Попцова Мария Сергеевна
- Заведующий лабораторией:Факультет компьютерных наук / Департамент больших данных и информационного поиска / Международная лаборатория биоинформатики
- Доцент:Факультет компьютерных наук / Департамент больших данных и информационного поиска
- Академический руководитель образовательной программы:Анализ данных в биологии и медицине
- Начала работать в НИУ ВШЭ в 2016 году.
- Научно-педагогический стаж: 14 лет.
Полномочия / обязанности
- Разработка стратегии развития лаборатории
- Руководство научным семинаром лаборатории
- Выполнение исследований по тематике лаборатории
- Консультация стажёров-исследователей
Образование, учёные степени
- 2004Кандидат физико-математических наук: МГУ имени М.В. Ломоносова, специальность 01.00.00 «Физико-математические науки» и 03.01.02 «Биофизика», тема диссертации: Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах
- 1995
Специалитет: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, специальность «Физика», квалификация «физик»
Дополнительное образование / Повышение квалификации / Стажировки
1993 Амстердамский университет, Нидерланды
2005-2009 Коннектикутский университет, США
2010-2011 Корнельский университет, США
Достижения и поощрения
- Благодарственное письмо первого проректора НИУ ВШЭ (февраль 2023)
- Благодарность НИУ ВШЭ (май 2022)
- Благодарность Факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ (сентябрь 2019)
- Благодарность проректора НИУ ВШЭ (май 2019)
- Лучший преподаватель – 2021
Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2022-2023, 2021-2022, 2020-2022, 2017-2019)
Учебные курсы (2022/2023 уч. год)
- Биоинформатика (Бакалавриат; где читается: Факультет компьютерных наук; 3-й курс, 1, 2 модуль)Рус
- Биоинформатика ДНК, РНК и белков (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 1, 2 модуль)Рус
- Медицинская биоинформатика (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 3, 4 модуль)Рус
- Machine Learning in Bioinformatics (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1, 2 модуль)Анг
- Research Seminar "Data Analysis in the Natural Sciences" (Бакалавриат; где читается: Факультет компьютерных наук; 4-й курс, 1-3 модуль)Анг
- Архив учебных курсов
Учебные курсы (2021/2022 уч. год)
- Биоинформатика (Бакалавриат; где читается: Факультет компьютерных наук; 3-й курс, 1, 2 модуль)Рус
- Биоинформатика ДНК, РНК и белков (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 1, 2 модуль)Рус
- Медицинская биоинформатика (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 3, 4 модуль)Рус
- Молекулярная эволюция (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 4 модуль)Рус
- Modern Methods of Data Analysis (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1, 2 модуль)Анг
Учебные курсы (2020/2021 уч. год)
- Биоинформатика ДНК, РНК и белков (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 1, 2 модуль)Рус
- Медицинская биоинформатика (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 3, 4 модуль)Рус
- Applied Statistics in Bioinformatics (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3, 4 модуль)Анг
- Modern Methods of Data Analysis (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1, 2 модуль)Анг
Учебные курсы (2019/2020 уч. год)
- Биоинформатика ДНК, РНК и белков (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 3, 4 модуль)Рус
- Modern Methods of Data Analysis (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1, 2 модуль)Анг
- Элементарная геномика (Майнор; где читается: Факультет компьютерных наук; 1, 2 модуль)Рус
Учебные курсы (2018/2019 уч. год)
- Практическая биоинформатика (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3, 4 модуль)Рус
- Modern Methods of Data Analysis (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1, 2 модуль)Анг
Научный руководитель диссертационных исследований
- 1Челошкина К. С. Подходы машинного обучения для анализа разрывов раковых геномов, 2099
- 2Бекназаров Н. С. Методы распознавания Z-DNA при помощи подходов машинного обучения и интерпретация полученных моделей (aспирантура: 2-й год обучения)
- 3Латышев П. В. Система распознавания G-квадруплексов методами глубинного обучения (aспирантура: 2-й год обучения)
- 4Теванян Э. А. Роль вторичных структур ДНК в реорганизации хроматина (aспирантура: 3-й год обучения)
Проекты
ДНК Пунктуация
Вскоре после открытия Уотсоном и Криком канонической правозакрученной формы двойной спирали ДНК, так называемой B-формы, было показано, что другие ДНК-конформации и вторичные структуры, такие как крестообразные структуры, квадруплексы, триплексы, А-форма и Z-форма ДНК, могут образовываться как in vivo, так и in vitro. В настоящее время известно, что вторичные структуры ДНК и РНК играют важную роль в самых разных процессах функционирования генома, включая транскрипцию, трансляцию и организацию хроматина. Несмотря на множество доступных экспериментальных данных, по которым строится аннотация генома различными геномными элементами, высокопоточные экспериментальные установки, позволяющие обнаруживать вторичные структуры ДНК или РНК и определять их функциональную роль, еще не существуют. Тем не менее, аннотация геномов компьютерными методами свидетельствует о том, что ДНК обладает огромным потенциалом образовывать вторичные структуры, а экспериментальные данные по отдельным конкретным структурам ДНК указывают на их регуляторную роль.
