Кондратюк Николай Дмитриевич
- Старший научный сотрудник:Международная лаборатория суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа
- Доцент:Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова / Департамент прикладной математики
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2017 году.
- Научно-педагогический стаж: 7 лет.
Полномочия / обязанности
проводить научные исследования и разработки как исполнитель наиболее сложных и ответственных работ;
формировать и непосредственно участвовать: в разработке практических рекомендаций по использованию результатов исследований и разработок; составлении отчетов (разделов отчета) по теме или ее разделу (этапу, заданию);
разрабатывать планы и методические программы проведения исследований и разработок;
организовывать сбор и изучение научно-технической информации по теме, проводить анализ и теоретическое обобщение научных данных, результатов экспериментов и наблюдений;
внедрять результаты проведенных исследований и разработок;
Образование, учёные степени
- 2021Кандидат физико-математических наук
- 2016
Магистратура: Московский физико-технический институт, специальность «Прикладные математика и физика», квалификация «Магистр»
- 2014
Бакалавриат: Московский физико-технический институт, специальность «Прикладные математика и физика», квалификация «Бакалавр»
Достижения и поощрения
1 место на международном конкурсе Industrial Fluid Properties Simulation Challenge 2019
Стипендия Правительства РФ для аспирантов 2019/2020
1 место на конференции-конкурсе молодых физиков 2019, ФИАН
2 место на международном конкурсе Industrial Fluid Properties Simulation Challenge 2018
3 место на конкурсе научных работ ОИВТ РАН им. Шейндлина в категории аспиранты 2017
Стипендия Правительства РФ для аспирантов 2016/2017
Медаль Российской академии наук в категории студенты 2016
1 место на конкурсе научных работ ОИВТ РАН им. Бибермана в категории студенты
Призер Фонда поддержки молодых ученых ОИВТ 2017
Призер Фонда поддержки молодых ученых ОИВТ 2016
Призер Фонда поддержки молодых ученых ОИВТ 2015Надбавка за публикацию в журнале из Списка А (и приравненном к нему научном издании) (2023-2024)
Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2022-2023, 2020-2021)
Учебные курсы (2023/2024 уч. год)
Практикум по молекулярной динамике (2 курс бакалавриата, ЛФИ, МФТИ)
Интегралы по траекториям методами молекулярной динамики (5 курс магистратуры, ЛФИ, МФТИ)
- Математические методы и компьютерные технологии (семинар наставника) (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1-3 модуль)Рус
- Multiscale Modeling and Supercomputer Architectures (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1, 2 модуль)Анг
- Multiscale Modeling and Supercomputer Architectures (Маго-лего; 1, 2 модуль)Анг
- Архив учебных курсов
Учебные курсы (2022/2023 уч. год)
- Математические методы и компьютерные технологии (семинар наставника) (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1-3 модуль)Рус
Multiscale Modeling and Supercomputer Architectures (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; направление "01.04.04. Прикладная математика", направление "01.04.02. Прикладная математика и информатика"; 2-й курс, 1, 2 модуль)Анг
- Multiscale Modeling and Supercomputer Architectures (Маго-лего; 1, 2 модуль)Анг
Публикации27
- Статья Kondratyuk N., Lankin A., Norman G., Stegailov V. Relaxation and transport properties of liquid n-triacontane // Journal of Physics: Conference Series. 2015. Vol. 653. No. 012107. P. 1-9. doi
- Статья Kondratyuk N., Norman G., Stegailov V. Microscopic mechanisms of diffusion of higher alkanes / Пер. с рус. // Polymer Science - Series A. 2016. Vol. 58. No. 5. P. 825-836. doi
