Анализ данных секвенирования

2021/2022

Статус: Майнор

Кто читает: Департамент больших данных и информационного поиска

Где читается: Факультет компьютерных наук

Когда читается: 1, 2 модуль

Охват аудитории: для всех кампусов НИУ ВШЭ

Преподаватели: Антонов Иван Валентинович, Галицына Александра Алексеевна, Коновалов Дмитрий Львович

Язык: русский

Кредиты: 5

Контактные часы: 56

Полная версия программы учебной дисциплины

Аннотация

В данном курсе изучаются методы анализа данных технологий секвенирования следующего поколения, таких как DNA-seq, RNA-seq, Chip-Seq. Изучается методы сборки геномов de-novо из сырых ридов DNA-seq, анализ экспрессии генов на основе RNA-seq, методы обработки данных Chip-Seq. Дается представление о современных приложениях и практиках использования.

Цель освоения дисциплины

Знакомство с основными методами секвенирования нового поколения
Освоение методов обработки результатов массового поколения
Дать практические навыки применения методов биоинформатики для анализа и интерпретации биологических данных.

Планируемые результаты обучения

Научить пользоваться основными биоинформатическими базами данных
Ознакомить с базовыми алгоритмами и форматами данных биоинформатики
Формирование у студентов основных биоинформатических навыков и приобретение ими практического опыта, необходимого для проведения самостоятельных научных исследований в области физико-химической биологии.

Содержание учебной дисциплины

Введение в молекулярную биологию.
Секвенирование
Сборка генома
Аннотация генома, предсказание генов
Сравнительная геномика
Инструменты работы с данными
Биохимия и системная биология
Некодирующий геном, мобильные элементы
Транскрипция, ее регуляция
Введение в структуру хроматина
Практическая работа с данными Hi-C
Поиск особенностей структуры хроматина
Ассоциация данных о хроматине
Специальные протоколы

Элементы контроля

Домашнее задание 1
Домашнее задание 2
Домашнее задание 3
Домашнее задание 4
Домашнее задание 5
Домашнее задание 6
Квиз 1
Квиз 2
Экзамен

Промежуточная аттестация

2021/2022 учебный год 2 модуль
Формула финальной оценки Определим накопленную оценку как Накоп = Округление(0.7*СЕКВЕНИРОВАНИЕ + 0.3*ХРОМАТИН) где СЕКВЕНИРОВАНИЕ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4) / 4 ХРОМАТИН = (ДЗ5+ДЗ6+Квиз1+Квиз2) / 4 Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Программа дисциплины