• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Владение языками
французский
английский
Контакты
Телефон:
+7 (495) 531-00-00
27335
Адрес: АУК "Покровский бульвар", Покровский б-р, д. 11, каб. T907
Время работы: 8:30-17:00
ДНК Пунктуация
Расписание
SPIN РИНЦ: 1361-1087
ORCID: 0000-0002-7198-8234
ResearcherID: G-6985-2014
Scopus AuthorID: 16177766600
Google Scholar
Руководители
Подольский В. В.
Аржанцев И. В.
Версия для печати

 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.

Попцова Мария Сергеевна

  • Начала работать в НИУ ВШЭ в 2016 году.
  • Научно-педагогический стаж: 13 лет.

Полномочия / обязанности

  • Разработка стратегии развития лаборатории
  • Руководство научным семинаром лаборатории
  • Выполнение исследований по тематике лаборатории
  • Консультация стажёров-исследователей

Образование, учёные степени

  • 2004
    Кандидат физико-математических наук: МГУ имени М.В. Ломоносова, специальность 01.00.00 «Физико-математические науки» и 03.01.02 «Биофизика», тема диссертации: Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах
  • 1995

    Специалитет: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, специальность «Физика», квалификация «физик»

Дополнительное образование / Повышение квалификации / Стажировки

1993 Амстердамский университет, Нидерланды

2005-2009 Коннектикутский университет, США

2010-2011 Корнельский университет, США

 

Достижения и поощрения

  • Благодарность Факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ (сентябрь 2019)
  • Благодарность проректора НИУ ВШЭ (май 2019)
  • Лучший преподаватель – 2021
  • Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2021-2022, 2020-2022, 2017-2019)

Научный руководитель диссертационных исследований

на соискание учёной степени кандидата наук
  • 1
    Федоров А. Н. Методы машинного обучения для анализа формирования Z-РНК (aспирантура: 1-й год обучения)
  • 2
    Бекназаров Н. С. Методы распознавания Z-DNA при помощи подходов машинного обучения и интерпретация полученных моделей (aспирантура: 1-й год обучения)
  • 3
    Латышев П. В. Система распознавания G-квадруплексов методами глубинного обучения (aспирантура: 1-й год обучения)
  • 4
    Овсянникова А. А. Методы глубокого обучения для определения регуляторных свойств Z-ДНК (aспирантура: 2-й год обучения)
  • 5
    Теванян Э. А. Роль вторичных структур ДНК в реорганизации хроматина (aспирантура: 2-й год обучения)
  • 6
    Джин С. Распознавание вторичных структур ДНК с помощью механизма внимания (aспирантура: 3-й год обучения)

Учебные курсы (2021/2022 уч. год)

Учебные курсы (2020/2021 уч. год)

Учебные курсы (2019/2020 уч. год)

Учебные курсы (2018/2019 уч. год)

Проекты

ДНК Пунктуация

Вскоре после открытия Уотсоном и Криком канонической правозакрученной формы двойной спирали ДНК, так называемой B-формы, было показано, что другие ДНК-конформации и вторичные структуры, такие как крестообразные структуры, квадруплексы, триплексы, А-форма и Z-форма ДНК, могут образовываться как in vivo, так и in vitro. В настоящее время известно, что вторичные структуры ДНК и РНК играют важную роль в самых разных процессах функционирования генома, включая транскрипцию, трансляцию и организацию хроматина. Несмотря на множество доступных экспериментальных данных, по которым строится аннотация генома различными геномными элементами, высокопоточные экспериментальные установки, позволяющие обнаруживать вторичные структуры ДНК или РНК и определять их функциональную роль, еще не существуют. Тем не менее, аннотация геномов компьютерными методами свидетельствует о том, что ДНК обладает огромным потенциалом образовывать вторичные структуры, а экспериментальные данные по отдельным конкретным структурам ДНК указывают на их регуляторную роль.

