2023/2024
Вычислительная инфраструктура в задачах биоинформатики
Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Статус:
Маго-лего
Когда читается:
2 модуль
Охват аудитории:
для своего кампуса
Преподаватели:
Михайлова Анастасия Алексеевна
Язык:
русский
Кредиты:
3
Контактные часы:
28
Программа дисциплины
Аннотация
За последние десятилетия слово «биоинформатика» распространилось по всему миру, и каждый, кто интересуется тенденциями развития науки, его слышал. Благодаря математическим методам, примененным в биологических задачах, был собран и расшифрован геном человека. Многие подходы этой науки стали рутинными, и сейчас уже невозможно представить без них работу с геномами любых организмов. Но математику и строгие алгоритмы можно применять не только для работы со строками, состоящими из четырех нуклеотидов или двадцати аминокислот. Вычислительная биология намного шире и включает в себя адаптацию подходов классической и квантовой механики, термодинамики, статистики, машинного обучения, вычислительной геометрии, дифференциальных уравнений, высокопроизводительных вычислений и много другого для биологических задач. И применять ее можно не только ради научного интереса, но и для вполне практических целей — ускорения изобретения новых лекарственных препаратов.
Цель освоения дисциплины
- Основная цель курса — это освоение практических навыков работы с инструментами и инфраструктурой, регулярно используемыми в исследовательских и прикладных задачах биоинформатики. Помимо практики, в ходе курса также будут освещены базовые теоретические идеи стоящие за используемыми инструментами.
Планируемые результаты обучения
- Работать с удаленными вычислительными серверами
- Управлять зависимостями с помощью пакетных менеджеров
- Настраивать и инкапсулировать программные окружения
- Собирать, настраивать и работать с виртуальными машинами
- Использовать системы версионирования исходного кода
- Работать с готовыми биоинформатическими пайплайнами
Содержание учебной дисциплины
- Unix система
- Языки программирования и версионирование
- Управление зависимостями
- Виртуальные машины и контейнеры
- Биоинформатические пайплайны
Промежуточная аттестация
- 2023/2024 учебный год 2 модуль0.5 * Домашняя работа №1 + 0.5 * Домашняя работа №2
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Bass, L., Weber, I. M., & Zhu, L. (2015). DevOps : A Software Architect’s Perspective. Old Tappan, NJ: Addison-Wesley Professional. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1601433
Рекомендуемая дополнительная литература
- Python и DevOps : ключ к автоматизации Linex, , 2022