• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Вычислительно-эффективные методы анализа данных тандемной масс-спектрометрииComputationally efficient methods for tandem mass spectrometry data analysis

Соискатель:
Аквей Фрэнк Лоренс Ний Адокквей
Члены комитета:
Деркач Денис Александрович (НИУ ВШЭ, PhD, председатель комитета), Гергели Пап (Princess Margaret Cancer Centre, PhD, член комитета), Иванов Марк Витальевич (Институт энергетических проблем химической физики им. В.Л. Тальрозе ФИЦ ХФ им. Н.Н. Семенова РАН, к.ф.-м.н., член комитета), Онето Лука (Университет Генуи, PhD, член комитета), Ткачев Анна Игоревна (Сколковский институт науки и технологий, к.комп.н., член комитета)
Диссертация принята к предварительному рассмотрению:
6/26/2025
Диссертация принята к защите:
8/7/2025
Дисс. совет:
Совет по компьютерным наукам
Дата защиты:
10/17/2025
The increasing volume of publicly available tandem mass spectrometry data, often in the terabytes, along with advancements in mass spectrometry technology, has created a pressing need for improved analytical tools. In response to this challenge, this dissertation focuses on computationally efficient methods for identifying and quantifying peptides in tandem mass spectrometry data, where computational efficiency refers to achieving the same results while minimising processing time and memory usage.
Диссертация [*.pdf, 12.11 Мб] (дата размещения 8/15/2025)
Резюме [*.pdf, 1.71 Мб] (дата размещения 8/15/2025)
Summary [*.pdf, 1.67 Мб] (дата размещения 8/15/2025)

Публикации, в которых излагаются основные результаты диссертации

Kertesz-Farkas A., Acquaye F.L.N.A., Bhimani K., Eng J.K., Fondrie W.E., Grant C., Hoopmann M.R., Lin A., Lu Y.Y., Moritz R.L., MacCoss M.J, Noble W.S. The Crux Toolkit for Analysis of Bottom-Up Tandem Mass Spectrometry Proteomics Data (смотреть на сайте журнала)
Acquaye F.L.N.A., Kertesz-Farkas A., Noble W.S. Efficient Indexing of Peptides for Database Search Using Tide (смотреть на сайте журнала)
Kertesz-Farkas A., Acquaye F.L.N.A., Ostapenko V., Locon R. H., Lu Y., Grant C.E., Noble W. S. Fast and Memory-Efficient Searching of Large-Scale Mass Spectrometry Data Using Tide (смотреть на сайте журнала)


Отзывы
Отзыв научного руководителя
Отзыв члена Комитета
Сведения о результатах защиты:
Комитет по диссертации рекомендовал присудить ученую степень кандидата наук (протокол № 2 от 17.10.2025). Решением диссертационного совета (протокол № 10 от 31.10.2025) присуждена ученая степень кандидата компьютерных наук.
См. на ту же тему

Точный расчет p-значения для данных тандемной масс-спектрометрии с высоким разрешениемКандидатская диссертация

Соискатель: Бхимани Кишанкумар Рамешбхаи
Руководитель: Кертес-Фаркаш Аттила
Дата защиты: 10/21/2025