Регуляция и прогностическая значимость сплайс-вариантов CD44 при колоректальном ракеRegulation and Prognostic Significance of CD44 Splice Variants in Colorectal Cancer

Соискатель:

Руководитель:

Шкурников Максим Юрьевич (др. работы под рук-вом)

Члены комитета:

Щур Владимир Львович (НИУ ВШЭ , д.ф.-м.н., председатель комитета), Белогуров Алексей Анатольевич (Институт биоорганической химии им. Академиков М.М. Шемякиной и Ю.А. Овчинникова РАН, д.х.н., член комитета), Замятнин Андрей Александрович (МГУ им. М. В. Ломоносова, д.б.н., член комитета), Староверов Владимир Михайлович (МГУ им. М. В. Ломоносова, к.ф.-м.н., член комитета), Федоров Алексей Николаевич (Фундаментальные основы биотехнологии РАН, д.б.н., член комитета)

Диссертация принята к предварительному рассмотрению:

7/11/2025

Диссертация принята к защите:

9/10/2025

Дисс. совет:

Cовет по биологии

Дата защиты:

11/11/2025

Диссертационная работа посвящена выявлению прогностической значимости и механизмов регуляции сплайс-вариантов CD44 при колоректальном раке. Установлена связь между отношением экспрессии стандартной и вариантных изоформ и выживаемостью пациентов. Разработан интерпретируемый биоинформатический метод для выявления регуляторов сплайсинга, основанный на данных РНК-секвенирования и регрессионных моделях. Предсказанные регуляторы сплайсинга CD44 экспериментально подтверждены в модельных системах. Полученные результаты открывают перспективы изоформ-специфичной диагностики и терапии колоректального рака.

Диссертация [*.pdf, 2.52 Мб] (дата размещения 8/22/2025)

Резюме [*.pdf, 398.56 Кб] (дата размещения 8/22/2025)

Summary [*.pdf, 264.14 Кб] (дата размещения 8/22/2025)

Публикации, в которых излагаются основные результаты диссертации

Everest-Dass A., Nersisyan S., Maar H., Novosad V., Schröder-Schwarz J., Freytag V., Stuke J.L., Beine M.C., Schiecke A., Haider M.-T., Kriegs M., Elakad O., Bohnenberger H., Conradi L.-C., Raygorodskaya M., Krause L., Itzstein M., Tonevitsky A., Schumacher U, Maltseva D., Wicklein D., Lange T. Spontaneous metastasis xenograft models link CD44 isoform 4 to angiogenesis, hypoxia, EMT and mitochondria-related pathways in colorectal cancer // Molecular Oncology. 2024.

Novosad V.O. Identification of significant RNA-binding proteins in the process of CD44 splicing using the boosted beta regression algorithm // Doklady Biochemistry and Biophysics. 2023.

Novosad V.O., Maltseva D.V. The RNA‑Binding Proteins OAS1, ZFP36L2, and DHX58 Are Involved in the Regulation of CD44 mRNA Splicing in Colorectal Cancer Cells // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2023

M. P. Raigorodskaya , V. O. Novosad , S. A. Tonevitskaya, and D. V. Maltseva. Expression of CD44 Isoforms in Human Colorectal Cancer Cell Lines // Biotechnology. 2021.

Nersisyan S., Novosad V., Galatenko A., Sokolov A., Bokov G., Konovalov A., Alekseev D., Tonevitsky A. ExhauFS: exhaustive search‑based feature selection for classification and survival regression // PeerJ. 2022.

Nersisyan S., Novosad V., Engibaryan N., Ushkaryov Y., Nikulin S., Tonevitsky A.G. ECM–Receptor Regulatory Network and Its Prognostic Role in Colorectal Cancer // Frontiers in Genetics. 2021

Отзывы

Отзыв научного руководителя

Шкурников Максим Юрьевич (дата размещения 7/16/2025)

Отзыв члена Комитета

Замятнин Андрей Александрович (дата размещения 11/13/2025)
Щур Владимир Львович (дата размещения 11/13/2025)
Федоров Алексей Николаевич (дата размещения 11/13/2025)
Белогуров Алексей Анатольевич (дата размещения 11/13/2025)
Староверов Владимир Михайлович (дата размещения 11/13/2025)

Сведения о результатах защиты:

Комитет по диссертации рекомендовал присудить ученую степень кандидата биологических наук (протокол № 02 от 11.11.2025). Решением диссертационного совета (протокол № 05 от 13.11.2025) присуждена учёная степень кандидата биологических наук.

Ключевые слова:

CD44, альтернативный сплайсинг, биоинформатический анализ, колоректальный рак, машинное обучение, прогностические маркёры, регуляция сплайсинга, РНК-связывающие белки

См. на ту же тему

Методы глубинного обучения для предсказания Z-ДНК на основе омиксных данныхКандидатская диссертация

Соискатель: Бекназаров Назар Сохибжонович
Руководитель: Попцова Мария Сергеевна

Рецептор CD44 и ламинины в резистентности и метастазировании колоректального рака.Докторская диссертация

Соискатель: Мальцева Диана Васильевна
Руководитель: Тоневицкий Александр Григорьевич
Дата защиты: 10/24/2025

Моделирование влияния сентимента на биржевые характеристики криптоактивовКандидатская диссертация

Соискатель: Бакланова Валерия Сергеевна
Руководитель: Теплова Тамара Викторовна
Дата защиты: 9/18/2025