2021/2022

Введение в эпигеномику

Статус: Майнор

Кто читает: Департамент больших данных и информационного поиска

Где читается: Факультет компьютерных наук

Когда читается: 3, 4 модуль

Охват аудитории: для всех кампусов НИУ ВШЭ

Преподаватели: Антонов Иван Валентинович, Зубрицкий Анатолий Валерьевич, Коновалов Дмитрий Львович

Язык: русский

Кредиты: 5

Контактные часы: 76

Программа дисциплины

Аннотация

Дать практические навыки применения методов биоинформатики для анализа и интерпретации биологических данных по эпигеномике.

Цель освоения дисциплины

• Научить пользоваться основными биоинформатическими базами данных

Планируемые результаты обучения

• Ознакомить с базовыми алгоритмами и форматами данных биоинформатики
• Формирование у студентов основных биоинформатических навыков и приобретение ими практического опыта, необходимого для проведения самостоятельных научных исследований в области физико-химической биологии.

Содержание учебной дисциплины

• Тема 1
• Тема 2
• Тема 3
• Тема 4
• Тема 5
• Тема 6
• Тема 7
• Тема 8

Элементы контроля

• Домашнее задание
  Домашнее задание 1 – Метилирование ДНК Домашнее задание 2 – Модификации гистонов Домашнее задание 3 – Доступность ДНК Домашнее задание 4 – ChromHMM
• Проект
• Экзамен
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-балльной шкале

Промежуточная аттестация

• 2021/2022 учебный год 4 модуль
  0.5 * Проект + 0.5 * Домашнее задание

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

• Arcady R. Mushegian. (2007). Foundations of Comparative Genomics. Academic Press.
• Evolutionary Genomics ; Statistical and Computational Methods. (2019). Springer New York. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9074-0
• Handbook of genetics and society : mapping the new genomic era, , 2013

Рекомендуемая дополнительная литература

• Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics (Vol. Third edition). Chichester, West Sussex, UK: Wiley-Blackwell. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1055003