- Статья Kondratyuk N., Norman G., Stegailov V. Rheology of liquid n-triacontane: Molecular dynamics simulation // Journal of Physics: Conference Series. 2016. Vol. 774. No. 012039. P. 1-9. doi
- Статья Kondratyuk N., Norman G., Stegailov V. Self-consistent molecular dynamics calculation of diffusion in higher n-alkanes // Journal of Chemical Physics. 2016. Vol. 145. No. 204504. P. 204504-1-204504-9. doi
- Статья Кондратюк Н. Д., Норман Г. Э., Стегайлов В. В. Микроскопические механизмы диффузии высших алканов // Высокомолекулярные соединения. Серия А. 2016. Т. 58. № 5. С. 519-531. doi
- Глава книги Stegailov V., Agarkov A., Biryukov S., Ismagilov T., Khalilov M., Kondratyuk N., Kushtanov E., Makagon D., Mukosey A., Semenov A., Simonov A., Timofeev A., Vecher V. Early Performance Evaluation of the Hybrid Cluster with Torus Interconnect Aimed at Molecular-Dynamics Simulations, in: Parallel Processing and Applied Mathematics. 12th International Conference, PPAM 2017, Lublin, Poland, September 10-13, 2017, Revised Selected Papers, Part II, Vol. 10778: 12th International Conference, PPAM 2017, Lublin, Poland, September 10-13, 2017, Revised Selected Papers, Part II. Cham, Switzerland : Springer, 2018. doi P. 327-336. doi
- Глава книги Kondratyuk N., Smirnov G., Dlinnova E., Biryukov S., Stegailov V. Hybrid Supercomputer Desmos with Torus Angara Interconnect: Efficiency Analysis and Optimization, in: Communications in Computer and Information Science Vol. 910: Parallel Computational Technologies. Springer, 2018. doi P. 77-91. doi
- Статья Kondratyuk N., Norman G., Stegailov V. Quantum nuclear effects in water using centroid molecular dynamics // Journal of Physics: Conference Series. 2018. Vol. 946. No. 012109. P. 1-7. doi
- Статья Stegailov V., Dlinnova E., Ismagilov T., Khalilov M., Kondratyuk N., Makagon D., Semenov A., Simonov A., Smirnov G., Timofeev A. Angara interconnect makes GPU-based Desmos supercomputer an efficient tool for molecular dynamics calculations // International Journal of High Performance Computing Applications. 2019. Vol. 33. No. 3. P. 507-521. doi
- Статья Kondratyuk N., Pisarev V. Calculation of viscosities of branched alkanes from 0.1 to 1000 MPa by molecular dynamics methods using COMPASS force field // Fluid Phase Equilibria. 2019. Vol. 498. P. 151-159. doi
- Статья Kondratyuk N. Contributions of force field interaction forms to Green-Kubo viscosity integral in n-alkane case // Journal of Chemical Physics. 2019. Vol. 151. No. 7. P. 074502-1-074502-8. doi
- Глава книги Kondratyuk N., Smirnov G., Agarkov A., Osokin A., Nikolskiy V., Semenov A., Stegailov V. Performance and Scalability of Materials Science and Machine Learning Codes on the State-of-Art Hybrid Supercomputer Architecture, in: Supercomputing. RuSCDays 2019. Communications in Computer and Information Science Vol. 1129: Supercomputing. RuSCDays 2019. Springer, 2019. doi P. 597-609. doi
- Статья Pisarev V., Kondratyuk N. Prediction of viscosity-density dependence of liquid methane+n-butane+n-pentane mixtures using the molecular dynamics method and empirical correlations // Fluid Phase Equilibria. 2019. Vol. 501. No. 112273. P. 1-11. doi
- Глава книги Kuznetsov E., Kondratyuk N., Logunov M., Nikolskiy V., Stegailov V. Performance and portability of state-of-art molecular dynamics software on modern GPUs, in: PPAM 2019: Parallel Processing and Applied Mathematics. Lecture Notes in Computer Science Vol. 12043: 13th International Conference, PPAM 2019, Bialystok, Poland, September 8–11, 2019, Revised Selected Papers, Part I. Springer, 2020. doi P. 324-334. doi
- Статья Kondratyuk N., Pisarev V., Ewen J. P. Probing the high-pressure viscosity of hydrocarbon mixtures using molecular dynamics simulations // Journal of Chemical Physics. 2020. Vol. 153. No. 15. P. 154502. doi
