Поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 методами структурной биоинформатики

Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) является возбудителем ВИЧ-инфекции — смертельно опасного и крайне распространенного заболевания, на борьбу с которым ежегодно тратятся миллиарды долларов США по всему миру. Наиболее распространенным видом ВИЧ является ВИЧ-1. Особенности жизненного цикла ВИЧ-1 способствуют быстрой выработке резистентности к применяемым лекарствам, что влечет за собой необходимость разработки новых антиретровирусных препаратов. Одним из перспективных классов препаратов являются ингибиторы интегразы ВИЧ-1. Одной из основных проблем при разработке препаратов данного класса является отсутствие данных о пространственной структуре комплексов интегразы ВИЧ-1 с ингибиторами. Данная работа посвящена поиску новых потенциальных ингибиторов интегразы ВИЧ-1. В рамках работы была построена модель интасомы ВИЧ-1 — белкового комплекса, составной частью которого является интеграза — путем гомологичного моделирования на основе имеющихся в Protein Data Bank пространственных структур интасом вируса саркомы Рауса, пенистого вируса человка и вируса опухоли молочной железы мышей. Была построена фармакофорная модель на основе трех использующихся в клинической практике ингибиторов интегразы — долутегравира, ралтегравира и элвитегравира. На основе построенной фармакофорной модели был проведен скрининг базы данных ZINC. Отобранные и отфильтрованные в результате скрининга соединения были докированы в структуру построенной модели интасомы ВИЧ-1. На основе анализа полученных комплексов белок-лиганд были отобраны 13 наиболее перспективных соединений, которые могут проявлять ингибирующую активность по отношению к интегразе ВИЧ-1.