Шайтан Алексей Константинович
- Научный сотрудник:Факультет компьютерных наук / Институт искусственного интеллекта и цифровых наук / Международная лаборатория биоинформатики
- Приглашенный преподаватель:Факультет компьютерных наук / Департамент больших данных и информационного поиска
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2021 году.
- Научно-педагогический стаж: 15 лет.
Образование, учёные степени
- 2010Кандидат физико-математических наук
- 2007
Специалитет: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, специальность «Физика конденсированного состояния вещества», квалификация «физик»
Учебные курсы (2023/2024 уч. год)
- Молекулярное моделирование (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 2-й курс, 1, 2 модуль)Рус
- Архив учебных курсов
Публикации11
- Статья Nikita A. Kosarim, Armeev G. A., Alexey K. Shaytan, Kirpichnikov M. P. Analysis of Ion Atmosphere Around Nucleosomes Using Supercomputer MD Simulations // Supercomputing Frontiers and Innovations. 2022. Vol. 9. No. 2. P. 56-67. doi
- Статья Sivkina A., Karlova M., McCullough L., Formosa T., Shaitan A., Feofanov A., Kirpichnikov M., Sokolova O., Studitsky V. Electron microscopy analysis of ATP-independent nucleosome unfolding by FACT // Communications Biology. 2022. Vol. 5. No. 1. Article 2. doi
- Статья Shaitan A., Novikov R., Vinnikov R., Gribkova A., Glukhov G. From DNA-protein interactions to the genetic circuit design using CRISPR-dCas systems // Frontiers in Molecular Biosciences. 2022. Vol. 9. Article 1070526.
- Статья Armeev G., Gribkova A., Shaitan A. Nucleosomes and their complexes in the cryoEM era: Trends and limitations // Frontiers in Molecular Biosciences. 2022. Vol. 9. Article 1070489. doi
- Статья Armeev G., Kniazeva A., Komarova G., Kirpichnikov M., Shaytan A. Histone dynamics mediate DNA unwrapping and sliding in nucleosomes // Nature Communications. 2021. Vol. 12. Article 2387. doi
- Статья Espiritu D., Gribkova A., Gupta S., Shaytan A., Panchenko A. Molecular Mechanisms of Oncogenesis through the Lens of Nucleosomes and Histones // Journal of Physical Chemistry B. 2021. Vol. 125. No. 16. P. 3963-3976. doi
- Статья Novikov R., Armeev G., Gribkova A., Kacher J., Gluhov G., Shaitan A. Detecting Cas9-sgRNA Complex Interactions with DNA via Fluorescent Microscopy: Computer Simulations of Experimental Designs // Microscopy and Microanalysis. 2020. Vol. 26. No. S2. P. 310-311. doi
- Статья Armeev G., Panchenko A., Feofanov A., Shaitan A. Integrative Modeling of Nucleosomes and Supranucleosomal Structures // Biophysical Journal. 2020. Vol. 118. No. 3S1. Article 318-Pos. doi
- Статья Hada A., Hota S., Luo J., Lin Y., Kale S., Shaitan A., Bhardwaj S., Persinger J., Ranish J., Panchenko A., Bartholomew B. Histone Octamer Structure Is Altered Early in ISW2 ATP-Dependent Nucleosome Remodeling // Cell Reports. 2019. Vol. 28. No. 1. P. 282-294. doi
- Статья Армеев Г. А., Грибкова А. К., Поспелова Ю., Комарова Г. А., Shaitan A. Linking chromatin composition and structural dynamics at the nucleosome level // Current Opinion in Structural Biology. 2019. Vol. 56. P. 46-55. doi
- Статья Shaitan A., Xiao H., Armeev G. A., Gaykalova D. A., Komarova G. A., Wu C., Studitsky V. M., Panchenko A. R. Structural interpretation of DNA-protein hydroxyl-radical footprinting experiments with high resolution using HYDROID // Nature Protocols. 2018. Vol. 13. No. 1. P. 2535-2556. doi
Опыт работы
|
02.2021-Н/В |
Научный сотрудник |
Международная лаборатория биоинформатики, Высшая Школа Экономики | |
|
2013-2017 |
Visiting fellow |
Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здоровья, США | |
|
2012 - |
Ведущий научный сотрудник |
МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии | |
|
2010-2012 |
Научный сотрудник |
МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии | |
|
2010 |
Ученый секретарь |
Технологическая платформа «Стратегические информационные технологии» | |
|
2008-2010 |
Ведущий инженер |
МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии | |
|
2009-2011 |
Научный сотрудник |
Университет Ульма, Германия, Институт Полимерных Наук | |
|
2006-2008 |
Учитель |
ГОУ СОШ 1326/Лицей 1586, предметы: компьютерное моделирование (10-11 классы), компьютерные методы в биологии и физике (7-9 классы) | |
Информация*
- Общий стаж: 17 лет
- Научно-педагогический стаж: 15 лет
- Преподавательский стаж: 3 года
Российская конференция «VII Съезд биофизиков России» 17-23 апреля 2023, г. Краснодар
Пленарный доклад «От ДНК-белковых взаимодействий к пониманию функционирования геномов эукариот» научного сотрудника Международной лаборатории биоинформатики Шайтана Алексея
Международная конференция "Многомасштабное моделирование ДНК от электронов до нуклеосом: 22 года консорциума Ascona B-DNA", 16-21 апреля 2023
Сотрудник Международной лаборатории биоинформатики принял участие в работе Международной конференции "Многомасштабное моделирование ДНК от электронов до нуклеосом: 22 года консорциума Ascona B-DNA" в Асконе, Швейцария
Школа «Генетика и эпигенетика: механизмы, структура, функция» на биологическом факультете МГУ, 29-30 октября 2022
Международная лаборатория биоинформатики приняла участие в школе для молодых ученых «Генетика и эпигенетика: механизмы, структура, функция», которая проходила на Биологическом факультете МГУ имени М.В. Ломоносова с 29 по 30 октября 2022 года.
Сотрудники НИУ ВШЭ избраны академиками и членами-корреспондентами РАН
Итоги выборов были подведены на общем собрании Российской академии наук, которое проходит с 1 по 3 июня. Среди новых академиков и членов-корреспондентов РАН — восемь сотрудников Вышки.
Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (Moscow Conference on Computational Molecular Biology) 30 июля - 02 августа 2021
Международная лаборатория биоинформатики приняла участие и выступила соорганизатором Московской конференции по вычислительной молекулярной биологии (Moscow Conference on Computational Molecular Biology) 30 июля - 02 августа 2021 в Сколтех