Российские ученые построили сеть внутриклеточных взаимодействий рака молочной железы
Исследователи из ВШЭ выявили гены, играющие ключевую роль в метастазировании рака молочной железы. Результаты исследования опубликованы 14 апреля в журнале PLOS ONE.
В каждой клетке человека присутствует огромное количество различных молекул: ДНК, РНК, белки и т.д. Одними из важнейших классов молекул, способных взаимодействовать друг с другом, являются микроРНК, их гены-мишени и факторы транскрипции. МикроРНК – маленькие молекулы, способные напрямую уменьшать концентрацию (экспрессию) генов-мишеней, а факторы транскрипции могут как повышать, так и снижать экспрессию микроРНК и генов. В здоровых клетках такие взаимодействия необходимы для нормального функционирования, тогда как в раковых клетках некоторые связи «ломаются», позволяя опухоли распространяться и уклоняться от лекарств.
Ученые факультета биологии и биотехнологии ВШЭ Степан Нерсисян и Александр Тоневицкий вместе с коллегами из МГУ им. Ломоносова (Алексей Галатенко, Владимир Галатенко) разработали программу, позволяющую строить сеть внутриклеточных взаимодействий раковых клеток, и выявили ключевые молекулы, отвечающие за метастазирование рака молочной железы.
На первом этапе с помощью машинного обучения была построена и программно реализована математическая модель, позволяющая строить сети взаимодействий микроРНК, их мишеней и факторов транскрипции. В отличие от других программ созданная исследователями разработка позволяет интегрировать различные источники данных. Они включают в себя как базы данных взаимодействий, так и профили экспрессии рассматриваемых молекул, например, в реальных опухолях. Воспользоваться программой может любой желающий.
Затем, используя сеть взаимодействий рака молочной железы, авторы исследования выявили важнейшие молекулы, участвующие в процессе метастазирования рака молочной железы. Так, фактор транскрипции E2F1 оказался ключевым регулятором большого количество генов-маркеров, экспрессия которых позволяет с высокой точностью предсказывать, будут ли у пациента метастазы или нет.
«Мы выдвинули гипотезу, что наиболее активные молекулы из построенной сети могут содержать в себе прогностическую информацию: если с ними что-то не так в первичной опухоли, то множество испорченных взаимодействий может увеличивать вероятность развития метастазов. В первом приближении гипотеза подтвердилась. Более того, большой процент от найденных прогностических генов оказался непосредственно связан с активностью одной молекулы – E2F1», – говорит младший научный сотрудник Международной лаборатории микрофизиологических систем ВШЭ Степан Нерсисян.
Внимание, конкурс!
Открыт конкурс трехлетних проектов на создание международных лабораторий НИУ ВШЭ (Москва). Конкурс проходит с 19 апреля 2021 года по 30 июля 2021 года. Узнать о том, кто может принять в нем участие, о приоритетных направлениях исследований, требованиях к проектам и подать заявку можно здесь.
Нерсисян Степан Ашотович
Вам также может быть интересно:
«Мы хотели дать возможность межкампусным коллективам развивать научные исследования»
Подведены итоги Конкурса проектов на выполнение фундаментальных научных исследований распределенными межкампусными научными подразделениями НИУ ВШЭ, который проводился в университете впервые. Поддержано 10 научно-исследовательских групп по пяти научным тематикам. Четыре проекта-победителя будут выполняться новыми научными подразделениями, созданными в результате конкурса.
«Удалось собрать на одной площадке специалистов по ИИ, чистой математике и нейробиологии»
В начале сентября на факультете компьютерных наук Вышки прошла международная конференция Computer Methods of Cognitome Analysis. Событие, посвященное методам анализа когнитома, было организовано Международной лабораторией алгебраической топологии и ее приложений ФКН ВШЭ.
