Научно-исследовательский семинар "Современные задачи биоинформатики в агробиотехнологиях"

Магистратура 2026/2027

ID 1230787

Статус: Курс обязательный (Биоинформатика в агробиотехнологиях)

Кто читает: Институт аграрных исследований

Где читается: Научные подразделения

Когда читается: 1-й курс, 3 модуль

Охват аудитории: для всех кампусов НИУ ВШЭ

Преподаватели: Крылова Екатерина Александровна

Язык: русский

Кредиты: 3

Контактные часы: 58

Дополнительные материалы в LMS Задать вопрос

Аннотация

Дисциплина относится к модулю “Ключевые семинары” образовательной программы. Для успешного ее освоения студенты должны демонстрировать знания и умения по следующим дисциплинам: информатика, математика, прикладная физика, статистика, базовая биология и желательно английский язык. В рамках данной дисциплины формируется представление об основных разделах современной агробиотехнологии растений, в которых востребованы инструменты биоинформатики: in silico анализ генов в частной генетике, современные подходы прямой генетики (GWAS, транскриптомика и др.) и обратной генетики (редактирование) для выявления связи «фенотип-генотип» и поиска генов-кандидатов. Обучающиеся в формате семинара познакомятся с кейсами, раскрывающими возможности, которые дает применение методов биоинформатики для решения задач генетики и селекции. Результаты изучения данной дисциплины используются: в проектной деятельности, во время производственной практики и при выполнении выпускной квалификационной работы.

Цель освоения дисциплины

Cформировать систему фундаментальных знаний об основных методах прямой и обратной генетики для выявления связей «фенотип-генотип» и поиска генов-кандидатов, применение методов биоинформатики для решения задач генетики и селекции. Рассмотреть аспекты работы с геномными базами данных, рассмотреть особенности использования транскриптомного анализа для анализа дифференциальной экспрессии генов (начиная с дизайна эксперимента и заканчиваю анализом полученных данных), сформировать представление об основных методах редактирования генома растений, дать основу для дальнейшего применения полученных знаний с целью практического применения для решения актуальных практических задач в области растениеводства и селекции с целью расширения генетического разнообразия.

Планируемые результаты обучения

. Владеть системой знаний об особенностях растений как объектов для редактирования геномов.
Знать особенности дизайна и проведения транскриптомного анализа.
Владеть системой знаний об особенностях методов редактирования генома растений.
Знать методы работы с признаками полигенного контроля.
Знать особенности методов генотипирования растений.
Знать основные подходы к высокопроизводительному фенотипированию растений.
Определять технологии, необходимые для высокопроизводительного фенотипирования растений.
Проводить поиск генов-кандидатов, ассоциированных с хозяйственно-значимыми признаками.
Планировать эксперименты по редактированию генома растений.
Ориентироваться в современных литературных источниках и различных генетических базах данных с целью получения информации о генах-мишенях
Проводить подбор эффективных гидовых РНК
Проводить поиск генов и анализ их структурной организации
Выполнять аннотацию функциональных доменов белков, построение их 3D-моделей
Владеть системой знаний об особенностях генома растений
Владеть навыками поиска генов-мишеней и подбора гидовых РНК
Владеть навыками поиска локусов количественных признаков и генов-кандидатов, ассоциированных с хозяйственно-ценными признаками.
Навыками работы с геномными данными растений.

Содержание учебной дисциплины

Раздел 1. Методы обратной генетики. Базы данных нуклеотидных последовательностей.
Раздел 2. Выравнивание. Аннотация функциональных доменов белков.
Раздел 4. Современные подходы к прямой генетике растений. Случаи невыполнения законов Менделя.
Раздел 3. Транскриптомный анализ. Система редактирования
Раздел 5. Количественные признаки. Полногеномный анализ ассоциаций.
Раздел 6. Феномика. Знакомство с основными технологиями, применяемыми для высокопроизводительного фенотипирования растений.

Элементы контроля

Участие в дискуссии на семинарах
Приоритетным является выступление с докладом на семинаре!
Контрольная работа

Промежуточная аттестация

2026/2027 3rd module
0.4 * Контрольная работа + 0.6 * Участие в дискуссии на семинарах
2027/2028 2nd module
0.6 * Участие в дискуссии на семинарах + 0.4 * Контрольная работа

Список литературы

Авторы

Новикова Любовь Михайловна

Программа дисциплины