     Целью научного исследования группы «ДНК-пунктуация» является поиск характерных систем взаимосвязанного расположения вторичных структур ДНК (РНК) и экспериментально подтвержденных функциональных элементов генома, а также последующая аннотация генома обнаруженными вторичными структурами ДНК (РНК) со статистически значимой ассоциацией. Поскольку регуляторная роль вторичных структур ДНК (РНК) была показана для практически всех процессов в геноме, включая ключевые, такие как транскрипция, трансляция, сплайсинг, транспозиция, организация хроматина, в рамках годового проекта научной группы мы выделили два основных направления поиска ассоциаций структур ДНК (РНК): играющих роль в организации хроматина и в регуляции сплайсинга. Известно, что организация хроматина, в частности, какой участок ДНК-кода будет активным в разных типах тканей, определяется эпигенетическим кодом и трехмерной организацией хроматина. В настоящее время разработаны высокопоточные системы секвенирования, позволяющие определять положение эпигенетических маркеров, трехмерную организацию хроматина и активные транскрибируемые участки генома. Для реализации поставленных в рамках настоящего проекта задач планируется использование данных проекта The Roadmap Epigenomics, данные методов определения трехмерной архитектуры генома Hi-C and 3C, а также данные RNA-Seq. Общий объем планируемых данных для анализа составляет более 5 000 полногеномных картирований размером более 15 ТB, что, в дополнение к биоинформатическому анализу, требует разработки методов эффективного хранения, перекачки, обработки и компьютерного моделирования.

Публикации28

Участие в редколлегиях научных журналов

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «Bioinformatics».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «BMC Bioinformatics».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «Nucleic Acids Research».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «PLoS Computational Biology».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «PLoS ONE».

Опыт работы

09/16-09/17 ,

доцент

факультет бизнеса и менеджмента, Высшая Школа Экономики

 

 

10/12-н вр,

Старший научный сотрудник

кафедра биофизики физического факультета МГУ

 

 

01/10-05/11

Научный сотрудник

Факультет Патологии и Лабораторной Медицины, Институт Вычислительной Биомедицины, Медицинский колледж Уэйлла-Корнелла, Корнелльский университет (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Institute for Computational Biomedicine, Weill Cornell Medical College)

 

Краткая информация: работала в лаборатории, занимающейся исследованиями рака простаты. Разработала алгоритм и написала программу по вычислению степени влияния CNVs на биологические пути (в процессе публикации). Занималась анализом данных технологий секвенирования второго поколения с целью найти эндогенные причины разрыва генома при агрессивных формах опухоли.

 

4/09-12/09, 2/05-1/08

Научный сотрудник

Факультет молекулярной и клеточной биологии, Коннектикутский университет (Molecular and Cell Biology Department, University of Connecticut)

 

Краткая информация: работала по гранту НАСА в рамках программы Applied Information Systems Research (AISR) program (http://aisrp.nasa.gov/ ). Участвовала в разработке алгоритмов по обработке больших массивов данных (в применении к биологическим системам) и реализации данных алгоритмов методом параллельных вычислений на кластерных системах (параллельных суперкомпьютерах) на основе Unix.

 

1997 – 2002

основатель и совладелец

Janussys, Ltd. (www.janussys.ru)

Компьютерно-лингвистическая компания по разработке программного обеспечения

 

Краткая информация: компания, работающая в области математической лингвистики, в частности, занимающаяся разработкой алгоритмов машинного перевода и созданием многоязычных словарей. Издатель мультимедийного англо-русского иллюстрированного словаря «Янус» (2002). В настоящее время ведет поиск инвесторов в проект создания системы машинного перевода нового поколения.

 


Информация*

  • Общий стаж: 9 лет
  • Научно-педагогический стаж: 13 лет
Данные выводятся в соответствии с требованиями приказа N 831 от 14 августа 2020 г. Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки

Расписание занятий на сегодня

Полное расписание

Как прошла «Айти-суббота Вышки» в КЦ ЗИЛ

Завершающим мероприятием Дней компьютерных наук стал лекторий «Айти-суббота Вышки» в Культурном Центре ЗИЛ, который прошел 16 апреля.

Интервью с Марией Попцовой, руководителем проекта «Искусственный интеллект в биоинформатике»

В Центре искусственного интеллекта ВШЭ ведется работа по 25 направлениям. Группы ученых участвуют в конференциях и семинарах, пишут статьи, проводят воркшопы. Делать выводы и подводить итоги ещё рано, поэтому о промежуточных этапах и планах можно узнать из интервью с руководителями проектов.  