- Статья Kondratyuk N., Orekhov M. Shear viscosity of n-pentane from diffusivity based molecular dynamics methods // Journal of Physics: Conference Series. 2020. Vol. 1556. P. 012048. doi
- Статья Kondratyuk N., Lenev D. Y., Pisarev V. Transport coefficients of model lubricants up to 400 MPa from molecular dynamics // Journal of Chemical Physics. 2020. Vol. 152. No. 19. P. 191104. doi
- Статья Kondratyuk N., Nikolskiy V., Pavlov D., Stegailov V. GPU-accelerated molecular dynamics: State-of-art software performance and porting from Nvidia CUDA to AMD HIP // International Journal of High Performance Computing Applications. 2021. Vol. 35. No. 4. P. 312-324. doi
- Статья Orekhov N., Kondratyuk N., Logunov M., Timralieva A., Shilovskikh V., Skorb E. Insights into the Early Stages of Melamine Cyanurate Nucleation from Aqueous Solution // Crystal Growth & Design. 2021. Vol. 21. No. 4. P. 1984-1992. doi
- Статья Kondratyuk N., Pisarev V. Predicting shear viscosity of 1,1-diphenylethane at high pressures by molecular dynamics methods // Fluid Phase Equilibria. 2021. Vol. 544-545. Article 113100. doi
- Статья Bakulin I., Kondratyuk N., Lankin A., Norman G. Properties of aqueous 1,4-dioxane solution via molecular dynamics // Journal of Chemical Physics. 2021. No. 155. Article 154501. doi
- Статья Deshchenya V. I., N. D. Kondratyuk, Lankin A. V., G. E. Norman. Molecular dynamics study of sucrose aqueous solutions: From solution structure to transport coefficients // Journal of Molecular Liquids. 2022. Vol. 367. Article 120456. doi
- Статья Nikitiuk B., D. I. Salikova, N. D. Kondratyuk, V. V. Pisarev. Pair entropy and universal viscosity scaling for molecular systems via molecular dynamics simulations // Journal of Molecular Liquids. 2022. Vol. 368. Article 120714. doi
- Статья Дещеня В. И., Кондратюк Н. Д., Ланкин А. В., Норман Г. Э. МОДЕЛИРОВАНИЕ ТРАНСПОРТНЫХ СВОЙСТВ ВОДНЫХ РАСТВОРОВ САХАРОЗЫ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ // Журнал физической химии. 2022. Т. 96. № 3. С. 373-380. doi
- Статья Kondratyuk N., Ryltsev R., Ankudinov V., Chtchelkatchev N. First-principles calculations of the viscosity in multicomponent metallic melts: Al-Cu-Ni as a test case // Journal of Molecular Liquids. 2023. Vol. 380. Article 121751. doi
- Статья Дещеня В. И., Кондратюк Н. Д. ИСТОРИЯ И ПЕРСПЕКТИВЫ АТОМИСТИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ПОЛИСАХАРИДОВ // Высокомолекулярные соединения. Серия С. 2023. Т. 65. № 1. С. 91-109. doi
- Статья Кондратюк Н. Д., Писарев В. В. Теоретические и вычислительные подходы к предсказанию вязкости жидкостей // Успехи физических наук. 2023. Т. 193. № 4. С. 437-461. doi
Конференции
- 2018XXXIII International Conference on Equations of State for Matter (Эльбрус). Доклад: Details of Green-Kubo method for shear viscosity calculation of n-alkanes
XXXIII International Conference on Equations of State for Matter (Эльбрус). Доклад: Details of Green-Kubo method for shear viscosity calculation of n-alkanes
- Modeling Supra-molecular Structures with LAMMPS (Филадельфия). Доклад: Self-consistent molecular dynamics calculation of diffusion in n-alkanes
- FOMMS 2018 Innovations for Complex Systems (Делаван). Доклад: Self-consistent molecular dynamics calculation of viscosity in n-alkanes
- 15-й Российский симпозиум "Фундаментальные основы атомистического и многомасштабного моделирования" (Новый Афон). Доклад: Расчет сдвиговой вязкости жидких углеводородов с помощью методов молекулярной динамики
- 2017XXXII International Conference on Interaction of Intense Energy Fluxes with Matter (Кабардино-Балкария, п.Эльбрус). Доклад: Quantum nuclear effects in water using CMD
