• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Магистратура 2022/2023

Научно-исследовательский семинар "Исследование медико-биологических данных"

Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»
Направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика
Когда читается: 2-й курс, 1, 2 модуль
Формат изучения: без онлайн-курса
Охват аудитории: для своего кампуса
Прогр. обучения: Вычислительная биология и биоинформатика
Язык: русский
Кредиты: 3
Контактные часы: 20

Программа дисциплины

Аннотация

Является обязательной дисциплиной. Дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Целями освоения дисциплины являются: - развитие навыков работы с медико-биологическими данными; - знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; - развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; - развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов. Настоящая дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Основные положения дисциплины должны быть использованы в дальнейшем при изучении любых дисциплин, связанных с научно-исследовательской деятельностью студентов, а так же при подготовке ВКР. Дисциплина включает в себя следующие разделы: виды и канонические форматы представления медико-биологических данных; способы систематизации и оценки медико-биологических данных; технологические вопросы цифровой обработки медико-биологических данных.
Цель освоения дисциплины

Цель освоения дисциплины

  • Целями освоения дисциплины являются развитие навыков работы с медико-биологическими данными; знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов.
Планируемые результаты обучения

Планируемые результаты обучения

  • Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
  • Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
  • Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
  • Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
  • Познакомить с публикациями по данной тематике
  • Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
  • Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики
Содержание учебной дисциплины

Содержание учебной дисциплины

  • Основные принципы молекулярной эволюции
  • Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
  • Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
  • Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
  • Современная литература по вычислительной филогенетике
  • Разбор статей и доклады студентов
Элементы контроля

Элементы контроля

  • неблокирующий Контрольная работа №1
  • неблокирующий Доклад
    Студенты выступают с докладом по отдельным статьям по теме исследования
  • неблокирующий Контрольная работа №2
Промежуточная аттестация

Промежуточная аттестация

  • 2021/2022 учебный год 4 модуль
    0.3 * Контрольная работа №1 + 0.7 * Доклад
  • 2022/2023 учебный год 2 модуль
    0.4 * Контрольная работа №2 + 0.6 * 2021/2022 учебный год 4 модуль
Список литературы

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

  • Сандырева, Т., Герасимова, Н., Лопатухин, А., Киреев, Д., Куевда, Д., Шипулин, Г., & Подымова, А. (2014). Филогенетический Анализ В Эпидемиологических Расследованиях Случаев Вич-Инфекции. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.EBE1BC3C

Рекомендуемая дополнительная литература

  • Felsenstein, J. (1997). An Alternating Least Squares Approach to Inferring Phylogenies from Pairwise Distances. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.C063E807
  • Felsenstein, J. (2001). Taking variation of evolutionary rates between sites into account in inferring phylogenies. Journal Of Molecular Evolution, 53(4–5), 447–455. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=mdc&AN=11675604

Авторы

  • Спицина Кристина Станиславовна
  • Кузнецов Антон Михайлович