Российский конгресс по клинической фармакогеномике, Москва, 4-5 февраля 2022

Международная лаборатория биоинформатики приняла участие в Российском конгрессе по клинической фармакогеномике в Москве 4-5 февраля 2022

Мария Попцова выступила на Конференции Сбера AI Community 28.01.2022

Конференция AI Community состоялась в онлайн формате, на которой выступали ведущие международные и российские эксперты в области ИИ, представителей бизнеса.

«Я считаю, что правильно получать знания в разных вузах»

Студент магистратуры «Анализ данных в биологии и медицине» Марк Гарницкий по программе мобильности уехал на год в Гентский университет в Бельгии. Мы попросили рассказать Марка о его пути на ФКН, участии в академической мобильности и социальной жизни во время пандемии.

В Вышке стартовал Международный научный форум FIT-M 2021

Высокопроизводительные вычисления и большие данные, искусственный интеллект и нейросети, компьютерные симуляции, цифровые двойники и цифровые тени, виртуальная и дополненная реальность, интернет вещей, блокчейн и кибербезопасность — по таким трекам проходит работа Международного научного форума FIT-M 2021, организованного МИЭМ ВШЭ. В рамках его пленарных заседаний, сессий, реакторов, хакатонов поднимаются вопросы взаимодействия науки, образования, промышленности и бизнеса.

I Международный форум геномных и биомедицинских технологий «От рождения до активного долголетия» состоялся 2-3 декабря 2021г.

2 декабря 2021 г. в Сургутском госуниверситете при участии губернатора Югры Натальи Комаровой, директора окружного департамента образования и молодежной политики Алексея Дренина торжественно открылся I Международный форум геномных и биомедицинских технологий «От рождения до активного долголетия». Его организаторы – правительство округа, Фонд развития Югры, Сургутский госуниверситет.

Спикеры ФКН выступили на конференции AI Journey 2021

AI Journey — это международная онлайн-конференция по искусственному интеллекту и анализу данных, организатором которой является Сбер. В этом году она прошла 10-12 ноября. Общее количество просмотров конференции на текущий момент уже превысило 50 миллионов.

Выпуск 2021: часть 3

В 2021 году факультет выпустил более 400 человек. При этом выпускники бакалавриата получили 29 красных дипломов, а выпускники магистратуры — 62. В этот раз мы поговорили с выпускниками многочисленных магистратур ФКН.

Первое мероприятие консорциума «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний»

В начале сентября в НИУ ВШЭ состоялось первое мероприятие консорциума «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний» — междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2021», который ознаменовал начало работы консорциума после подписания соглашения о научном сотрудничестве между организациями, входящими в состав консорциума. В форуме приняли участие руководители и представители научных центров и институтов Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Архангельска, Тюмени и Сургута.

В НИУ ВШЭ начал свою работу консорциум по генетике сердечно-сосудистых заболеваний

В НИУ ВШЭ презентовали первый в России консорциум «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний»  на междисциплинарном форуме «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2021».  Цель консорциума — собрать централизованный и полный каталог геномных мутаций населения России.

Прошла летняя школа по машинному обучению в биоинформатике

На факультете компьютерных наук НИУ ВШЭ завершилась вторая летняя школа по машинному обучению в биоинформатике, которая проходила 23-27 августа. В этом году школа собрала 533 участника из 53 стран.

Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (Moscow Conference on Computational Molecular Biology) 30 июля - 02 августа 2021

Международная лаборатория биоинформатики приняла участие и выступила соорганизатором Московской конференции по вычислительной молекулярной биологии (Moscow Conference on Computational Molecular Biology) 30 июля - 02 августа 2021 в Сколтех

Мария Попцова — заведующая Международной лабораторией биоинформатики факультета компьютерных наук ВШЭ в интервью Forbes Woman об управлении геномом: как биоинформатика помогает лечить тяжелые болезни и даже коронавирус Forbes

В интервью Forbes Woman Мария Попцова рассказала, как биоинформатика помогает лечить тяжелые болезни, включая коронавирус, и открывает перспективы продления жизни, кто в России финансирует подобные проекты и почему в отрасли актуальна проблема «утечки мозгов» за рубеж

Конференция ABZ 2021: структура, функции и генетика Z-ДНК и Z-РНК

19 мая 2021 года на факультете компьютерных наук прошла онлайн-конференция ABZ2021. В ней приняли участие более 200 ученых из 24 стран, в том числе генетики, молекулярные биологи, химики, биохимики, иммунологи, специалисты по структурной и клеточной биологии, а также специалисты в области машинного обучения.