Workshop on Understanding Quantum Phenomena with Path Integrals: From Chemical Systems to Quantum fluids and Solids (Триест). Доклад: Inclusion of quantum nuclear effects in alkanes using PIMD techniques
- 14-я Российская Школа-Симпозиум "Фундаментальные основы атомистического многомасштабного моделирования" (Новый Афон). Доклад: Интегралы по траекториям с помощью молекулярной динамики
- Поиск эффективных суперкомпьютерных архитектур в пост-Муровскую эру (Москва). Доклад: Эффективность суперкомпьютера Десмос на задачах ММ: использование GPU-ускорителей и параллельный вывод данных
- 2016
13–й российский симпозиум Фундаментальные основы атомистического мультимасштабного моделирования (Новый Афон). Доклад: Согласованный расчет коэффициента диффузии н-С30Н62 методами молекулярной динамики
XXXI International Conference on Equations of State for Matter, 01-06.03.2016 (Кабардино-Балкария, п.Эльбрус). Доклад: Rheology of liquid n-alkanes. Molecular dynamics calculation
59 научная конференция МФТИ. Доклад: Самосогласованный молекулярно-динамический расчет коэффициента диффузии высших алканов
- Суперкомпьютерное моделирование в естественных и инженерных науках (SSSE2016) (Москва). Доклад: Self-consistent molecular dynamics calculation of diffusion in higher n-alkanes
Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences 2016 (Худжанд). Доклад: Self-consistent molecular dynamics calculation of diffusion in higher n-alkanes
20th Research Workshop Nucleation Theory and Applications (Дубна). Доклад: Rheology of liquid n-alkanes. Molecular dynamics calculation
- 2015
12-й Российский симпозиум Атомистическое моделирование, теория и эксперимент (Новый Афон). Доклад: Расчет кинетических свойств жидкого н-триаконтана
- V Всероссийская конференция Фундаментальные основы МЭМС- и нанотехнологий (Новосибирск). Доклад: Расчет сдвиговой вязкости жидкого н-триаконтана
58 научная конференция МФТИ (Долгопрудный). Доклад: Молекулярная динамика высших н-алканов. Диффузия.
XXX International Conference on Interaction of Intense Energy Fluxes with Matter. (Кабардино-Балкария, п.Эльбрус). Доклад: Relaxation and transport properties of liquid n-triacontane
- 2014
57 научная конференция МФТИ (Долгопрудный). Доклад: Релаксация и кинетические параметры супрамолекулярных жидкостей
- 2013
56-ая Конференция МФТИ (Москва). Доклад: Моделирование супрамолекулярных жидкостей в сильных электромагнитных полях. Применимость данной модели в случае пробоя в трансформаторном масле
Гранты
РНФ 17-79-20391 Атомистическое и многомасштабное моделирование в фильтрации флюидов в пористой среде 2017-2021 (Основной исполнитель)
РФФИ 18-38-00917 мол_а Особенности диффузионных процессов в жидкостях многоатомных молекул 2018-2020 (Руководитель)
Опыт работы
2013 - 2014 лаборант ОИВТ РАН
2014 - 2016 стажер исследователь ОИВТ РАН
2016 - 2020 младший научный сотрудник ОИВТ РАН
2017 - 2020 младший научный сотрудник НИУ ВШЭ
2020 - н.в. научный сотрудник НИУ ВШЭ
2020 - 2022 старший научный сотрудник ОИВТ РАН
2022 - н.в. заведующий лабораторией в МФТИ
Информация*
- Общий стаж: 10 лет
- Научно-педагогический стаж: 7 лет
Open-Source GPU Technology for Supercomputers: Researchers Navigate Advantages and Disadvantages
Researchers from the HSE International Laboratory for Supercomputer Atomistic Modelling and Multi-scale Analysis, JIHT RAS and MIPT have compared the performance of popular molecular modelling programs on GPU accelerators produced by AMD and Nvidia. In apaper published by the International Journal of High Performance Computing Applications, the scholars ported LAMMPS on the new open-source GPU technology, AMD HIP, for the first time.
