• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Владение языками
французский
английский
Контакты
Телефон:
+7(495) 772-9590
11020
Факс:
+7(917) 518-7539
Электронная почта:
Адрес: Кочновский пр., д. 3, каб. 612
Время присутствия: 10:00-18:00
ДНК Пунктуация
Расписание
Резюме (PDF, 243 Кб)
SPIN РИНЦ: 1361-1087
ORCID: 0000-0002-7198-8234
ResearcherID: G-6985-2014
Scopus AuthorID: 16177766600
Google Scholar
Руководитель
Подольский В. В.
Помощник
Жеребцова К. В.
Версия для печати

 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.

Попцова Мария Сергеевна

  • Начала работать в НИУ ВШЭ в 2016 году.
  • Научно-педагогический стаж: 12 лет.

Полномочия / обязанности

  • Разработка стратегии развития лаборатории
  • Руководство научным семинаром лаборатории
  • Выполнение исследований по тематике лаборатории
  • Консультация стажёров-исследователей

Образование, учёные степени

  • 2004
    Кандидат физико-математических наук: МГУ имени М.В. Ломоносова, специальность 01.00.00 «Физико-математические науки» и 03.01.02 «Биофизика», тема диссертации: Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах
  • 1995

    Специалитет: Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, специальность «Физика»

Дополнительное образование / Повышение квалификации / Стажировки

1993 Амстердамский университет, Нидерланды

2005-2009 Коннектикутский университет, США

2010-2011 Корнельский университет, США

 

Выпускные квалификационные работы студентов

Полный список ВКР

Научный руководитель диссертационных исследований

на соискание учёной степени кандидата наук
  • 1
    Теванян Э. А. Модели машинного обучения для распознавания паттернов нуклеосом и вторичных структур ДНК (aспирантура: 1-й год обучения)
  • 2
    Заикин А. В. Распознавание вторичных структур РНК в ретротранспозонах (aспирантура: 1-й год обучения)

Учебные курсы (2018/2019 уч. год)

Проекты

ДНК Пунктуация

Вскоре после открытия Уотсоном и Криком канонической правозакрученной формы двойной спирали ДНК, так называемой B-формы, было показано, что другие ДНК-конформации и вторичные структуры, такие как крестообразные структуры, квадруплексы, триплексы, А-форма и Z-форма ДНК, могут образовываться как in vivo, так и in vitro. В настоящее время известно, что вторичные структуры ДНК и РНК играют важную роль в самых разных процессах функционирования генома, включая транскрипцию, трансляцию и организацию хроматина. Несмотря на множество доступных экспериментальных данных, по которым строится аннотация генома различными геномными элементами, высокопоточные экспериментальные установки, позволяющие обнаруживать вторичные структуры ДНК или РНК и определять их функциональную роль, еще не существуют. Тем не менее, аннотация геномов компьютерными методами свидетельствует о том, что ДНК обладает огромным потенциалом образовывать вторичные структуры, а экспериментальные данные по отдельным конкретным структурам ДНК указывают на их регуляторную роль.

     Целью научного исследования группы «ДНК-пунктуация» является поиск характерных систем взаимосвязанного расположения вторичных структур ДНК (РНК) и экспериментально подтвержденных функциональных элементов генома, а также последующая аннотация генома обнаруженными вторичными структурами ДНК (РНК) со статистически значимой ассоциацией. Поскольку регуляторная роль вторичных структур ДНК (РНК) была показана для практически всех процессов в геноме, включая ключевые, такие как транскрипция, трансляция, сплайсинг, транспозиция, организация хроматина, в рамках годового проекта научной группы мы выделили два основных направления поиска ассоциаций структур ДНК (РНК): играющих роль в организации хроматина и в регуляции сплайсинга. Известно, что организация хроматина, в частности, какой участок ДНК-кода будет активным в разных типах тканей, определяется эпигенетическим кодом и трехмерной организацией хроматина. В настоящее время разработаны высокопоточные системы секвенирования, позволяющие определять положение эпигенетических маркеров, трехмерную организацию хроматина и активные транскрибируемые участки генома. Для реализации поставленных в рамках настоящего проекта задач планируется использование данных проекта The Roadmap Epigenomics, данные методов определения трехмерной архитектуры генома Hi-C and 3C, а также данные RNA-Seq. Общий объем планируемых данных для анализа составляет более 5 000 полногеномных картирований размером более 15 ТB, что, в дополнение к биоинформатическому анализу, требует разработки методов эффективного хранения, перекачки, обработки и компьютерного моделирования.