Целью научного исследования группы «ДНК-пунктуация» является поиск характерных систем взаимосвязанного расположения вторичных структур ДНК (РНК) и экспериментально подтвержденных функциональных элементов генома, а также последующая аннотация генома обнаруженными вторичными структурами ДНК (РНК) со статистически значимой ассоциацией. Поскольку регуляторная роль вторичных структур ДНК (РНК) была показана для практически всех процессов в геноме, включая ключевые, такие как транскрипция, трансляция, сплайсинг, транспозиция, организация хроматина, в рамках годового проекта научной группы мы выделили два основных направления поиска ассоциаций структур ДНК (РНК): играющих роль в организации хроматина и в регуляции сплайсинга. Известно, что организация хроматина, в частности, какой участок ДНК-кода будет активным в разных типах тканей, определяется эпигенетическим кодом и трехмерной организацией хроматина. В настоящее время разработаны высокопоточные системы секвенирования, позволяющие определять положение эпигенетических маркеров, трехмерную организацию хроматина и активные транскрибируемые участки генома. Для реализации поставленных в рамках настоящего проекта задач планируется использование данных проекта The Roadmap Epigenomics, данные методов определения трехмерной архитектуры генома Hi-C and 3C, а также данные RNA-Seq. Общий объем планируемых данных для анализа составляет более 5 000 полногеномных картирований размером более 15 ТB, что, в дополнение к биоинформатическому анализу, требует разработки методов эффективного хранения, перекачки, обработки и компьютерного моделирования.
Публикации32
- Статья Herbert A., Pavlov F., Dmitrii Konovalov, Poptsova M. Conserved microRNAs and Flipons Shape Gene Expression during Development by Altering Promoter Conformations // International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. Article 4884. doi (в печати)
- Статья Zhang T., Yin C., Fedorov A., Qiao L., Bao H., Beknazarov N., Wang S., Gautam A., Williams M. R., Crawford J. C., Peri S., Studitsky V., Beg A. A., Thomas P. G., Walkley C., Xu Y., Poptsova M., Herbert A., Balachandran S. ADAR1 masks the cancer immunotherapeutic promise of ZBP1-driven necroptosis // Nature. 2022. Vol. 606. No. 7914. P. 594-602. doi
- Статья Herbert A., Fedorov A., Poptsova M. Mono a Mano: ZBP1’s Love–Hate Relationship with the Kissing Virus // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23. No. 6. Article 3079. doi
- Статья Herbert A., Fedorov A., Poptsova M. Mono a Mano: ZBP1’s Love–Hate Relationship with the Kissing Virus // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23. No. 6 doi
- Статья Herbert A., Poptsova M. Z-RNA and the Flipside of the SARS Nsp13 Helicase: Is There a Role for Flipons in Coronavirus-Induced Pathology? // Frontiers in Immunology. 2022. Vol. 13. Article 912717. doi
- Статья Cheloshkina K., Poptsova M. Comprehensive analysis of cancer breakpoints reveals signatures of genetic and epigenetic contribution to cancer genome rearrangements // PLoS Computational Biology. 2021. Vol. 17. No. 3. Article e1008749. doi
- Статья Cheloshkina K., Bzhikhatlov I., Poptsova M. Randomness in Cancer Breakpoint Prediction // Journal of Computational Biology. 2021. Vol. 28. No. 7. P. 716-731. doi
- Статья Herbert A., Karapetyan S., Poptsova M., Vasquez K., Vicens, Q., Vogeli B. Special Issue: A, B and Z: The Structure, Function and Genetics of Z-DNA and Z-RNA // International Journal of Molecular Sciences. 2021. Vol. 22. No. 14. Article 7686. doi
- Глава книги Cheloshkina K., Bzhikhatlov I., Poptsova M. Cancer Breakpoint Hotspots Versus Individual Breakpoints Prediction by Machine Learning Models, in: Proceedings 16th International Symposium, ISBRA 2020, Moscow, Russia, December 1–4, 2020. Lecture Notes in Computer Science Vol. 12304. Springer Publishing Company, 2020. doi P. 217-228. doi