Open-source GPU-технологии для суперкомпьютеров: ученые разобрались в плюсах и минусах
Исследователи Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ, ОИВТ РАН и МФТИ сравнили работу популярных программ молекулярного моделирования на GPU-ускорителях AMD и Nvidia. В опубликованной работе в журнале International Journal of High Performance Computing Applications ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP.
Поздравляем сотрудников лаборатории с защитой кандидатских диссертаций!
Сотрудники лаборатории Н.Д. Кондратюк и М.А. Орехов 16 сентября 2020 года успешно защитили кандидатские диссертации по специальности "Физика конденсированного состояния" в диссертационном совете ИФВД РАН. Поздравляем!
Высокая оценка работы сотрудников Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа на PPAM-2019
Работа сотрудников Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ, выполненная под руководством профессора Владимир Стегайлова с участием выпускника 2019 года бакалавриата МИЭМ Евгения Кузнецова, аспиранта 1-го года НИУ ВШЭ Всеволода Никольского, магистранта МФТИ Михаила Логунова и младшего научного сотрудника лаборатории Николая Кондратюка, была признана лучшей работой из основной программы 13-й Международной конференции по параллельным вычислениям и прикладной математике (PPAM-2019, http://ppam.pl), проходившей в г. Белосток (Польша) с 8 по 11 сентября 2019.
Сотрудники лаборатории выступили на фестивале науки ВШЭ "Lunokhod-1"
27 октября Высшая Школа Экономики провела в Digital October фестиваль науки «Lunokhod-1». Наша лаборатория представила на мероприятии интерактивный суперкомпьютерный демонстрационый стенд. Д.ф.-м.н. В.В.Стегайлов выступил с научно-популярным докладом «Зачем нужны суперкомпьютеры, как их проектировать и использовать?».
Международная конференция Russian Supercomputing Days 2018
Russian Supercomputing Days - ключевая российская суперкомпьютерная конференция с международным участием, ежегодно собирающая в Москве крупнейших ученых и специалистов по высокопроизводительным вычислениям и computer science. В этом году в работе конференции приняли участие сотрудники Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ (Н.Д.Кондратюк, В.П.Никольский, Г.Э.Норман, А.С.Семенов, А.В.Тимофеев и М.Р.Халилов).
Научный семинар в Межведомственном суперкомпьютерном центре РАН
8 августа 2017 г. сотрудники лаборатории (В.В.Стегайлов и А.В.Тимофеев) и студент магистерской программы НИУ ВШЭ «Математические методы моделирования и компьютерные технологии» В.П.Никольский выступили с докладами на семинаре в Межведомственном суперкомпьютерном центре Российской академии наук (МСЦ РАН).
Шаг вперед в кодизайне уникальных российских суперкомпьютеров на основе интерконнекта Ангара
23 июня 2017 в АО «НИЦЭВТ» состоялся совместный семинар сотрудников Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ, ОИВТ РАН и АО «НИЦЭВТ». Семинар был посвящен кодизайну (т.е. взаимосвязанным разработкам архитектуры и программного обеспечения) суперкомпьютеров на основе уникальной российской высокоскоростной коммуникационной сети Ангара.