The HSE Look April Issue

The second issue of 2021 presents interviews about knowledge production and exchange from various angles.

На факультете компьютерных наук открылась международная лаборатория биоинформатики

25 января на факультете компьютерных наук открылась международная лаборатория биоинформатики. Главная научная цель лаборатории – определение роли альтернативных структур ДНК в функционировании генома.

IV Российская зимняя Школа молодых учёных по фармакогенетике, фармакогеномике и персонализированной терапии, 16-18 февраля 2021г.

Круглый стол «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний»

02 февраля 2021 г. состоялся Круглый стол «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний» в формате онлайн, посвященный генетике сердечно-сосудистых заболеваний, формированию консорциума по данному научно-исследовательскому направлению, подготовке к подписанию  соглашения о научном сотрудничестве.

Мария Попцова выступила на конференции AI Journey 2020

Мария Попцова, заведующая лабораторией биоинформатики и доцент департамента больших данных и информационного поиска, выступила на конференции по искусственному интеллекту AI Journey 2020 с презентацией “Методы глубинного обучения в геномике”. 

Нейросети помогут исследовать ДНК

Ученые ВШЭ предложили способ повысить точность поиска Z-ДНК – участков молекулы, скрученных не вправо, а влево. Для этого они использовали нейросети и набор данных из более чем 30 тысяч экспериментов, сделанных разными лабораториями по всему миру. Подробности исследования опубликованы в журнале Scientific Reports.

Подведены итоги конкурса проектов по созданию в НИУ ВШЭ международных лабораторий

Конкурс проектов «Создание международных лабораторий Национального исследовательского университета «Высшая школа экономики» на период с 01.01.2021 по 31.12.2023» проводился с 15 июня 2020 г. по 15 декабря 2020 г.

Экономика и данные: возможности для здравоохранения

Факультет экономических наук НИУ ВШЭ представляет серию вебинаров по экономике и данным здравоохранения

ФКН провел первую международную школу по машинному обучению в биоинформатике

Научно-учебная лаборатория биоинформатики организовала первую международную школу по биоинформатике. Школа прошла 24-28 августа 2020 года в онлайн-формате.

Эфиры программы "Физики и лирики" радиостанции "Маяк"

Заведующая лабораторией Мария Попцова - гость радиостанции "Маяк"

Урбанистика и нейросети: о чем рассказала Вышка на Geek Picnic-2020

Главный российский фестиваль любителей науки и технологий Geek Picnic впервые прошел в онлайн формате. Лекции от экспертов, мастер-классы, конкурсы и общение с единомышленниками – все, за что мероприятие любят поклонники, вошло в программу. Вышка в очередной раз выступила контент-партнером фестиваля.

Подведены итоги конкурса проектных групп

Проектная группа – это инициативное объединение работников и/или учащихся от пяти человек и более постоянного состава для выполнения какой-либо проектной задачи с достижением значимого и понятного результата. Было подано 16 заявок на создание проектных групп работников, они были рассмотрены научной комиссией ФКН. Комиссия по поддержке образовательных инициатив рассмотрела 6 заявок от студентов.

Урбанистика и нейросети: о чем рассказала Вышка на Geek Picnic-2020

Главный российский фестиваль любителей науки и технологий Geek Picnic впервые прошел в онлайн формате. Лекции от экспертов, мастер-классы, конкурсы и общение с единомышленниками - все, за что мероприятие любят поклонники, вошло в программу. Вышка в очередной раз выступила контент-партнером фестиваля.

GEEK PICNIC 2020

Заведующая лабораторией Мария Попцова выступила на Geek Picnic 2020

Online День открытых дверей магистратуры [Видео]

11 апреля на факультете компьютерных наук состоялся первый день открытых дверей в новом формате.