- Статья Beknazarov N., Jin S., Poptsova M. Deep learning approach for predicting functional Z-DNA regions using omics data // Scientific Reports. 2020. Vol. 10. P. 19134. doi
- Статья Mirzaev K., Abdullaev S., Akmalova K., Sozaeva J., Grishina E., Shuev G., Bolieva L., Sozaeva M., Zhuchkova S., Gimaldinova N., Sidukova E., Serebrova S., Asoskova A., Шеин А. В., Poptsova M., Suleymanov S., Burashnikova I., Shikaleva A., Kachanova A., Fedorinov D., Sychev D. Interethnic differences in the prevalence of main cardiovascular pharmacogenetic biomarkers // Pharmacogenomics. 2020. Vol. 21. No. 10. P. 677-694. doi
- Глава книги Pavlov F., Poptsova M. Recognition of DNA Secondary Structures as Nucleosome Barriers with Deep Learning Methods, in: 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). Seul : IEEE, 2020. doi P. 2800-2805. doi
- Статья Cheloshkina K., Poptsova M. Understanding cancer breakpoint determinants with omics data // Integrative Cancer Science and Therapeutics. 2020. Vol. 7. P. 1-5. doi
- Глава книги Tevanyan E., Poptsova M. Machine Learning Applications for Genomic Pattern Recognition Problem, in: Proceedings of the MACSPro Workshop 2019 / Ed. by Irina Lomazova, Anna Kalenkova, Р. Яворский. Vol. 2478: CEUR Workshop Proceedings. CEUR-WS.org, 2019. P. 139-148.
- Статья Шеин А. В., Zaikin A., Poptsova M. Recognition of 3′-end L1, Alu, processed pseudogenes, and mRNA stem-loops in the human genome using sequence-based and structure-based machine-learning models // Scientific Reports. 2019. Vol. 9. No. 7211. P. 1-16. doi
- Глава книги Tevanyan E., Poptsova M. SEARCHING FOR NON-B-DNA STRUCTURES AS NUCLEOSOME BARRIERS WITH MACHINE LEARNING METHODS, in: The proceedings of International congress «Biotechnology: state of the art and perspectives» FEBRUARY 25 - 27, 2019. LLC “RED GROUP”, 2019. P. 363-364.
- Глава книги Poptsova M., Шеин А. В., Zaikin A. SEQUENCE-BASED AND STRUCTURE-BASED MACHINE-LEARNING MODELS FOR RECOGNITION OF 3’-END L1 AND ALU STEM-LOOPS IN HUMAN GENOME, in: The proceedings of International congress «Biotechnology: state of the art and perspectives» FEBRUARY 25 - 27, 2019. LLC “RED GROUP”, 2019. P. 356-356.
- Статья Cheloshkina K., Poptsova M. Tissue-specific impact of stem-loops and quadruplexes on cancer breakpoints formation // BMC Cancer. 2019. Vol. 19. No. 434. P. 1-17. doi
- Глава книги Коновалов Д. Л., Попцова М. С. Роль CpG метилирования квадруплексов в эпигенетической регуляции. // В кн.: Сборник трудов 43-й междисциплинарной школы-конференции ИППИ РАН "Информационные технологии и системы 2019". [б.и.], 2019. (в печати)
- Глава книги Cheloshkina K., Poptsova M. Machine-learning models for cancer breakpoints prediction based on DNA structure distributions, in: Сборник трудов 42-й междисциплинарной школы-конференции ИППИ РАН "Информационные технологии и системы 2018". Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, 2018. P. 1-5.
- Глава книги Шеин А. В., Poptsova M. Recognition of 3’ UTR stem-loop in LINE transposons across the tree of life by machine learning methods, in: Сборник трудов 42-й междисциплинарной школы-конференции ИППИ РАН "Информационные технологии и системы 2018". Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, 2018. P. 1-5.
- Глава книги Tevanyan E., Poptsova M. Recognizing Patterns of Nucleosome and DNA Structures Positioning, in: Сборник трудов 42-й междисциплинарной школы-конференции ИППИ РАН "Информационные технологии и системы 2018". Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, 2018. P. 1-10.
