Применение сверточных нейронных сетей к распознаванию геномных последовательностей

Эволюция сферы технологий обработки, хранения и анализа Больших Данных существенно изменила подход к работе с данными в корпоративной и научной среде. Биология и, в частности, такая область, как исследования генома, не являются исключениями. Снижение затрат и упрощение методов секвенирования генома привело к значительному росту исследований в области биоинорматики. В данной работе исследуется механизм ретротранспозиции. Эксперименты затрагивают данные последовательностей 3’ концов матричных РНК, процессированных псевдогенов, транспозонов и динуклеотидно перемешанных последовательностей в качестве контроля. Так же, в данном исследовании произведено сравнение различных архитектур сверточных нейронных сетей. Полученные результаты свидетельствуют о значительной точности построенных моделей и подтверждают основную гипотезу исследования о связи механизмов ретротраспозиции и псевдогенизации. Методы, разработанные в данном исследовании, применимы к различным типам геномных данных, возможности их дальнейшего использования для целей персонализированной медицины приведены в обсуждении.