Публикации13

Участие в редколлегиях научных журналов

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «Bioinformatics».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «BMC Bioinformatics».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «Nucleic Acids Research».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «PLoS Computational Biology».

  • С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «PLoS ONE».


Опыт работы

09/16-09/17 ,

доцент

факультет бизнеса и менеджмента, Высшая Школа Экономики

 

 

10/12-н вр,

Старший научный сотрудник

кафедра биофизики физического факультета МГУ

 

 

01/10-05/11

Научный сотрудник

Факультет Патологии и Лабораторной Медицины, Институт Вычислительной Биомедицины, Медицинский колледж Уэйлла-Корнелла, Корнелльский университет (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Institute for Computational Biomedicine, Weill Cornell Medical College)

 

Краткая информация: работала в лаборатории, занимающейся исследованиями рака простаты. Разработала алгоритм и написала программу по вычислению степени влияния CNVs на биологические пути (в процессе публикации). Занималась анализом данных технологий секвенирования второго поколения с целью найти эндогенные причины разрыва генома при агрессивных формах опухоли.

 

4/09-12/09, 2/05-1/08

Научный сотрудник

Факультет молекулярной и клеточной биологии, Коннектикутский университет (Molecular and Cell Biology Department, University of Connecticut)

 

Краткая информация: работала по гранту НАСА в рамках программы Applied Information Systems Research (AISR) program (http://aisrp.nasa.gov/ ). Участвовала в разработке алгоритмов по обработке больших массивов данных (в применении к биологическим системам) и реализации данных алгоритмов методом параллельных вычислений на кластерных системах (параллельных суперкомпьютерах) на основе Unix.

 

1997 – 2002

основатель и совладелец

Janussys, Ltd. (www.janussys.ru)

Компьютерно-лингвистическая компания по разработке программного обеспечения

 

Краткая информация: компания, работающая в области математической лингвистики, в частности, занимающаяся разработкой алгоритмов машинного перевода и созданием многоязычных словарей. Издатель мультимедийного англо-русского иллюстрированного словаря «Янус» (2002). В настоящее время ведет поиск инвесторов в проект создания системы машинного перевода нового поколения.

 

Расписание занятий на сегодня

Полное расписание

Искусственное – часть естественного (передача в цикле "На грани безумия", Общественное телевидение России)

Противостояние естественного и искусственного есть и в природе, и в обществе. Так, например, искусственное почти вытеснило естественное в период химизации - благородные материалы в массовом порядке заменялись дешевыми пластмассами. Чем закончилась эта попытка? Что стало предпосылкой для противостояния мира естественного с миром искусственного? Когда это началось? И к чему в итоге привело? На эти и другие вопросы отвечают наши гости: Мария Попцова – кандидат физико-математических наук, научный сотрудник кафедры биофизики физического факультета МГУ, Акоп Назаретян - доктор философских наук, кандидат психологических наук, профессор.
https://otr-online.ru/programmi/bolshaya-nauka-na/iskusstvennoe-chast-estestvennogo-51335.html

Как клетка чинит ДНК (передача в цикле "Великое в малом", телеканал Общественное телевидение России)