- Глава книги Tevanyan E., Poptsova M. Recognizing Patterns of Nucleosome and DNA Structures Positioning, in: Proceedings 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine. Madrid : IEEE, 2018. P. 2808-2809. doi
- Глава книги Маткаримов О. О., Поливода Д. Э., Попцова М. С. Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома // В кн.: Доклады Международной конференции "Математическая биология и биоинформатика" / Под общ. ред.: В. Д. Лахно. Т. 7. Пущино : Государственное учреждение Институт математических проблем биологии РАН, 2018. Гл. 57. С. 1-3. doi
- Глава книги Коновалов Д. Л., Попцова М. С. Построение модели машинного обучения, распознающей G-квадруплексы на основе физико-химических свойств ДНК // В кн.: Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2018». М. : МАКС Пресс, 2018. (в печати)
- Статья Попцова М. С., Гречишникова Д. А. The Physical and Geometric Properties of Human Transposon Stem–Loop Structures under Natural Selection // Биофизика. 2017. Т. 62. № 6. С. 857-864. doi
- Статья Гречишникова Д. А., Попцова М. С. Распознавание структур стебель-петля транспозонов человека и прогнозирование их функции при помощи модели машинного обучения. // Известия высших учебных заведений. Северо-Кавказский регион. Серия: Естественные науки. 2017. Т. 4. № 1. С. 63-69. doi
- Статья Нечипуренко Ю., Ильичева И., Попцова М. С., Гроховский С. Физико-химические свойства ДНК в регуляторных участках генома // Актуальные вопросы биологической физики и химии. 2017. Т. 2. № 1. С. 339-340.
- Статья Poptsova M., Grechishnikova D. Conserved 3' UTR stem-loop structure in L1 and Alu transposons in human genome: possible role in retrotransposition // BMC Genomics. 2016. Vol. 17. No. 1. P. 992. doi
- Глава книги Попцова М. С., Гречишникова Д. DNAStructProfiler: автоматизированное построение профилей консервативности вторичных структур ДНК/РНК // В кн.: Сборник докладов VI Международной конференции "Математическая биология и биоинформатика" / Под общ. ред.: В. Д. Лахно. М. : Государственное учреждение Институт математических проблем биологии РАН, 2016. С. 134-135.
- Статья Il'icheva I., Khodikov M., Nechipurenko D., Nechipurenko YD Y., Grokhovsky S., Poptsova M. Structural features of DNA that determine RNA polymerase II core promoter // BMC Genomics. 2016. Vol. 17. No. 1. P. 973. doi
- Глава книги Попцова М. С., Заикин А. В. Отбор структур стебель-петля в промоторных областях транскрипционных факторов с помощью эволюционного алгоритма // В кн.: Сборник докладов VI Международной конференции "Математическая биология и биоинформатика" / Под общ. ред.: В. Д. Лахно. М. : Государственное учреждение Институт математических проблем биологии РАН, 2016.
Участие в редколлегиях научных журналов
С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «Bioinformatics».
С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «BMC Bioinformatics».
С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «Nucleic Acids Research».
С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «PLoS Computational Biology».
С 2007 г.: приглашенный редактор журнала «PLoS ONE».
Опыт работы
09/16-09/17 , |
доцент |
факультет бизнеса и менеджмента, Высшая Школа Экономики |
10/12-н вр, |
Старший научный сотрудник |
кафедра биофизики физического факультета МГУ |
01/10-05/11 |
Научный сотрудник |
Факультет Патологии и Лабораторной Медицины, Институт Вычислительной Биомедицины, Медицинский колледж Уэйлла-Корнелла, Корнелльский университет (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Institute for Computational Biomedicine, Weill Cornell Medical College) |
Краткая информация: работала в лаборатории, занимающейся исследованиями рака простаты. Разработала алгоритм и написала программу по вычислению степени влияния CNVs на биологические пути (в процессе публикации). Занималась анализом данных технологий секвенирования второго поколения с целью найти эндогенные причины разрыва генома при агрессивных формах опухоли.
4/09-12/09, 2/05-1/08 |
Научный сотрудник |
Факультет молекулярной и клеточной биологии, Коннектикутский университет (Molecular and Cell Biology Department, University of Connecticut) |
Краткая информация: работала по гранту НАСА в рамках программы Applied Information Systems Research (AISR) program (http://aisrp.nasa.gov/ ). Участвовала в разработке алгоритмов по обработке больших массивов данных (в применении к биологическим системам) и реализации данных алгоритмов методом параллельных вычислений на кластерных системах (параллельных суперкомпьютерах) на основе Unix.
1997 – 2002 |
основатель и совладелец |
Janussys, Ltd. (www.janussys.ru) Компьютерно-лингвистическая компания по разработке программного обеспечения |
Краткая информация: компания, работающая в области математической лингвистики, в частности, занимающаяся разработкой алгоритмов машинного перевода и созданием многоязычных словарей. Издатель мультимедийного англо-русского иллюстрированного словаря «Янус» (2002). В настоящее время ведет поиск инвесторов в проект создания системы машинного перевода нового поколения.
