Семинар наставника "Анализ данных в биологии и медицине"

Магистратура 2025/2026

Статус: Курс обязательный (Анализ данных в биологии и медицине)

Кто читает: Департамент больших данных и информационного поиска

Где читается: Факультет компьютерных наук

Когда читается: 2-й курс, 1-3 модуль

Охват аудитории: для своего кампуса

Язык: русский

Кредиты: 6

Контактные часы: 64

Дополнительные материалы в LMS Задать вопрос

Аннотация

Основная идея курса в том, чтобы погрузить слушателей в анализ биомедицинских данных через критический разбор современных научных статей и воспроизведение экспериментов. Участники не только углубят знания в биоинформатике, но и разовьют ключевые мягкие навыки: представление результатов, научную коммуникацию и ведение дискуссий. Курс включает работу с экспертами и интеграцию в профессиональное сообщество для построения успешной карьеры в науке.

Цель освоения дисциплины

Познакомить слушателей с методами анализа данных в биологии и медицине, расширить знания в области биоинформатики, развить навыки критического чтения научных публикаций и активного участия в научном сообществе.

Планируемые результаты обучения

Применять статистические и филогенетические методы поиска конвергенции
Уметь анализировать генетическое разнообразие, интерпретировать результаты PCA/ADMIXTURE
Владеть методами расчёта dN/dS, McDonald–Kreitman теста, интерпретацией сигналов отбора
Владеть инструментами GWAS и базами (ClinVar, OMIM, UK Biobank)
Знать методы коррекции p-value (Bonferroni, FDR)
Уметь проектировать биоинформатическую часть RCT и расчёт мощности
Владеть методами анализа 3D-генома, визуализацией TAD
Применять ML/нейросети к анализу омикс-данных
Знать гены-маркеры и подходы к предсказанию ответа на терапию
Уметь определять каузальные варианты с помощью современных алгоритмов
Владеть методами установления причинно-следственных связей по GWAS данным
Понимать геномный отбор и использование CRISPR в селекции
Применять CNN/трансформеры для анализа медицинских изображений
Владеть методами аннотации, сборки геномов и филогенетики

Содержание учебной дисциплины

Популяционная генетика и этнический состав
Молекулярная эволюция
Медицинская генетика: базы данных и биобанки
Проблема множественного тестирования в биологии
Дизайн клинических исследований
Пространственная структура хроматина (Hi-C и др.)
Фармакогеномика
Машинное обучение в геномике
Fine-mapping
Менделевская рандомизация
Агрогенетика
Компьютерное зрение в медицинских задачах
Сравнительная геномика бактерий
Подходы к изучению конвергентной эволюции

Элементы контроля

Квиз
Квиз прводится в начале каждого занятия
Научные доклады»
2 раза в семестр для каждого студента
Домашняя работа

Промежуточная аттестация

2024/2025 4th module
0.4 * Домашняя работа + 0.4 * Домашняя работа + 0.2 * Квиз + 0.2 * Квиз + 0.4 * Научные доклады» + 0.4 * Научные доклады»
2025/2026 3rd module
0.4 * Домашняя работа + 0.4 * Домашняя работа + 0.2 * Квиз + 0.2 * Квиз + 0.4 * Научные доклады» + 0.4 * Научные доклады»

Список литературы

Авторы

Яковлева Илона Александровна

Программа дисциплины