Ученые рассказали, как РНК влияют на развитие онкологии
Международная группа ученых и медиков с участием исследователей из НИУ ВШЭ изучила влияние микроРНК и длинных некодирующих РНК на развитие рака яичников у женщин. Ученые рассмотрели более сотни образцов опухолей и выяснили, что определенные микроРНК препятствуют мутации клеток, а длинные некодирующие РНК, связывающие их, наоборот, ее стимулируют. Полученные результаты могут помочь в разработке нового типа фармацевтических препаратов, регулирующих концентрации микроРНК у пациентов. Исследование опубликовано в International Journal of Molecular Sciences.
Ученые ВШЭ адаптировали на русский язык Шкалу эмоционального заражения
Ученые из Института когнитивных нейронаук ВШЭ перевели опросник эмоционального заражения на русский язык и проверили его действие на русскоязычных испытуемых. Это первое исследование того, как люди бессознательно подражают чужим эмоциям, проведенное на российской выборке. Результат опроса более 500 респондентов показал, что женщины больше склонны к заражению чужими чувствами, чем мужчины. Исследование опубликовано в журнале Frontiers in Psychology.
В пандемию преподаватели вузов стали еще больше работать
Рабочая неделя ученых стала еще длиннее в период пандемии. Этот эффект коснулся исследователей из разных стран вне зависимости от их пола и специализации, выяснила международная команда с участием ученых из НИУ ВШЭ. Продолжительность рабочего времени в пандемию составила около 51 часа в неделю против обычных 40. Увеличение количества рабочих часов в неделю, по-видимому, часть новой нормы академической среды. Результаты исследования опубликованы в журнале Plos One.
Ученые разработали новый метод анализа генетического перемешивания популяций
Исследователи Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ совместно с иностранными коллегами предложили новый статистический метод анализа перемешивания популяций. Он позволяет точнее определять время и количество волн миграций. Так, в истории колумбийцев и мексиканцев (потомков коренных американцев, испанцев и африканцев) по два эпизода перемешивания, которые произошли около 350 и 200 лет назад для мексиканцев и 400 и 100 лет назад для колумбийцев. Результаты опубликованы в журнале Plos Genetics.
Российские ученые рассчитали, как лучше всего распределять награды в командных турнирах
Исследователи из Международной лаборатории экономики нематериальных активов ВШЭ вывели функцию расчета вознаграждений для победителей и призеров командных соревнований. В работе использовалась статистика турниров по киберспорту. Полученный принцип позволит выстроить оптимальную структуру призов в групповых турнирах в любой сфере, в том числе в бизнесе или битве патентов. Результаты исследования опубликованы в Journal of Economic Behavior & Organization.
Ученые предложили новый способ борьбы с раком
Коллаборация исследователей при участии специалистов Международной лаборатории биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ представила новый способ борьбы с трудноизлечимой меланомой. Ученые обнаружили, что одна из форм молекулы ДНК, попадая в раковые клетки, способна вызвать иммунный ответ, аналогичный реакции организма на вирус. В результате погибают клетки, поддерживающие рост опухоли, а пациент снова начинает реагировать на противораковую терапию. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature.
Ученые из Москвы и Владивостока вместе изучают институты и предпочтения в экономическом поведении
До 20 мая продолжается прием заявок от подразделений НИУ ВШЭ на открытый конкурс проектов «Зеркальные лаборатории» 2022 года. Одна из зеркальных лабораторий, успешно работающих сегодня, была создана по итогам аналогичного конкурса в 2020 году учеными-экономистами из НИУ ВШЭ и Дальневосточного федерального университета (ДВФУ) для изучения институтов и предпочтений в экономическом поведении. Как организовано сотрудничество коллег из Москвы и Владивостока, рассказывает заведующий Международной лабораторией экспериментальной и поведенческой экономики НИУ ВШЭ Алексей Белянин.
Пандемия спровоцировала рост стрессовых расстройств среди врачей
Психологи из НИУ ВШЭ совместно с коллегами из Екатеринбурга провели исследование о влиянии пандемии на психологическое здоровье российских врачей: оказалось, что медицинские работники чаще стали страдать от стресса, тревоги и депрессии. Результаты работы опубликованы в журнале International Journal of Environmental Research and Public Health.