Информация*
- Общий стаж: 10 лет
- Научно-педагогический стаж: 14 лет
Обнаружен новый механизм регуляции генов
Опубликована статья в Журнале International Journal of Molecular Science
Консервативные микроРНК научились выкручивать флипоны ДНК
Чтобы повлиять на развитие эмбрионов
Как прошел ИТ-девичник ФКН и Яндекса
15 апреля в рамках Дней компьютерных наук состоялся ежегодный ИТ-девичник факультета компьютерных наук. В этом году мероприятиепрошло в партнерстве с Яндексом.
Опубликована глава в книге Z-ДНК
Вышла долгожданная публикация главы по DeepZ М. Попцовой и Н. Бекназарова в книге "Z-ДНК" Kyeong Kyu Kim, Vinod Kumar Subramani
Прошла ежегодная студенческая школа-конференция по биоинформатике ИТИС(б)
16–20 февраля в Вороново прошла студенческая школа-конференция «Информационные технологии и системы. Биоинформатика» ИТИС(б). В ней приняли участие более 100 человек из ВШЭ, ИППИ РАН, Сколтеха, МГУ, МФТИ.
Победа в Конкурсе исследовательских проектов молодых ученых по тематике цифровых технологий и цифровой трансформации
Победителями конкурсного отбора исследовательских проектов молодых ученых по тематике цифровых технологий и цифровой трансформации стали стажеры-исследователи Международной лаборатории биоифнорматики Константин Буркин и Александр Кирдеев
Технологии ИИ помогут ученым предсказывать заболевания
Мария Попцова рассказала о результатах работы в рамках проекта «ИИ в биоинформатике».
Международная конференция "Анализ Данных, Оптимизация и их Приложения"
30-31 января 2023 г. г. в Московском физико-техническом институте прошла Международная конференция "Анализ Данных, Оптимизация и их Приложения"
Мария Попцова в прямом эфире Радио Звезда
Мир вокруг нас глазами ученого
Школа «Генетика и эпигенетика: механизмы, структура, функция» на биологическом факультете МГУ, 29-30 октября 2022
Международная лаборатория биоинформатики приняла участие в школе для молодых ученых «Генетика и эпигенетика: механизмы, структура, функция», которая проходила на Биологическом факультете МГУ имени М.В. Ломоносова с 29 по 30 октября 2022 года.
О результатах работы международной лаборатории биоинформатики написал Коммерсантъ
Произошел квантовый скачок в создании научных зум-коллабораций во всем мире.
HSE University Hosts Third Summer School on Machine Learning in Bioinformatics
Between August 23rd and 25th, the HSE Faculty of Computer Science held its annual summer school on machine learning in bioinformatics. After two years of being held online, the school returned to an offline format for this year. Over three days, more than 120 participants attended lectures and seminars by leading experts in the field from institutions such as HSE University, Skoltech, AIRI, MSU, MIPT, Genotek, and Sber Artificial Intelligence Laboratory.
Междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2022
2 сентября в НИУ ВШЭ состоялось второе мероприятие консорциума «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний» — междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2022», который продолжил работу консорциума между организациями, входящими в состав консорциума. В форуме приняли участие руководители и представители научных центров и институтов Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Архангельска, Тюмени и Сургута.
На ФКН НИУ ВШЭ прошла третья школа по машинному обучению в биоинформатике
На факультете компьютерных наук Вышки с 23 по 25 августа провели школу по машинному обучению в биоинформатике. Проект, два предыдущих года проходивший онлайн, был впервые реализован в очном формате. За три дня более 120 участников прослушали лекции и семинары от ведущих специалистов в данной области из ВШЭ, Сколтеха, AIRI, МГУ, МФТИ, Genotek, Sber Artificial Intelligence Laboratory.
Международная конференция ABZ-2022: структура, функции и генетика Z-ДНК и Z-РНК
25 мая 2022 года на факультете компьютерных наук прошла онлайн-конференция ABZ2022.
Scientists Propose New Way to Fight Cancer
A team of researchers that includes experts from the International Laboratory of Bioinformatics of the Faculty of Computer Science, HSE University has presented a new way to fight melanoma. The scientists discovered that a form of DNA molecule entering cancer cells is able to induce an immune response similar to the body's response to a virus. As a result, the cells that support tumour growth are killed and the patient begins to respond to anti-cancer therapy again. The results of the study have been published in the Nature.