Хранительница наследственной информации - ДНК - это очень хрупкая молекула. Она уязвима для солнечного света, радиации, огромного числа веществ в нашей пище и даже продуктов жизнедеятельности самой клетки. Трудно представить, каким бы стал наш мир, если бы в каждой клетке специальные белки не "патрулировали" наследственный материал в поисках повреждений, защищая его от появления мутаций. Что такое геном? Зачем он нужен и что делает в клетке? Как работают клеточные системы ремонта ДНК? Что мы научились делать в направлении редактирования? На эти и другие вопросы отвечают наши гости: Мария Попцова - научный сотрудник факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломономова, Андреян Осипов – профессор, доктор биологических наук, заведующий отделом экспериментальной радиобиологии и радиационной медицины ФГБУ, Федеральный медицинский биофизический центр имени А.И. Бурназяна ФМБА.
https://otr-online.ru/programmi/bolshaya-nauka-velikoe/kak-kletka-chinit-50430.html

В России можно дерзать для души

Биофизик Мария Попцова рассказала Светлане Суховой о различиях западной и российской университетской науки
http://www.kommersant.ru/doc/2739037

КоммерсантЪ

Синтетическая жизнь (передача в цикле "На грани безумия", Общественное телевидение России)

Человек не один век старался разгадать тайну клетки, чтобы приблизиться к пониманию сложнейшего устройства мира и получить возможность корректировать заложенные природой "ошибки" и "сбои". Какие возможности несут в себе микробиология и новейшие биотехнологии? И стоит ли менять природу, разбирая ее на составные части? ГОСТИ: Мария Попцова, кандидат физико-математических наук. Андрей Летаров, доктор биологических наук.
http://www.otr-online.ru/programmi/bolshaya-nauka-na-1673/sinteticheskaya-zhizn-38957.html

Биоинформатика: генетический портрет (передача в цикле "Великое в малом", телеканал Общественное телевидение России)

Именно благодаря биоинформатике каждому из нас сегодня доступен собственный… генетический портрет. Это некое математическое предсказание нашего прошлого и будущего. О становлении этой науки рассказывает доктор физико-математических наук, старший научный сотрудник Института молекулярной биологии им. Энгельгардта, Юрий НЕЧИПОРЕНКО. А сложности "чтения" книги ДНК раскрывает научный сотрудник кафедры биофизики физического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова Мария ПОПЦОВА.
http://www.otr-online.ru/programmi/bolshaya-nauka-velikoe-1670/bioinformatika-geneticheskii-portret-7472.html

Состоялась школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”

С 7 по 10 марта в учебном центре Вороново прошла межвузовская студенческая научная школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”, организатором которой стал факультет компьютерных наук.

ИТ-девичник "Worldwide Conversation on Women’s Higher Education and Equality in the Workplace"

26 ноября на Факультете компьютерных наук уже в пятый раз прошел ИТ-девичник. В этом году мероприятие было организовано в рамках кампании "Worldwide Conversation on Women’s Higher Education and Equality in the Workplace", приуроченной к 150-летней годовщине введения в Лондонском университете (UoL) специальных экзаменов для женщин. Тогда, впервые в истории Великобритании, девять женщин сдали экзамены и получили степень бакалавра. Вышка уже более двадцати лет тесно сотрудничает с Лондонской Школой Экономики, одним из колледжей Лондонского университета, реализуя совместные программы в Международном институте экономики и финансов. В этом году и на ФКН состоялся первый набор на бакалаврскую программу двух дипломов НИУ ВШЭ и UoL "Прикладной анализ данных".

Подведены итоги конкурса научно-учебных лабораторий

В этом году в Вышке поддержано создание 10 новых научно-учебных лабораторий (НУЛ) по самым разным направлениям, начиная от когнитивной психологии и компьютерного моделирования до международного правосудия и экономики спорта.

“Для человека он сам - первоочередный интерес”: беседа о биоинформатике

Как будет развиваться российская биоинформатика в ближайшие 5 лет, что нужно ученому для открытия и почему без машинного обучения невозможно развитие современной геномики - об этом и многом другом рассказала биоинформатик и биофизик Мария Попцова.

Результаты конкурса Научного фонда ВШЭ

Опубликованы итоги ​Конкурса​ индивидуальных исследовательских проектов и Конкурса​ на создание научно-учебных групп.