. на базе УНЦБ ИППИ РАН и детально описывает анализ существующей информации о системах <span lang="EN-US">CRISPR</span><span lang="EN-US"> </span>с использованием математических методов и подходов. В частности, в работе подробно рассмотрен один из важнейших этапов проекта, посвященный кластеризации полученных данных о кассетах и их анализу. Построение кластеризации включает в себя создание метода для нахождения численной величины близости двух строк с помощью принципов динамического программирования на основе алгоритма Нидлмана-Вунша. Дополнительно, в работе приводится асимптотически эффективный алгоритм построения префикс-функции, которая используется для вычисления перекрытия строк, необходимого для построения наименьшей общей надпоследовательности. Важной частью исследования является создание архитектуры <span lang="EN-US">web</span>-сервиса, который представляет собой финальный этап разработки всего проекта. Описание включает в себя технические особенности построения приложения, позволяющего визуализировать все этапы анализа систем <span lang="EN-US">CRISPR</span><span lang="EN-US"> </span>и предоставляющего возможность ученым загружать в существующую базу знаний свои собственные кассеты для их дальнейшего изучения.</p>