Магистратура
2022/2023
Научно-исследовательский семинар "Исследование медико-биологических данных"
Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»
Статус:
Курс обязательный (Вычислительная биология и биоинформатика)
Направление:
01.04.02. Прикладная математика и информатика
Кто читает:
Департамент информатики
Когда читается:
2-й курс, 1, 2 модуль
Формат изучения:
без онлайн-курса
Охват аудитории:
для своего кампуса
Прогр. обучения:
Вычислительная биология и биоинформатика
Язык:
русский
Кредиты:
3
Контактные часы:
20
Программа дисциплины
Аннотация
Является обязательной дисциплиной. Дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Целями освоения дисциплины являются: - развитие навыков работы с медико-биологическими данными; - знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; - развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; - развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов. Настоящая дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Основные положения дисциплины должны быть использованы в дальнейшем при изучении любых дисциплин, связанных с научно-исследовательской деятельностью студентов, а так же при подготовке ВКР. Дисциплина включает в себя следующие разделы: виды и канонические форматы представления медико-биологических данных; способы систематизации и оценки медико-биологических данных; технологические вопросы цифровой обработки медико-биологических данных.
Цель освоения дисциплины
- Целями освоения дисциплины являются развитие навыков работы с медико-биологическими данными; знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов.
Планируемые результаты обучения
- Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
- Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
- Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
- Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
- Познакомить с публикациями по данной тематике
- Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
- Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики
Содержание учебной дисциплины
- Основные принципы молекулярной эволюции
- Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
- Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
- Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
- Современная литература по вычислительной филогенетике
- Разбор статей и доклады студентов
Элементы контроля
- Контрольная работа №1
- ДокладСтуденты выступают с докладом по отдельным статьям по теме исследования
- Контрольная работа №2
Промежуточная аттестация
- 2021/2022 учебный год 4 модуль0.3 * Контрольная работа №1 + 0.7 * Доклад
- 2022/2023 учебный год 2 модуль0.4 * Контрольная работа №2 + 0.6 * 2021/2022 учебный год 4 модуль
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Сандырева, Т., Герасимова, Н., Лопатухин, А., Киреев, Д., Куевда, Д., Шипулин, Г., & Подымова, А. (2014). Филогенетический Анализ В Эпидемиологических Расследованиях Случаев Вич-Инфекции. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.EBE1BC3C
Рекомендуемая дополнительная литература
- Felsenstein, J. (1997). An Alternating Least Squares Approach to Inferring Phylogenies from Pairwise Distances. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.C063E807
- Felsenstein, J. (2001). Taking variation of evolutionary rates between sites into account in inferring phylogenies. Journal Of Molecular Evolution, 53(4–5), 447–455. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=mdc&AN=11675604