Третья Российская зимняя Школа молодых ученых и врачей по фармакогенетике и персонализированной терапии

Заведующая лабораторией Мария Попцова - участник и модератор круглого стола в рамках Зимней школы молодых ученых и врачей по фармакогенетике и персонализированной терапии

Зимняя школа 2020

Заведующая лабораторией Мария Попцова выступила на Зимней школе по компьютерным наукам для поступающих в магистратуру

Международный Конгресс «Генетика и Сердце»

Заведующая лабораторией Мария Попцова - сопреседатель конгресса

Зимняя школа 2020

С 7 по 10 февраля в Учебном центре Вороново состоялась Зимняя школа по компьютерным наукам для поступающих в магистратуру. В этом году было подано 123 заявки от студентов из различных регионов России и стран ближнего зарубежья. Из них отобрали и пригласили в Москву 45 лучших студентов.

Университетские субботы в Вышке

Заведующая лабораторией Мария Попцова - лектор на Университетских субботах

Круглый стол «Пилотные проекты для исследования генетики сердечно-сосудистых заболеваний»

Научно-учебная лаборатория биоинформатики факультета компьютерных наук совместно с ГБОУ ДПО Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования Минздрава РФ стала организатором круглого стола «Пилотные проекты для исследования генетики сердечно-сосудистых заболеваний».

Семинар "Заболевания миокарда преимущественно наследственного происхождения"

Заведующая лабораторией Мария Попцова - участник семинара

Школа-конференция "Информационные технологии и системы" 2019

Сотрудники лаборатории - участники конференции

Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии 2019 (Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)) 

Сотрудники лаборатории - участники конференции

DNA Secondary Structures Lead to Gene Mutations that Increase the Risk of Cancer

Сancer Сells Will Become Vulnerable

Вторичные структуры ДНК приводят к генным мутациям, повышающим риск развития рака

Международная школа НИУ ВШЭ и AlmaU для студентов и выпускников – 2019

С 22 по 26 апреля в Алматы Менеджмент Университете прошла первая международная междисциплинарная школа НИУ ВШЭ и AlmaU для студентов и выпускников.

Завершилась международная конференция Modeling and Analysis of Complex Systems and Processes (MACSPro'2019)

С 21 по 23 марта в Вене прошла международная конференция Modeling and Analysis of Complex Systems and Processes (MACSPro'2019), организованная компанией ExactPro и лабораториями МУСС и ПОИС. В конференции приняли участие ведущие специалисты в области тестирования и прогнозирования сложных систем и процессов из Испании, России, Нидерландов, Грузии и других стран.

Состоялась школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”

С 7 по 10 марта в учебном центре Вороново прошла межвузовская студенческая научная школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”, организатором которой стал факультет компьютерных наук.

ИТ-девичник "Worldwide Conversation on Women’s Higher Education and Equality in the Workplace"

26 ноября на Факультете компьютерных наук уже в пятый раз прошел ИТ-девичник. В этом году мероприятие было организовано в рамках кампании "Worldwide Conversation on Women’s Higher Education and Equality in the Workplace", приуроченной к 150-летней годовщине введения в Лондонском университете (UoL) специальных экзаменов для женщин. Тогда, впервые в истории Великобритании, девять женщин сдали экзамены и получили степень бакалавра. Вышка уже более двадцати лет тесно сотрудничает с Лондонской Школой Экономики, одним из колледжей Лондонского университета, реализуя совместные программы в Международном институте экономики и финансов. В этом году и на ФКН состоялся первый набор на бакалаврскую программу двух дипломов НИУ ВШЭ и UoL "Прикладной анализ данных".

Подведены итоги конкурса научно-учебных лабораторий

В этом году в Вышке поддержано создание 10 новых научно-учебных лабораторий (НУЛ) по самым разным направлениям, начиная от когнитивной психологии и компьютерного моделирования до международного правосудия и экономики спорта.

“Для человека он сам - первоочередный интерес”: беседа о биоинформатике

Как будет развиваться российская биоинформатика в ближайшие 5 лет, что нужно ученому для открытия и почему без машинного обучения невозможно развитие современной геномики - об этом и многом другом рассказала биоинформатик и биофизик Мария Попцова.

Результаты конкурса Научного фонда ВШЭ

Опубликованы итоги ​Конкурса​ индивидуальных исследовательских проектов и Конкурса​ на создание научно-учебных групп.