Ученые предложили новый способ борьбы с раком
Коллаборация исследователей при участии специалистов Международной лаборатории биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ представила новый способ борьбы с трудноизлечимой меланомой. Ученые обнаружили, что одна из форм молекулы ДНК, попадая в раковые клетки, способна вызвать иммунный ответ, аналогичный реакции организма на вирус. В результате погибают клетки, поддерживающие рост опухоли, а пациент снова начинает реагировать на противораковую терапию. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature.
В журнале Nature опубликована статья Александра Федорова, Назара Бекназарова, Алана Герберта, Марии Попцовой
В журнале Nature 25 мая 2022 г. была опубликована статья «ADAR1 маскирует иммунотерапевтический потенциал рака при некроптозе, вызванном ZBP1» (ADAR1 masks the cancer immunotherapeutic promise of ZBP1-driven necroptosis) Александра Федорова, Назара Бекназарова, Алана Герберта, Марии Попцовой.
Как прошла «Айти-суббота Вышки» в КЦ ЗИЛ
Завершающим мероприятием Дней компьютерных наук стал лекторий «Айти-суббота Вышки» в Культурном Центре ЗИЛ, который прошел 16 апреля.
Интервью с Марией Попцовой, руководителем проекта «Искусственный интеллект в биоинформатике»
В Центре искусственного интеллекта ВШЭ ведется работа по 25 направлениям. Группы ученых участвуют в конференциях и семинарах, пишут статьи, проводят воркшопы. Делать выводы и подводить итоги ещё рано, поэтому о промежуточных этапах и планах можно узнать из интервью с руководителями проектов.
Российский конгресс по клинической фармакогеномике, Москва, 4-5 февраля 2022
Международная лаборатория биоинформатики приняла участие в Российском конгрессе по клинической фармакогеномике в Москве 4-5 февраля 2022
Мария Попцова выступила на Конференции Сбера AI Community 28.01.2022
На конференции AI Community, которая в этом году состоялась в онлайн формате, выступали ведущие международные и российские эксперты в области ИИ, представители бизнеса.
«Я считаю, что правильно получать знания в разных вузах»
Студент магистратуры «Анализ данных в биологии и медицине» Марк Гарницкий по программе мобильности уехал на год в Гентский университет в Бельгии. Мы попросили рассказать Марка о его пути на ФКН, участии в академической мобильности и социальной жизни во время пандемии.
В Вышке стартовал Международный научный форум FIT-M 2021
Высокопроизводительные вычисления и большие данные, искусственный интеллект и нейросети, компьютерные симуляции, цифровые двойники и цифровые тени, виртуальная и дополненная реальность, интернет вещей, блокчейн и кибербезопасность — по таким трекам проходит работа Международного научного форума FIT-M 2021, организованного МИЭМ ВШЭ. В рамках его пленарных заседаний, сессий, реакторов, хакатонов поднимаются вопросы взаимодействия науки, образования, промышленности и бизнеса.
I Международный форум геномных и биомедицинских технологий «От рождения до активного долголетия» состоялся 2-3 декабря 2021г.
2 декабря 2021 г. в Сургутском госуниверситете при участии губернатора Югры Натальи Комаровой, а также директора окружного департамента образования и молодежной политики Алексея Дренина торжественно открылся I Международный форум геномных и биомедицинских технологий «От рождения до активного долголетия». Его организаторы – правительство округа, Фонд развития Югры и Сургутский госуниверситет.
Спикеры ФКН выступили на конференции AI Journey 2021
AI Journey — это международная онлайн-конференция по искусственному интеллекту и анализу данных, организатором которой является Сбер. В этом году она прошла 10-12 ноября. Общее количество просмотров конференции на текущий момент уже превысило 50 миллионов.
Выпуск 2021: часть 3
В 2021 году факультет выпустил более 400 человек. При этом выпускники бакалавриата получили 29 красных дипломов, а выпускники магистратуры — 62. В этот раз мы поговорили с выпускниками многочисленных магистратур ФКН.
Первое мероприятие консорциума «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний»
В начале сентября в НИУ ВШЭ состоялось первое мероприятие консорциума «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний» — междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2021», который ознаменовал начало работы консорциума после подписания соглашения о научном сотрудничестве между организациями, входящими в состав консорциума. В форуме приняли участие руководители и представители научных центров и институтов Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Архангельска, Тюмени и Сургута.
В НИУ ВШЭ начал свою работу консорциум по генетике сердечно-сосудистых заболеваний
В НИУ ВШЭ презентовали первый в России консорциум «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний» на междисциплинарном форуме «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2021». Цель консорциума — собрать централизованный и полный каталог геномных мутаций населения России.
Прошла летняя школа по машинному обучению в биоинформатике
На факультете компьютерных наук НИУ ВШЭ завершилась вторая летняя школа по машинному обучению в биоинформатике, которая проходила 23-27 августа. В этом году школа собрала 533 участника из 53 стран.
Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (Moscow Conference on Computational Molecular Biology) 30 июля - 02 августа 2021
Международная лаборатория биоинформатики приняла участие и выступила соорганизатором Московской конференции по вычислительной молекулярной биологии (Moscow Conference on Computational Molecular Biology) 30 июля - 02 августа 2021 в Сколтех
Мария Попцова — заведующая Международной лабораторией биоинформатики факультета компьютерных наук ВШЭ в интервью Forbes Woman об управлении геномом: как биоинформатика помогает лечить тяжелые болезни и даже коронавирус Forbes
В интервью Forbes Woman Мария Попцова рассказала, как биоинформатика помогает лечить тяжелые болезни, включая коронавирус, и открывает перспективы продления жизни, кто в России финансирует подобные проекты и почему в отрасли актуальна проблема «утечки мозгов» за рубеж
Конференция ABZ 2021: структура, функции и генетика Z-ДНК и Z-РНК
19 мая 2021 года на факультете компьютерных наук прошла онлайн-конференция ABZ2021. В ней приняли участие более 200 ученых из 24 стран, в том числе генетики, молекулярные биологи, химики, биохимики, иммунологи, специалисты по структурной и клеточной биологии, а также специалисты в области машинного обучения.
The HSE Look April Issue
The second issue of 2021 presents interviews about knowledge production and exchange from various angles.
На факультете компьютерных наук открылась международная лаборатория биоинформатики
25 января на факультете компьютерных наук открылась международная лаборатория биоинформатики. Главная научная цель лаборатории – определение роли альтернативных структур ДНК в функционировании генома.
Круглый стол «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний»
02 февраля 2021 г. состоялся Круглый стол «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний» в формате онлайн, посвященный генетике сердечно-сосудистых заболеваний, формированию консорциума по данному научно-исследовательскому направлению, подготовке к подписанию соглашения о научном сотрудничестве.
Мария Попцова выступила на конференции AI Journey 2020
Мария Попцова, заведующая лабораторией биоинформатики и доцент департамента больших данных и информационного поиска, выступила на конференции по искусственному интеллекту AI Journey 2020 с презентацией “Методы глубинного обучения в геномике”.
Нейросети помогут исследовать ДНК
Ученые ВШЭ предложили способ повысить точность поиска Z-ДНК – участков молекулы, скрученных не вправо, а влево. Для этого они использовали нейросети и набор данных из более чем 30 тысяч экспериментов, сделанных разными лабораториями по всему миру. Подробности исследования опубликованы в журнале Scientific Reports.
Подведены итоги конкурса проектов по созданию в НИУ ВШЭ международных лабораторий
Конкурс проектов «Создание международных лабораторий Национального исследовательского университета «Высшая школа экономики» на период с 01.01.2021 по 31.12.2023» проводился с 15 июня 2020 г. по 15 декабря 2020 г.
Экономика и данные: возможности для здравоохранения
Факультет экономических наук НИУ ВШЭ представляет серию вебинаров по экономике и данным здравоохранения
ФКН провел первую международную школу по машинному обучению в биоинформатике
Научно-учебная лаборатория биоинформатики организовала первую международную школу по биоинформатике. Школа прошла 24-28 августа 2020 года в онлайн-формате.
Эфиры программы "Физики и лирики" радиостанции "Маяк"
Заведующая лабораторией Мария Попцова - гость радиостанции "Маяк"
Урбанистика и нейросети: о чем рассказала Вышка на Geek Picnic-2020
Главный российский фестиваль любителей науки и технологий Geek Picnic впервые прошел в онлайн формате. Лекции от экспертов, мастер-классы, конкурсы и общение с единомышленниками – все, за что мероприятие любят поклонники, вошло в программу. Вышка в очередной раз выступила контент-партнером фестиваля.
Подведены итоги конкурса проектных групп
Проектная группа – это инициативное объединение работников и/или учащихся от пяти человек и более постоянного состава для выполнения какой-либо проектной задачи с достижением значимого и понятного результата. Было подано 16 заявок на создание проектных групп работников, они были рассмотрены научной комиссией ФКН. Комиссия по поддержке образовательных инициатив рассмотрела 6 заявок от студентов.
Урбанистика и нейросети: о чем рассказала Вышка на Geek Picnic-2020
Главный российский фестиваль любителей науки и технологий Geek Picnic впервые прошел в онлайн формате. Лекции от экспертов, мастер-классы, конкурсы и общение с единомышленниками - все, за что мероприятие любят поклонники, вошло в программу. Вышка в очередной раз выступила контент-партнером фестиваля.
