Бакалавриат
2021/2022
Молекулярный дизайн биологически активных соединений
Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Статус:
Курс по выбору (Химия)
Направление:
04.03.01. Химия
Кто читает:
Факультет химии
Где читается:
Факультет химии
Когда читается:
3-й курс, 3 модуль
Формат изучения:
без онлайн-курса
Охват аудитории:
для своего кампуса
Преподаватели:
Новиков Федор Николаевич
Язык:
русский
Кредиты:
3
Контактные часы:
32
Программа дисциплины
Аннотация
Оснавная цель курса -- познакомить студентов с современными подходами к разработке инновационных лекарственных препаратов. Особое внимание уделено ключевой роли стартапов как драйвера инновационных разработок и подходам к комерциализации результатов исследований. На примерах реальных проектов будут рассомтрены цели и задачи ключевых этапов разработки лекарственных средств и "классические" ошибки, характерные для каждого из этапов разработки. В рамках лекционного курса также будут кратко затронуты вопросы связанные с особенностями защиты интеллектуальной собственности и актуальными регулятороными требованиями России, США и Евросоюза.
В рамках практических занятий студетны познакомиятся с мишень-направленным подходом к предсказанию биологической активности и получат практические навыки применения методов молекулярного докинга и виртуального скрининга.
примерный список тем: https://docs.google.com/document/d/1iptLFZv2p1M0XRjdmQho0g5ypiBzcgtd6hU5p8MmBPE/edit?usp=sharing
Цель освоения дисциплины
- Целью освоения дисциплины Молекулярный дизайн биологически активных соединений является надстройка знаний, полученных в общем курсе биохимии, органической и физической химии, в направлении специализации в области вычислительной химии, биохимии, органического синтеза, анализа связи биологической активности вещества с его структурой и в переходе на его следующую ступень – к направленному синтезу практически важных соединений, обладающих заданной активностью.
Планируемые результаты обучения
- Демонстрирует знания о принципах молекулярной динамики, расчета прочности связывания лиганд-мишень. Практически проводит моделирование активной структуры, максимально комплементарной мишени
- знает основные методы направленного дизайна биологи¬чески активных веществ и подходы к поиску органических соединений с заданной биологической активностью
- планирует деятельность по профессиональному описанию эксперимента в области компьютерного дизайна биологически активных веществ
- способность предложить возможные модификации структур органических соединений для повышения/понижения прочности указанных комплексов
- Сравнивает различные концепции молекулярного моделирования, принципы статистических и физических расчетов – как в присутствии белка-мишени, так и без него.
- умеет анализировать возможные биологические активности органических соединений на основе данных по их взаимодействию с известными терапевтическими мишенями
Содержание учебной дисциплины
- Общие принципы молекулярного дизайна. Силовые поля и модельные потенциалы. Подготовка структуры белка к вычислительному эксперименту.
- Предсказание биологической активности методами QSAR. Оценка биологической активности методами молекулярного докинга. Основные классы терапевтических мишеней. Понятие селективности.
- Предсказание биологической активности методами молекулярной динамики. Предсказание фармакокинетических параметров органических соединений.
- Примеры практической оценки биологической активности соединений. Подходы к выбору лекарственного кандидата.
Элементы контроля
- Контрольная работа 1
- Контрольная работа 2
- Экзамен
- Контрольная работа 3
- Контрольная работа 4
Промежуточная аттестация
- 2021/2022 учебный год 3 модуль0.125 * Контрольная работа 4 + 0.125 * Контрольная работа 2 + 0.5 * Экзамен + 0.125 * Контрольная работа 1 + 0.125 * Контрольная работа 3
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Дрюк В. Г., Скляр С. И., Карцев В. Г. - БИОЛОГИЧЕСКАЯ ХИМИЯ 2-е изд., пер. и доп. Учебное пособие для бакалавриата, специалитета и магистратуры - М.:Издательство Юрайт - 2019 - 311с. - ISBN: 978-5-534-08504-4 - Текст электронный // ЭБС ЮРАЙТ - URL: https://urait.ru/book/biologicheskaya-himiya-442129
- Прошкина Е. Н., Юранева И. Н., Москалев А. А. - МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ: СТРЕСС-РЕАКЦИИ КЛЕТКИ. Учебное пособие для вузов - М.:Издательство Юрайт - 2019 - 101с. - ISBN: 978-5-534-08502-0 - Текст электронный // ЭБС ЮРАЙТ - URL: https://urait.ru/book/molekulyarnaya-biologiya-stress-reakcii-kletki-441651
- Стефанов В. Е., Тулуб А. А., Мавропуло-Столяренко Г. Р. - БИОИНФОРМАТИКА. Учебник для академического бакалавриата - М.:Издательство Юрайт - 2019 - 252с. - ISBN: 978-5-534-00860-9 - Текст электронный // ЭБС ЮРАЙТ - URL: https://urait.ru/book/bioinformatika-433453
Рекомендуемая дополнительная литература
- Ризниченко Г. Ю. - МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ. МОДЕЛИ В БИОФИЗИКЕ И ЭКОЛОГИИ 2-е изд., пер. и доп. Учебное пособие для бакалавриата и магистратуры - М.:Издательство Юрайт - 2019 - 181с. - ISBN: 978-5-534-07037-8 - Текст электронный // ЭБС ЮРАЙТ - URL: https://urait.ru/book/matematicheskoe-modelirovanie-biologicheskih-processov-modeli-v-biofizike-i-ekologii-420698