Распознавание вторичной структуры РНК на 3’-конце для пар LINE-SINE транспозонов разных видов по всему дереву жизни

ФИО студента: Петров Алексей Сергеевич

Кампус/факультет: Факультет компьютерных наук

Программа: Анализ данных в биологии и медицине (Магистратура)

Год защиты: 2019

В ходе данной работы были исследованы свойства генетических элементов LINE и SINE у всех видов по всему дереву жизни, которые позволяют LINE-кодированной обратной транскриптазе распознавать ретротранспозоны данных семейств. Для того, чтобы извлечь эти свойства, были сформулированы задачи классификации истинных последовательностей нуклеотидов LINE и SINE транспозонов и случайно сгенерированных с эквивалентным GC-содержанием. В ходе работы модели машинного обучения подтвердили гипотезу о важности вторичной структуры в распознавании транспозонных РНК, и гипотезу о схожести представителей классов SINE и LINE. Модель искусственных нейронных сетей и модель градиентного бустинга над решающими деревьями показали высокие метрики качества бинарной классификации, что говорит о наличии отличительных особенностей представителей данных семейств ретротранспозонов.

Выпускные квалификационные работы (ВКР) в НИУ ВШЭ выполняют все студенты в соответствии с университетским Положением и Правилами, определенными каждой образовательной программой.

Аннотации всех ВКР в обязательном порядке публикуются в свободном доступе на корпоративном портале НИУ ВШЭ.

Полный текст ВКР размещается в свободном доступе на портале НИУ ВШЭ только при наличии согласия студента – автора (правообладателя) работы либо, в случае выполнения работы коллективом студентов, при наличии согласия всех соавторов (правообладателей) работы. ВКР после размещения на портале НИУ ВШЭ приобретает статус электронной публикации.

ВКР являются объектами авторских прав, на их использование распространяются ограничения, предусмотренные законодательством Российской Федерации об интеллектуальной собственности.

В случае использования ВКР, в том числе путем цитирования, указание имени автора и источника заимствования обязательно.

Реестр дипломов НИУ ВШЭ