GEEK PICNIC 2020
Заведующая лабораторией Мария Попцова выступила на Geek Picnic 2020
Online День открытых дверей магистратуры [Видео]
11 апреля на факультете компьютерных наук состоялся первый день открытых дверей в новом формате.
Третья Российская зимняя Школа молодых ученых и врачей по фармакогенетике и персонализированной терапии
Заведующая лабораторией Мария Попцова - участник и модератор круглого стола в рамках Зимней школы молодых ученых и врачей по фармакогенетике и персонализированной терапии
Зимняя школа 2020
Заведующая лабораторией Мария Попцова выступила на Зимней школе по компьютерным наукам для поступающих в магистратуру
Международный Конгресс «Генетика и Сердце»
Заведующая лабораторией Мария Попцова - сопреседатель конгресса
Зимняя школа 2020
С 7 по 10 февраля в Учебном центре Вороново состоялась Зимняя школа по компьютерным наукам для поступающих в магистратуру. В этом году было подано 123 заявки от студентов из различных регионов России и стран ближнего зарубежья. Из них отобрали и пригласили в Москву 45 лучших студентов.
Университетские субботы в Вышке
Заведующая лабораторией Мария Попцова - лектор на Университетских субботах
Круглый стол «Пилотные проекты для исследования генетики сердечно-сосудистых заболеваний»
Научно-учебная лаборатория биоинформатики факультета компьютерных наук совместно с ГБОУ ДПО Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования Минздрава РФ стала организатором круглого стола «Пилотные проекты для исследования генетики сердечно-сосудистых заболеваний».
Семинар "Заболевания миокарда преимущественно наследственного происхождения"
Заведующая лабораторией Мария Попцова - участник семинара
Школа-конференция "Информационные технологии и системы" 2019
Сотрудники лаборатории - участники конференции
Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии 2019 (Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB))
Сотрудники лаборатории - участники конференции
DNA Secondary Structures Lead to Gene Mutations that Increase the Risk of Cancer
Сancer Сells Will Become Vulnerable
Международная школа НИУ ВШЭ и AlmaU для студентов и выпускников – 2019
С 22 по 26 апреля в Алматы Менеджмент Университете прошла первая международная междисциплинарная школа НИУ ВШЭ и AlmaU для студентов и выпускников.
Завершилась международная конференция Modeling and Analysis of Complex Systems and Processes (MACSPro'2019)
С 21 по 23 марта в Вене прошла международная конференция Modeling and Analysis of Complex Systems and Processes (MACSPro'2019), организованная компанией ExactPro и лабораториями МУСС и ПОИС. В конференции приняли участие ведущие специалисты в области тестирования и прогнозирования сложных систем и процессов из Испании, России, Нидерландов, Грузии и других стран.
Состоялась школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”
С 7 по 10 марта в учебном центре Вороново прошла межвузовская студенческая научная школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”, организатором которой стал факультет компьютерных наук.
ИТ-девичник "Worldwide Conversation on Women’s Higher Education and Equality in the Workplace"
26 ноября на Факультете компьютерных наук уже в пятый раз прошел ИТ-девичник. В этом году мероприятие было организовано в рамках кампании "Worldwide Conversation on Women’s Higher Education and Equality in the Workplace", приуроченной к 150-летней годовщине введения в Лондонском университете (UoL) специальных экзаменов для женщин. Тогда, впервые в истории Великобритании, девять женщин сдали экзамены и получили степень бакалавра. Вышка уже более двадцати лет тесно сотрудничает с Лондонской Школой Экономики, одним из колледжей Лондонского университета, реализуя совместные программы в Международном институте экономики и финансов. В этом году и на ФКН состоялся первый набор на бакалаврскую программу двух дипломов НИУ ВШЭ и UoL "Прикладной анализ данных".
Подведены итоги конкурса научно-учебных лабораторий
В этом году в Вышке поддержано создание 10 новых научно-учебных лабораторий (НУЛ) по самым разным направлениям, начиная от когнитивной психологии и компьютерного моделирования до международного правосудия и экономики спорта.
“Для человека он сам - первоочередный интерес”: беседа о биоинформатике
Как будет развиваться российская биоинформатика в ближайшие 5 лет, что нужно ученому для открытия и почему без машинного обучения невозможно развитие современной геномики - об этом и многом другом рассказала биоинформатик и биофизик Мария Попцова.
Результаты конкурса Научного фонда ВШЭ
Опубликованы итоги Конкурса индивидуальных исследовательских проектов и Конкурса на создание научно-учебных групп.